| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,454,612 | 2 bp→AC | coding (33‑34/438 nt) | unknown → | lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,454,612 | 0 | C | A | 87.0% | 65.6 / ‑4.5 | 23 | I11I (ATC→ATA) | unknown | lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/3); new base A (15/5); total (15/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.16e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | 1 | 1,454,613 | 0 | T | C | 100.0% | 72.5 / NA | 23 | S12P (TCT→CCT) | unknown | lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (15/8); total (15/8) | |||||||||||
TAAGCCAATACTGTGTAATAAAGCGGTTTACTATAACGACCCTTATTTTATTGACAAATTGAAAGCGGTTTCCCCGCAATTACGCGCACTAGGCAAGAAATTACCGACTAAAGCGCAACTGGAAAAAGCCATGTTCAGTGGTGAGCTCTCCGCCCAATCCATTTAAGTCAGTTCTATATCCACAAAAACTGTGAATAACCAGGAGGATAATATGAAAAAATTTTTACTTATGAATACGTTAATCTCTGCTTGTTTTTTAAGCGCGT‑GCAACTCGTCACCGCCGGAACCGCCACAAATTAATGAAGACGCGCCGGCAATCTATTTAAATAATCAGGCGTACCGACAAACACCAACTGCAACAGTGCCAAAAAACGCCGGCGATCATAATGGGCAACCTTGGGTATATCAATATGTGAACCTAGGTAGAAGCGATTATGTGAATGAAACAGAAAAAGTTCGTTTTTTCTACTTTGCGCA > 1/1454369‑1454845 || caaaccgattatatgtAATAAGGCAGTGTATTACAACGATCCTTATTTTATAGACAAACTCAAAGCGGTATCTCCGCAATTGCGAGCATTAGGTAAAAAATTACCGACAAAAGAACAATTGGAAAAAGCTATGTTCAGTGGCGAGCTGTCAGTCCAATCAATTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATCCACAAAAACTGTGAATAACCAGGAGGATAATATGAAAAAAATTTTACTTATGAATATGTTAATACCTGTTTGCTTTTTAAg < 1:41541/236‑1 (MQ=255) 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ttACTTATGAATATGTTAATACCTGTTTGCTTTTTAAGCGCGT‑GCAGCTCGTCACCACCAGAACCGCCGCAAATTGATAAAGACGCCCCAGTAATCCATTTAAATAATCAGGTGTACCGACAAACACCAACTGCAACAGTGCCAAAAAACGCCGGCGATCATAATGGGCAACCTTGGGTATATCAATATGTGAACCTAGGTAGAAGCGATTATGTGAATGAAACAGAAAAAGTTCGTTTTTTCTACTTTg > 1:94806/1‑250 (MQ=255) cTTATGAATATGTTAATACCTGTTTGCTTTTTAAGCGCGT‑GCAGCTCGTCACCACCAGAACCGCCGCAAATTGATAAAGACGCCCCAGTAATCCATTTAAATAATCAGGTGTACCGACAAACACCAACTGCAACAGTGCCAAAAAACGCCGGCGATCATAATGGGCAACCTTGGGTATATCaa > 1:224595/1‑183 (MQ=255) cTTATGAATATGTTAATACCTGTTTGCTTTTTAAGCGCGT‑GCAGCTCGTCACCACCAGAACCGCCGCAAATTGATAAAGACGCCCCAGTAATCCATTTAAATAATCAGGTGTACCGACAAACACCAACTGCAACAGTGCCAAAAAACGCCGGCGATCATAATGGGCAACCTTGGGTATATCAATATGTGAACCTAGGTAGAAGCGATTATGTGAATGAAACAGAAAAAGTTCGTTTTTTCTACTTTGCGca > 1:892947/1‑251 (MQ=255) tGAATATGTTAATACCTGTTTGCTTTTTAAGCGCGT‑GCAGCTCGTCACCACCAGAACCGCCGCAAATTGATAAAGACGCCCCAGTAATCCATTTAAATAATCAGGTGTACCGACAAACACCAACTGCAACAGTGCCAAAAAACGCCGGCGATCATAATGGGCAACCTTGGGTATATCAATATGTGAACCTAGGTAGAAGCGATTATGTGAATGAAACAGAAAAAGTTCGTTTTTTCTACtt > 1:499998/1‑241 (MQ=255) || TAAGCCAATACTGTGTAATAAAGCGGTTTACTATAACGACCCTTATTTTATTGACAAATTGAAAGCGGTTTCCCCGCAATTACGCGCACTAGGCAAGAAATTACCGACTAAAGCGCAACTGGAAAAAGCCATGTTCAGTGGTGAGCTCTCCGCCCAATCCATTTAAGTCAGTTCTATATCCACAAAAACTGTGAATAACCAGGAGGATAATATGAAAAAATTTTTACTTATGAATACGTTAATCTCTGCTTGTTTTTTAAGCGCGT‑GCAACTCGTCACCGCCGGAACCGCCACAAATTAATGAAGACGCGCCGGCAATCTATTTAAATAATCAGGCGTACCGACAAACACCAACTGCAACAGTGCCAAAAAACGCCGGCGATCATAATGGGCAACCTTGGGTATATCAATATGTGAACCTAGGTAGAAGCGATTATGTGAATGAAACAGAAAAAGTTCGTTTTTTCTACTTTGCGCA > 1/1454369‑1454845 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |