| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,240,348 | 0 | C | T | 38.8% | 100.2 / 27.2 | 81 | intergenic (‑129994/‑66121) | unknown/unknown | tRNA‑Gly‑GCC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/42); new base T (31/0); total (39/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.82e-16 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTGAATGCCCATCAAATGCGCGGAATGGTTGTGATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGCTGATAGCATTCAAATATCACATAGCCGCTGTTTTCCGCCATGCGGGCAAATCCAAACACGCCCTTTTCCGC > 1/1240108‑1240581 | cTGAATGCCCATCAAATGCGCGGAATGGTTGTGATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCC‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTTAACGccattg > 1:33770/1‑246 (MQ=255) aaTGCCCATCAAATGCGCGGAATGGTTGTGATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTAt < 1:632314/251‑1 (MQ=255) cccATCAAATGCGCGGAATGGTTGTGATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTTAACGCAATGGGATCggg > 1:760010/1‑250 (MQ=255) cccATCAAATGCGCGGAATGGTTGTGATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCCT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTTAACGCCATGGTATCggg > 1:696558/1‑250 (MQ=255) cccATCAAATGCGCGGAATGGTTGTGATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGc < 1:850522/251‑1 (MQ=255) cATCAAATGCGCGGAATGGTTGTGATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCA‑CCCCTCAATT‑ACTGC‑TGGTTTTTAACGCAATGGTATCGGcca > 1:823025/1‑249 (MQ=255) cATCAAATGCGCGGAATGGTTGTGATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCA‑CCCCC‑AATTTACTTC‑TGTTTTTTAAAGCAATGGGATCGGcc > 1:348033/1‑249 (MQ=255) gAATGGTTGTGATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCCA‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCTACTCAATGGGATCGGCAATTTTTTGATAttt > 1:902015/1‑250 (MQ=255) aaTGGTTGTGATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTgg < 1:706234/251‑1 (MQ=255) ggTTGTGATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTTAACGCAATGGTATTGGCAAt > 1:51919/1‑235 (MQ=255) gTTGTGATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTAt < 1:885565/227‑1 (MQ=255) tgATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAAt < 1:659888/251‑1 (MQ=255) gATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCA‑CCCCA‑AATTCACTGC‑TGTTTTTTAACGCAATGGTATTGGCAATTTGTTGATATTtgtggaccatt > 1:635727/1‑244 (MQ=255) gATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCA‑CCCAT‑AATTCACTTC‑TGTTTTTTAAAGCAATGGGATCGGGGATTTGTTGATATTGGTGAACAAta > 1:126764/1‑250 (MQ=255) gATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCC‑CCCAT‑AATTCACTTC‑TGTTTTTTAACGCCATTGTATCGGCAATTTTTTGATATTTGTGAACAAt > 1:692601/1‑250 (MQ=255) ttATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCC‑CCCCT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTTTACGCAAAGGGATCGGCaactgtctcttatacaccatctccgag > 1:49333/1‑226 (MQ=255) tataGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTTAACCCAATGGTATCGGCAATTTTTTGATATTTGTGAACAATctg > 1:824013/1‑248 (MQ=255) ataGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCg < 1:93773/251‑1 (MQ=255) ggAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTTAACGCAATGGGATCGGCAATTTGTTGATATTTGTGAACAATCGGCgggg > 1:718980/1‑248 (MQ=255) ggAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCCT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTTAACGCAATGGGATCGGCAATTTTTTTTTATTGGGGAAAAATCGGCGTgg > 1:463180/1‑250 (MQ=255) ggAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGata < 1:322657/231‑1 (MQ=255) aGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTTAACGCAAAGGTATCGGCAATTTTTTGATATTTGTGAACAATCGGCGTGATGCgg > 1:638309/1‑250 (MQ=255) cccACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCA‑CCCAC‑AATTTACTCC‑TCTTTTTCTACGCAATGGGATTGGGAAATTTTTGATATTTGTGAACAAACAGCGTGATGCGAtt > 1:218249/1‑250 (MQ=255) ccacttggCAGGCGTTATTGCGTAAGCAAAAAAGATGTAATGACAGACCGCACTTTTGGTTAGGTTTGGCATTCAGCTAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGTAACGGCACGGTAAAGTTGCGGCAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGATATCGACGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCGCTGC‑TGTTTTTCTACGCAATGATATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAAc < 1:281550/225‑1 (MQ=255) ccACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCA‑CCCCT‑AAATCACTGC‑TGTTTTTTAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTTGTGAAAAATCGGCggggtgcggtc > 1:198680/1‑240 (MQ=255) acaTAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACaa < 1:304765/232‑1 (MQ=255) tAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATc < 1:471112/245‑1 (MQ=255) tAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTg < 1:60754/251‑1 (MQ=255) tAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTg < 1:115345/251‑1 (MQ=255) ttATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCA‑CCCCT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTTAACGCAATGGGATCGGCAAATTTTTGTTATTTGTGAAAAATCGGCGTGATGCGGTcc > 1:503839/1‑237 (MQ=255) ttATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATc < 1:895669/251‑1 (MQ=255) ttATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATc < 1:408738/251‑1 (MQ=255) cGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGTCAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTtaa < 1:110822/251‑1 (MQ=255) gAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCCT‑AAATCACTGC‑TGTTTTTTAACGCAATGGTATCGGCAATTTTTTTATATTTGTGAAAAAACGGCGGGATGCGATCCCTTTTCGGGAAATCCGTTAATaaaa > 1:231025/1‑250 (MQ=255) aaaaaGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCgg < 1:343061/251‑1 (MQ=255) tAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCA‑CCCAA‑AAATTACTGC‑TGTTTTTTTAAGCAAAGGGATCGGCAATTTTTTGATATTTGTGAAAAAACGGCGCGATGCGATCCCGTTGCGGGAAAACCGCTAATAAATCGGACAccacca > 1:609679/1‑251 (MQ=255) tGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCC‑CCCCT‑AATTTACTGC‑TGTTTTTTAACGCAATGGTATCGGCAATTTTTTGATATTTGTGAACAAACGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGGAAAACCGTTAATAAAACggctgtctcttttt > 1:186834/1‑239 (MQ=255) tCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACAt < 1:374123/250‑1 (MQ=255) tCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACAt < 1:590881/250‑1 (MQ=255) aGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTTAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTTGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTTCGGGAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACAtttt > 1:771903/1‑250 (MQ=255) tttGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCA‑CCCCT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTTAACGCAATGGGATCGGCCATTTTTTTATATTTGTGAACAAACGGCGTGATGCGAACCTGTTGCGGGAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTTACggggggaa > 1:201533/1‑246 (MQ=255) tGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAAt < 1:464070/251‑1 (MQ=255) ggTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTTAACGCAATGGTATCGGCCATTTGTTGATATTTGTGAACaa > 1:691517/1‑172 (MQ=255) gTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTg < 1:312729/250‑1 (MQ=255) gCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCA‑CCCCT‑AATTTACTGC‑TGTTTTTTAACGCAATGGGATCGGc > 1:440440/1‑143 (MQ=255) gCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCA‑CCCAT‑AAATCACTGC‑TGTTTTTTTACGCAATGGGATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAAACGGCGGGATGCGGTCCTGTTTCGGGAAAACCGTTAATAAAACGGACACCACCCACATTTTACGGGCGGAAAACAGCTGTTTaaa > 1:460508/1‑251 (MQ=255) cATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGaaa < 1:721565/250‑1 (MQ=255) gccagccTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGGTTCCC‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTTAACGCAATGGTATCGGCCATTTTTTGATATTTGTGAACAATCCGCGTGATGCGATCCTGTTTCGGTAAAACCGTTAATAAATAGGACACCACCAACATTTTACGGGCGAAAAACAGCTGTTTAAAAAGCaa > 1:876698/1‑250 (MQ=255) gccTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCA‑CCCCT‑AATTCAATGC‑TGTTTTTTAACGCAATGGTATCGGCAAATTGTTGATATTTGTGAAAAAACGGCGGGATGGGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAAACGGACACCACCAACATTTGACGGGGGGAAAACAGCTGTTTAAAAAGCAAATCa > 1:764731/1‑250 (MQ=255) gccTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTc < 1:166345/115‑1 (MQ=255) ccTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCa < 1:776973/249‑1 (MQ=255) tGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTTAACGCAATGGGATCGGCAATTTGTTTATATTGGTGAACAATCGGCGGGATGCGATCCTGTTGCGGTAAAACCGTTAATAAATCGGACACCACCAACAATTTACGGGCGAAAAACAACTGTTGAAAAGGCAACCCAcgcc > 1:312107/1‑249 (MQ=255) cTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTAt < 1:835139/122‑1 (MQ=255) ttttCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAAt < 1:65039/251‑1 (MQ=255) tttCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCaa < 1:314038/201‑1 (MQ=255) cGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCA‑CCCCT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAAACAGCTGTTGAAAAAGCAACTCACCCGCCAATAAATCgg > 1:884897/1‑251 (MQ=255) aCGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTTACCCCAA‑AATT‑ACTGC‑TGTTTTTTAACGCAATGGGATCGGCAATTTTTTGATATTTGTGAACAATCGGCGGGGTGCGCTCCTGTTg > 1:554769/1‑156 (MQ=255) aCGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCCT‑AATTTACTGC‑TGTTTTTTAACGCAATgggat > 1:714292/1‑104 (MQ=255) aCGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGc < 1:369000/251‑1 (MQ=255) cGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTTAACGCAATGGTATCGGCAATTTTTTGATATTTGGGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAAACGGACACCACCAACATTTTACGGGCGAAAAACAGCTGTTTAAAAAGCAACTCACGCGCCAATAAAACGGCATCGCCGGGCTGATAg > 1:699702/1‑251 (MQ=255) cGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTTC‑TGTTTTTTAACGCAATGGGATCGGCCATTTGTTTATATTTGTGGACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGGAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGGTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAAACGGCATCGCCGGGCTggtaa > 1:743964/1‑247 (MQ=255) gTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGCTGATAGc < 1:727639/250‑1 (MQ=255) aaaTCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGCTGATAGCATTCAAATATCACAt < 1:56126/251‑1 (MQ=255) aaaTCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGCTGATAGCATTCAAATATCACAt < 1:630146/251‑1 (MQ=255) tAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGCTGATAGCATTCAAATATCACATAGCCGCTGt < 1:311528/251‑1 (MQ=255) ttCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGCTGATAGc < 1:669083/224‑1 (MQ=255) ttCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGATTTCA‑CCCCC‑AAATCATTGCTTGTTTTT‑TACGCAATGGGATTGGCAAATTTTTGATATTGGAGGAAAAACCGCCTGATGCCATCCTCTTGCGGGTAATCCGATAAAAAATAGGACACCACCAACAATTTACGGGCGGAAAACGGATGTTGAAAAGGGAACTCACGCGCCAAAAAAACGGCATCTCCGGGGCGAAAACATTCAAATATAACATAGACGCCGtttt > 1:427838/1‑251 (MQ=255) ccTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTg < 1:665676/175‑1 (MQ=255) ggTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGCTGATAg < 1:777990/199‑1 (MQ=255) gTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGCTGATAGCATTCAAATATCACATAGCCGCTGTTTTCCGCCATGCGGGCAAATCCAAaca < 1:187776/250‑1 (MQ=255) gTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGCTGATAGCATTCAAATATCACATAGCCGCTGTTTTCCGCCATGCGGGCAAATCCAAaca < 1:875989/250‑1 (MQ=255) tCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGAGCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGCTGATAGCATTCAAATATCACATAGCCGCTGTTTTCCGCCATGCGGGCAAATCCAAACACGcc < 1:428388/251‑1 (MQ=255) cccAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACaccacc > 1:520375/1‑116 (MQ=255) cccAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGCTGATAGc < 1:348855/192‑1 (MQ=255) cccAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATCGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGCTGATAGCATTCAAATATCACATAGCCGCTGTTTTCCGc < 1:433002/223‑1 (MQ=255) ccAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAAt > 1:189861/1‑170 (MQ=255) ccAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGCTGATAGc < 1:195319/191‑1 (MQ=255) ccAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGCTGATAGCATTCAAATATCACATAGCCGCTGTTTTCCGCCATGCGGGCAAATCCAAac > 1:206775/1‑241 (MQ=255) cAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGCTGATAGCATTCAAATATCACATAGCCGCTGTTTTCCGCCATGCGGGCAAATCCAAacac < 1:814339/242‑1 (MQ=255) cAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGCTGATAGCATTCAAATATCACATAGCCGCTGTTTTCCGCCATGCGGGCAAATCCAAACACGCCCtttt > 1:632368/1‑250 (MQ=255) aaTTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGCTGATAGCATTCAAATATCACATAGCCGCTGTTTTCCGCCATGCGGGCAAATCCAAACACGCCCTTTTccgc < 1:147801/251‑1 (MQ=255) tCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGCTGATAGCATTCAAATATcac < 1:289572/197‑1 (MQ=255) | CTGAATGCCCATCAAATGCGCGGAATGGTTGTGATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGCTGATAGCATTCAAATATCACATAGCCGCTGTTTTCCGCCATGCGGGCAAATCCAAACACGCCCTTTTCCGC > 1/1240108‑1240581 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |