| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,799,664 | A→G | intergenic (+39/‑224) | unknown → / → unknown | hypothetical protein/Lipoprotein releasing system transmembrane protein LolC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,799,664 | 0 | A | G | 98.7% | 260.6 / NA | 76 | intergenic (+39/‑224) | unknown/unknown | hypothetical protein/Lipoprotein releasing system transmembrane protein LolC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (40/35); total (41/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACATAAAATGAGGAAAAATCTGATTACAACCGCGATTTAAAGTTATTTTTAAGTAAAATATTCTTACATTTACGATAAATAGGATTATCCATGCACTGGTTATTCCTGGCATTAACTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAATAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTAGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCATGTGTGGCATGAGAAACTTCTTGCTGTTCTGCTTTTTCTTTCCTTCTATGCTAAACTAGCGCGCAATTTTTCCGTATTTTTGACTATTTTTAAGCAGTTATGACTTTATCTACACC > 1/1799419‑1799904 | acaTAAAATGAGGAAAAATCTGATTACAACCGCGATTTAAAGTTATTTTTAAGTAAAATATTCTTACATTTACGATAAATAGGATTATCCATGCACTGGTTATTCCTGGCATTAACTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAATAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATa > 1:573855/1‑251 (MQ=255) aTAAAATGAGGAAAAATCTGATTACAACCGCGATTTAAAGTTATTTTTAAGTAAAATATTCTTACATTTACGATAAATAGGATTATCCATGCACTGGTTATTCCTGGCATTAACTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAATAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAgg < 1:190840/251‑1 (MQ=255) aTAAAATGAGGAAAAATCTGATTACAACCGCGATTTAAAGTTA‑TTTTAAGTAAAATATTCTTACATTTACGATAAATAGGACTATCCATGCACTGGTTATTCCTGGCATTAACTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAATAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATCTGCCATTTGGACTGGCATAGGt < 1:450401/251‑1 (MQ=255) aaTCTGATTACAACCGCGATTTAAAGTTATTTTTAAGTAAAATATTCTTACATTTACGATAAATAGGATTATCCATGCACTGGTTATTCCTGGCATTAACTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAATAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTg > 1:728255/1‑251 (MQ=255) aTTTAAAGTTATTTTTAAGTAAAATATTCTTACATTTACGATAAATAGGATTATCCATGCACTGGTTATTCCTGGCATTAACTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAATAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCag > 1:846056/1‑238 (MQ=255) aTTTAAAGTTATTTTTAAGTAAAATATTCTTACATTTACGATAAATAGGATTATCCATGCACTGGTTATTCCTGGCATTAACTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAATAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACattat > 1:357822/1‑251 (MQ=255) gTAAAATATTCTTACATTTACGATAAATAGGATTATCCATGCACTGGTTATTCCTGGCATTAACTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAATAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGt < 1:585952/202‑1 (MQ=255) aaaaTATTCTTACATTTACGATAAATAGGATTATCCATGCACTGGTTATTCCTGGCATTAACTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAATAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACt > 1:327172/1‑243 (MQ=255) aTAAATAGGATTATCCATGCACTGGTTATTCCTGGCATTAACTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAATAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACg > 1:634648/1‑251 (MQ=255) aaaTAGGATTATCCATGCACTGGTTATTCCTGGCATTAACTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAATAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTAGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGa > 1:453235/1‑250 (MQ=255) ggATTATCCATGCACTGGTTATTCCTGGCATTAACTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAATAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGt > 1:627443/1‑173 (MQ=255) ggATTATCCATGCACTGGTTATTCCTGGCATTAACTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAATAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGgtg > 1:657520/1‑210 (MQ=255) ggATTATCCATGCACTGGTTATTCCTGGCATTAACTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAATAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATAc < 1:708108/243‑1 (MQ=255) ggATTATCCATGCACTGGTTATTCCTGGCATTAACTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAATAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCg > 1:57910/1‑251 (MQ=255) 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cATTAACTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAATAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTgg < 1:875634/250‑1 (MQ=255) aTTAACTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAATAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCAc > 1:663602/1‑241 (MQ=255) tAACTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAATAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACat < 1:826537/170‑1 (MQ=255) tAACTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAATAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATAc > 1:683171/1‑212 (MQ=255) 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aTTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCATGTGTGGCATGAGAAACTTCTTGCTGTTCTGCTTTTTCTTTCCTTCTATGCTAAACTAGCGCGCAATTTTTc > 1:473883/1‑250 (MQ=255) gcgctgcgctAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCATGTGTGGCATGAGAAACTTCTTGCTGTTCTGCTTTTTCTTTCCTTCTATGCTAAAc > 1:473356/1‑231 (MQ=255) aaaaaaTATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGa > 1:679734/1‑121 (MQ=255) atatTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCATGTGTGGCATGAGAAACTTCTTGCTGTTCTGCTTtttct < 1:33214/199‑1 (MQ=255) cTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCATGTGTGGCATGAGAAACTTCTTGCTGTTCTGCTTTTTCTTTCCTTCTATGCTAAACTAg < 1:420616/214‑1 (MQ=255) gCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCATGTGTGGCATGAGAAACTTCTTGCTGTTCTGCTTTTTCTTTCCTTCTATGCTAAACTAGCGCGCAATTTTTCCGTATTTTTGACTATTTTTAAGCAGt > 1:548762/1‑251 (MQ=255) gCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCATGTGTGGCATGAGAAACTTCTTGCTGTTCTGCTTTTTCTTTCCTTCTATGCTAAACt < 1:29392/205‑1 (MQ=255) cACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCATGTGTGGCATGAGAAACTTCTTGCTGTTCTGCTTTTTCTTTCCTTCTATGCTAAACTAGCGCGCAATTTTTCCGTATTTTTGACTATTTTTAAGCAGTTATGAc < 1:530811/251‑1 (MQ=255) aCTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCATGTGTGGCATGAGAAACTTCTTGCTGTTCTGCTTTTTCTTTCCTTCTATGCTAAACTAGCGCGCAATTTTTCCGTATTTTTGACTATTTTTAAGCAGTTATGACt < 1:164663/251‑1 (MQ=255) cTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCATGTGTGGCATGAGAAACTTCTTGCTGTTCTGCTTTTTCTTTCCTTCTATGCTAAACTAGCGCGCAATTTTTCCGTATTTTTGACTATTTTTAAGCAGTTATGACtt < 1:349162/251‑1 (MQ=255) gTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCATGTGTGGCATGAGAAACTTCTTGCTGTTCTGCt < 1:511196/176‑1 (MQ=255) gTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCATGTGTGGCATGAGAAACTTCTTGCTGTTCTGCTTTTTCTTTCCTTc < 1:117171/189‑1 (MQ=255) gTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCATGTGTGGCATGAGAAACTTCTTGCTGTTCTGCTTTTTCTTTCCTTCTATGCTAAACTAGCGCGCAATTTTTCCGTATTTTTGACTATTTTTAAGCAGTTATGACt < 1:331585/248‑1 (MQ=255) gTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCATGTGTGGCATGAGAAACTTCTTGCTGTTCTGCTTTTTCTTTCCTTCTATGCTAAACTAGCGCGCAATTTTTCCGTATTTTTGACTATTTTTAAGCAGTTATGACTTTa > 1:289297/1‑251 (MQ=255) gTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCATGTGTGGCATGAGAAACTTCTTGCTGTTCTGCTTTTTCTTTCCTTCTATGCTAAACTAGCGCGCAATTTTTCCGTATTTTTGACTATTTTTAAGCAGTTATGACTTTa > 1:246019/1‑251 (MQ=255) gTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCATGTGTGGCATGAGAAACTTCTTGCTGTTCTGCTTTTTCTTTCCTTCTATGCTAAACTAGCGCGCAATTTTTCCGTATTTTTGACTATTTTTAAGCAGTTATGACTTTa > 1:611213/1‑251 (MQ=255) tGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCATGTGTGGCATGAGAAACTTCTTGCTGTTCTGCTTTTTCTTTCCTTCTATGCTAAACTAGCGCGCAATTTTTCCGTATTTTTGACTATTTTTAAGCAGTTATGACTTTATCTac < 1:512865/251‑1 (MQ=255) cATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCATGTGTGGCATGAGAAACTTCTTGCTGTTCTGCTTTTTCTTTCCTTCTATGCTAAACTAGCGCGCAATTTTTCCGTATTTTTGACTATTTTTAAGCAGTTATGACTTTATCTACAcc < 1:456848/251‑1 (MQ=255) | ACATAAAATGAGGAAAAATCTGATTACAACCGCGATTTAAAGTTATTTTTAAGTAAAATATTCTTACATTTACGATAAATAGGATTATCCATGCACTGGTTATTCCTGGCATTAACTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAATAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTAGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCATGTGTGGCATGAGAAACTTCTTGCTGTTCTGCTTTTTCTTTCCTTCTATGCTAAACTAGCGCGCAATTTTTCCGTATTTTTGACTATTTTTAAGCAGTTATGACTTTATCTACACC > 1/1799419‑1799904 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |