| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,967,630 | G→A | T333T (ACG→ACA) | unknown → | Thiamin ABC transporter, substrate‑binding component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,967,630 | 0 | G | A | 99.0% | 332.8 / NA | 100 | T333T (ACG→ACA) | unknown | Thiamin ABC transporter, substrate‑binding component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (52/47); minor base C (0/1); total (52/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGGCACGCATTGCCGATCACAAAAATCAATGCGCCGATCAATTTATGGATTTTCTCATTACGCCGGAAGCGCAGAAGCATATTGTGACGGCTAACGTGATGTTGCCGGTGATTCACGCGCCTGTTGAACCGCACTTTAATGCGTTAAAAGAAAAATTGTTACGGCAATCTTTCCTGAATACCTCCAATGTCACTCCGGAAGCATTACGCAGCTGGATCAGCCAATGGCAAACCACCTTAACGCAATAACCTGAACGATGTTTTTGTCGTCTCCATCCTTATTCGTCAATCCGCAATTCCGCCCTCGTCATTATGTGAGCGGTGTTGCGGTGATGTTGTTGATTTCCTTGCTTTATGGTTTCGCCCTGCGCGCGGTGTTGGCGCAGGGTAGTGAGTTTCAGTGGCAAAGCATCTTTTCCGATGTCTATTTACATCACGTTATCGTCTTTAGTTTCGGGCAAGCATTACTTTCTGCACTGTTATCG > 1/1967389‑1967872 | cggcACGCATTGCCGATCACAAAAATCAATGCGCCGATCAATTTATGGATTTTCTCATTACGCCGGAAGCGCAGAAGCATATTGTGACGGCTAACGTGATGTTGCCGGTGATTCACGCGCCTGTTGAACCGCACTTTAATGCGTTAAAAGAAAAATTGTTACGGCAATCTTTCCTGAATACCTCCAATGTCACTCCGGAAGCATTACGCAGCTGGATCAGCCAATGGCAAACCACCTTAACACAATAAcc < 1:895866/250‑1 (MQ=255) aCGCATTGCCGATCACAAAAATCAATGCGCCGATCAATTTATGGATTTTCTCATTACGCCGGAAGCGCAGAAGCATATTGTGACGGCTAACGTGATGTTGCCGGTGATTCACGCGCCTGTTGAACCGCACTTTAATGCGTTAAAAGAAAAATTGTTACGGCAATCTTTCCTGAATACCTCCAATGTCACTCCGGAAGCATTACGCAGCTGGATCAGCCAATGGCAAACCACCTTAACACAATAAcc > 1:855387/1‑246 (MQ=255) cGCATTGCCGATCACAAAAATCAATGCGCCGATCAATTTATGGATTTTCTCATTACGCCGGAAGCGCAGAAGCATATTGTGACGGCTAACGTGATGTTGCCGGTGATTCACGCGCCTGTTGAACCGCACTTTAATGCGTTAAAAGAAAAATTGTTACGGCAATCTTTCCTGAATACCTCCAATGTCACTCCGGAAGCATTACGCAGCTGGATCAGCCAATGGCAAACCACCTTAACACAAt < 1:522493/241‑1 (MQ=255) cGCATTGCCGATCACAAAAATCAATGCGCCGATCAATTTATGGATTTTCTCATTACGCCGGAAGCGCAGAAGCATATTGTGACGGCTAACGTGATGTTGCCGGTGATTCACGCGCCTGTTGAACCGCACTTTAATGCGTTAAAAGAAAAATTGTTACGGCAATCTTTCCTGAATACCTCCAATGTCACTCCGGAAGCATTACGCAGCTGGATCAGCCAATGGCAAACCACCTTAACACAATAACCTGAACg < 1:834302/251‑1 (MQ=255) cGCATTGCCGATCACAAAAATCAATGCGCCGATCAATTTATGGATTTTCTCATTACGCCGGAAGCGCAGAAGCATATTGTGACGGCTAACGTGATGTTGCCGGTGATTCACGCGCCTGTTGAACCGCACTTTAATGCGTTAAAAGAAAAATTGTTACGGCAATCTTTCCTGAATACCTCCAATGTCACTCCGGAAGCATTACGCAGCTGGATCAGCCAATGGCAAACCACCTTAACACAATAACCTGAACg > 1:866877/1‑251 (MQ=255) cATTGCCGATCACAAAAATCAATGCGCCGATCAATTTATGGATTTTCTCATTACGCCGGAAGCGCAGAAGCATATTGTGACGGCTAACGTGATGTTGCCGGTGATTCACGCGCCTGTTGAACCGCACTTTAATGCGTTAAAAGAAAAATTGTTACGGCAATCTTTCCTGAATACCTCCAATGTCACTCCGGAAGCATTACGCAGCTGGATCAGCCAATGGCAAACCACCTTAACACAATAACCTGAACGa < 1:217204/250‑1 (MQ=255) gCCGATCACAAAAATCAATGCGCCGATCAATTTATGGATTTTCTCATTACGCCGGAAGCGCAGAAGCATATTGTGACGGCTAACGTGATGTTGCCGGTGATTCACGCGCCTGTTGAACCGCACTTTAATGCGTTAAAAGAAAAATTGTTACGGCAATCTTTCCTGAATACCTCCAATGTCACTCCGGAAGCATTACGCAGCTGGATCAGCCAATGGCAAACCACCTTAACACAATAACCTGAACGATGttt > 1:442362/1‑251 (MQ=255) aTCACAAAAATCAATGCGCCGATCAATTTATGGATTTTCTCATTACGCCGGAAGCGCAGAAGCATATTGTGACGGCTAACGTGATGTTGCCGGTGATTCACGCGCCTGTTGAACCGCACTTTAATGCGTTAAAAGAAAAATTGTTACGGCAATCTTTCCTGAATACCTCCAATGTCACTCCGGAAGCATTACGCAGCTGGATCAGCCAATGGCAAACCACCTTAACACAATAACCTGAACGATGTTTTTgt < 1:204808/251‑1 (MQ=255) acaAAAATCAATGCGCCGATCAATTTATGGATTTTCTCATTACGCCGGAAGCGCAGAAGCATATTGTGACGGCTAACGTGATGTTGCCGGTGATTCACGCGCCTGTTGAACCGCACTTTAATGCGTTAAAAGAAAAATTGTTACGGCAATCTTTCCTGAATACCTCCAATGTCACTCCGGAAGCATTACGCAGCTGGATCAGCCAATGGCAAACCACCTTAACACAATAACCTGAACGATGTTTTTgtcgt > 1:530355/1‑251 (MQ=255) acaAAAATCAATGCGCCGATCAATTTATGGATTTTCTCATTACGCCGGAAGCGCAGAAGCATATTGTGACGGCTAACGTGATGTTGCCGGTGATTCACGCGCCTGTTGAACCGCACTTTAATGCGTTAAAAGAAAAATTGTTACGGCAATCTTTCCTGAATACCTCCAATGTCACTCCGGAAGCATTACGCAGCTGGATCAGCCAATGGCAAACCACCTTAACACAATAACCTGAACGATGTTTTTgtcgt > 1:423532/1‑251 (MQ=255) 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cAGAAGCATATTGTGACGGCTAACGTGATGTTGCCGGTGATTCACGCGCCTGTTGAACCGCACTTTAATGCGTTAAAAGAAAAATTGTTACGGCAATCTTTCCTGAATACCTCCAATGTCACTCCGGAAGCATTACGCAGCTGGATCAGCCAATGGCAAACCACCTTAACACAATAACCTGAACGATGTTTTTGTCGTCTCCATCCTTATTCGTCAATCCGCAATTCCGCCCTCGTCATTAtg > 1:49666/1‑243 (MQ=255) cAGAAGCATATTGTGACGGCTAACGTGATGTTGCCGGTGATTCACGCGCCTGTTGAACCGCACTTTAATGCGTTAAAAGAAAAATTGTTACGGCAATCTTTCCTGAATACCTCCAATGTCACTCCGGAAGCATTACGCAGCTGGATCAGCCAATGGCAAACCACCTTAACACAATAACCTGAACGATGTTTTTGTCGTCTCCATCCTTATTCGTCAATCCGCAATTCCGCCCTCGTCATTATGTGAGCgg < 1:499704/250‑1 (MQ=255) aGCATATTGTGACGGCTAACGTGATGTTGCCGGTGATTCACGCGCCTGTTGAACCGCACTTTAATGCGTTAAAAGAAAAATTGTTACGGCAATCTTTCCTGAATACCTCCAATGTCACTCCGGAAGCATTACGCAGCTGGATCAGCCAATGGCAAACCACCTTAACACAATAACCTGAACGATGTTTTTGTCGTCTCCATcc > 1:357741/1‑202 (MQ=255) 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tatTGTGACGGCTAACGTGATGTTGCCGGTGATTCACGCGCCTGTTGAACCGCACTTTAATGCGTTAAAAGAAAAATTGTTACGGCAATCTTTCCTGAATACCTCCAATGTCACTCCGGAAGCATTACGCAGCTGGATCAGCCAATGGCAAACCACCTTAACACAATAACCTGAACGATGTTTTTGTCGTCTCCATCCTTATTCGTCAATCCGCAATTCCGCCCTCGTCATTATGTGAGCGGTGTTGCGGt > 1:716224/1‑251 (MQ=255) atTGTGACGGCTAACGTGATGTTGCCGGTGATTCACGCGCCTGTTGAACCGCACTTTAATGCGTTAAAAGAAAAATTGTTACGGCAATCTTTCCTGAATACCTCCAATGTCACTCCGGAAGCATTACGCAGCTGGATCAGCCAATGGCAAACCACCTTAACACAATAACCTGAACGATGTTTTTGTCGTCTCCATCCTTATTCGTCAATCCGCAATTCCGCCCTCGTCATTATGTGAGCGGTGTTGCGGTg < 1:479652/251‑1 (MQ=255) cGGCTAACGTGATGTTGCCGGTGATTCACGCGCCTGTTGAACCGCACTTTAATGCGTTAAAAGAAAAATTGTTACGGCAATCTTTCCTGAATACCTCCAATGTCACTCCGGAAGCATTACGCAGCTGGATCAGCCAATGGCAAACCACCTTAACACAATAACCTGAACGATGTTTTTGTCGTCTCCATCCTTATTCGTCAATCCGCAATTCCGCCCTCGTCATTATGTGAGCGGTGTTGCGGTGAtgttgt > 1:483002/1‑251 (MQ=255) 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1:441538/237‑1 (MQ=255) aCGTGATGTTGCCGGTGATTCACGCGCCTGTTGAACCGCACTTTAATGCGTTAAAAGAAAAATTGTTACGGCAATCTTTCCTGAATACCTCCAATGTCACTCCGGAAGCATTACGCAGCTGGATCAGCCAATGGCAAACCACCTTAACACAATAACCTGAACGATGTTTTTGTCGTCTCCATCCTTATTCGTCAATCCGCAATTCCGCCCTCGTCATTATGTGAGCGGTGTTGCgg < 1:239114/236‑1 (MQ=255) aTGTTGCCGGTGATTCACGCGCCTGTTGAACCGCACTTTAATGCGTTAAAAGAAAAATTGTTACGGCAATCTTTCCTGAATACCTCCAATGTCACTCCGGAAGCATTACGCAGCTGGATCAGCCAATGGCAAACCACCTTAACACAATAACCTGAACGATGTTTTTGTCGTCTCCATCCTTATTCGTCAATCCGCAATTCCGCCCTCGTCATTATGTGAGCGGTGTTGCgg > 1:204894/1‑231 (MQ=255) gTGATTCACGCGCCTGTTGAACCGCACTTTAATGCGTTAAAAGAAAAATTGTTACGGCAATCTTTCCTGAATACCTCCAATGTCACTCCGGAAGCATTACGCAGCTGGATCAGCCAATGGCAAACCACCTTAACACAATAACCTGAACGATGTTTTTGTCGTCTCCATCCTTATTCGTCAATCCGCAATTCCGCCCTCGTCATTATGTGAGCGGTGTTGCGGTGATGTTGTTGATTTCCTTGCTTTATgg < 1:282617/250‑1 (MQ=255) 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aCGCGCCTGTTGAACCGCACTTTAATGCGTTAAAAGAAAAATTGTTACGGCAATCTTTCCTGAATACCTCCAATGTCACTCCGGAAGCATTACGCAGCTGGATCAGCCAATGGCAAACCTCCTTAACACAATAACCTGAACGATGTTTTTGTCGTCTCCGTCCTTATTCGTCAATCCGCAATTCCGCCCTCGTCATTATGTGAGCAGTGTTGCGGTGATGTTGTTGATTTCCTTGCTTTATGGTTTCGccc < 1:870169/251‑1 (MQ=255) cgcCTGTTGAACCGCACTTTAATGCGTTAAAAGAAAAATTGTTACGGCAATCTTTCCTGAATACCTCCAATGTCACTCCGGAAGCATTACGCAGCTGGATCAGCCAATGGCAAACCACCTTAACACAATAACCTGAACGATGTTTTTg < 1:164861/148‑1 (MQ=255) cgcCTGTTGAACCGCACTTTAATGCGTTAAAAGAAAAATTGTTACGGCAATCTTTCCTGAATACCTCCAATGTCACTCCGGAAGCATTACGCAGCTGGATCAGCCAATGGCAAACCACCTTAACACAATAACCTGAACGATGTTTTTGTCGTCTCCATCCTTATTCGTCAATCCGCAATTCCGCCCTCGTCATTATGTGAGCGgtgt < 1:654087/207‑1 (MQ=255) ccTGTTGAACCGCACTTTAATGCGTTAAAAGAAAAATTGTTACGGCAATCTTTCCTGAATACCTCCAATGTCACTCCGGAAGCATTACGCAGCTGGATCAGCCAATGGCAAACCACCTTAACACAATAACCTGAACGATGTTTTTGTCGTCTCCATCCTTATTCGTCAATCCGCAATTCCGCCCTCGTCATTAtg > 1:237436/1‑195 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |