| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 4 | 295 | T→C | G11G (GGT→GGC) | unknown → | Type II secretory pathway, component PulD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 4 | 295 | 0 | T | C | 98.7% | 257.2 / NA | 79 | G11G (GGT→GGC) | unknown | Type II secretory pathway, component PulD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (49/29); total (50/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTCAAGAAGTTGTGCCATTGCTTTTAGATATTTTTGTCGGTGATAAATTTGATGAAATTAAACAGCTTTTGGGTCAGGTGCCGGAGAATGTGGCTTATATTTTAAAAATGTTCCGCGTTGATTTTGCTTTTAAGGTGGTTTTAAGCGCTTATCTTATGCGTTTTGTTATTCGCCGCATTCCGATTATAGGTTGAGGATTTTATGGCAATTTCGGCTTATGTGGGTATACCGGGTAGCGGTAAATCTTATGAGGTTGTGTCTTCGGTGATTGTTGAGAATTATCTCAAAGGAAGACGCATTGTAACGAATATTGAGGGAATAACAGACGAAAAAGTAAGGGAGTATTGTTTAAACAAAAAGAATGCCAAGGAAGACGATTTAGGGCAATTAATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > 4/62‑454 | ttCAAGAAGTTGTGCCATTGCTTTTAGATATTTTTGTCGGTGATAAATTTGATGAAATTAAACAGCTTTTGGGTCAGGTGCCGGAGAATGTGGCTTATATTTTAAAAATGTTCCGCGTTGATTTTGCTTTTAAGGTGGTTTTAAGTGCTTACCTTATGCGTTTTGTTATTCGTCGTATTCCGATTATAGGTTGAGGATTTTATGGCAATTTCGGCTTATGTGGGTATTCCGGGCAGCGGTAAATCTTATGa < 1:857611/251‑1 (MQ=255)ttCAAGAAGTTGTGCCATTGCTTTTAGATATTTTTGTCGGTGATAAATTTGATGAAATTAAACAGCTTTTGGGTCAGGTGCCGGAGAATGTGGCTTATATTTTAAAAATGTTCCGCGTTGATTTTGCTTTTAAGGTGGTTTTAAGTGCTTACCTTATGCGTTTTGTTATTCGTCGTATTCCGATTATAGGTTGAGGATTTTATGGCAATTTCGGCTTATGTGGGTATTCCGGGCAGCGGTAAATCTTATGa < 1:819547/251‑1 (MQ=255) 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1:199259/1‑203 (MQ=255) aTTATAGGTTGAGGATTTTATGGCAATTTCGGCTTATGTGGGTATTCCGGGCAGCGGTAAATCTTATGAGGTGGTTTCTTCGGTGATTGTTGAGAATTATCTCAAAGGAAGACGCATTGTAACGAATATTGAGGGAATAACAGACGAAAAAGTAAGGGAGTATTGTTTAAACAAAAAGAATGCCAAGGAAGACGATTTAGGGCAATTAATAaggg < 1:787386‑M2/215‑5 (MQ=255) aGGTTGAGGATTTTATGGCAATTTCGGCTTATGTGGGTATTCCGGGCAGCGGTAAATCTTATGAGGTGGTTTCTTCGGTGATTGTTGAGAATTATCTCAAAGGAAGACGCATTGTAACGAATATTGAGGGAATAACAGACGAAAAAGTAAGGGAGTATTGTTTAAACAAAAAGAATGCCAAGGAAGACGATTTAGGGc > 1:557585/1‑198 (MQ=255) tGGCAATTTCGGCTTATGTGGGTATTCCGGGCAGCGGTAAATCTTATGAGGTGGTTTCTTCGGTGATTGTTGAGAATTATCTCAAAGGAAGACGCATTGTAACGAATATTGAGGGAATAACAGACGAAAAAGTAAGGGAGTATTGTTTAAACAAAAAGAATGCCAAGGAAGACGATTTAGGGCAATTAATAagggtatctga > 1:658632‑M2/1‑191 (MQ=255) aTTTCGGCTTATGTGGGTATTCCGGGCAGCGGTAAATCTTATGAGGTGGTTTCTTCGGTGATTGTTGAGAATTATCTCAAAGGAAGACGCATTGTAACGAATATTGAGGGAATAACAGACGAAAAAGTAAGGGAGTATTGTTTAAACAAAAAGAATGCCAAGGAAGACGAttt > 1:191502/1‑173 (MQ=255) 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4/62‑454 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |