| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,795,802 | A→G | intergenic (+64/+211) | unknown → / ← unknown | Oligopeptide ABC transporter, substrate‑binding protein OppA (TC 3.A.1.5.1)/Aminodeoxychorismate lyase (EC 4.1.3.38) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,795,802 | 0 | A | G | 100.0% | 135.3 / NA | 41 | intergenic (+64/+211) | unknown/unknown | Oligopeptide ABC transporter, substrate‑binding protein OppA (TC 3.A.1.5.1)/Aminodeoxychorismate lyase (EC 4.1.3.38) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (16/25); total (16/25) | |||||||||||
CGGCAGAACGCACCGCACTTTACGGACGAATCGAGCAAATCCTGCAAGAGGAAAATGTGGTTCTGCCGTTATATCAATCCACCGTTCCCGTCTATCTCAACCCCACACTAAACGGCTACGACCCCGCCAACCCGACGGAAGTGATTTATAGCAAGGATTTGTTTCGTAAGGTTAGATAATGTGCTGATAAAATTTAACTACATGCCTTAATAAATACTCAAAGCCTATTGAAATCGGTCAACAGGCTTTTTTATCCGGATATTCATTATTCCATACTTGACGTATCATTTAATTGAATAATCTTCTTAGTATAAAACAAAGCCAACGCCGGGTGGAAAATGTACGGATAATACGGTAATGGAACACTTTTTTGTAGTTTAAAGACGGATAAACTTTATTGTGAAAACGATGCCATTTTGTCTTTGTGATATTACAAATTTTTGAATCGTTACACTAATCATCCAATCCATTCAACGC > 1/1795560‑1796036 | cGGCAGAACGCACCGCACTTTACGGACGAATCGAGCAAATCCTGCAAGAGGAAAATGTGGTTCTGCCGTTATATCAATCCACCGTTCCCGTCTATCTCAACCCCACACTAAACGGCTACGACCCCGCCAACCCGACGGAAGTGATTTATAGCAAGGATTTGTTTCGTAAGGTTAGATAATGTGCTGATAAAATTTAACTACATGCCTTAATAAATACTCAAAGCCTATTGAAATCGGTCAACGGGCttttt < 1:548921/251‑1 (MQ=255) 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1:528891/1‑250 (MQ=255) cTCAAAGCCTATTGAAATCGGTCAACGGGCTTTTTTATCCGGATATTCATTATTCCATACTTGACGTATCATTTAATTGAATAATCTTCTTAGTATAAAAc > 1:396524/1‑101 (MQ=255) cTCAAAGCCTATTGAAATCGGTCAACGGGCTTTTTTATCCGGATATTCATTATTCCATACTTGACGTATCATTTAATTGAATAATCTTCTTAGTATAAAACAAAGCCAACGCCGGGTGGAAAATGTACGGATAATACGGTAATGGAACACTTTTTTGTAGTTTAAAGACGGATAAACTTTATTGTGAAAACGATGCCATTTTGTCTTTGTGATATTACAAATTTTTGAATCGTTACACTAatcatc < 1:856561/246‑1 (MQ=255) aTTGAAATCGGTCAACGGGCTTTTTTATCCGGATATTCATTATTCCATACTTGACGTATCATTTAATTGAATAATCTTCTTAGTATAAAACAAAGCCAACGCCGGGTGGAAAATGTACGGATAATACGGt < 1:465175/130‑1 (MQ=255) aTTGAAATCGGTCAACGGGCTTTTTTATCCGGATATTCATTATTCCATACTTGACGTATCATTTAATTGAATAATCTTCTTAGTATAAAACAAAGCCAACGCCGGGTGGAAAATGTACGGATAATACGGTAATGGaa < 1:547983/137‑1 (MQ=255) aTTGAAATCGGTCAACGGGCTTTTTTATCCGGATATTCATTATTCCATACTTGACGTATCATTTAATTGAATAATCTTCTTAGTATAAAACAAAGCCAACGCCGGGTGGAAAATGTACGGATAATACGGTAATGGAACACTTTTTTGTAGTTTAAAGACGGATAAACTTTATTGTGAAAACGATGCCATTTTGTCTTTGTGATATTACAAATTTTTGAATCGTTACACTAATCATCCAATCCATTCAACg > 1:295901/1‑250 (MQ=255) aTTGAAATCGGTCAACGGGCTTTTTTATCCGGATATTCATTATTCCATACTTGACGTATCATTTAATTGAATAATCTTCTTAGTATAAAACAAAGCCAACGCCGGGTGGAAAATGTACGGATAATACGGTAATGGAACACTTTTTTGTAGTTTAAAGACGGATAAACTTTATTGTGAAAACGATGCCATTTTGTCTTTGTGATATTACAAATTTTTGAATCGTTACACTAATCATCCAATCCATTCAACGc < 1:448587/251‑1 (MQ=255) gAAATCGGTCAACGGGCTTTTTTATCCGGATATTCATTATTCCATACTTGACGTATCATTTAATTGAATAATCTTCTTAGTATAAAACAAAGCCAACGCCGGGTGGAAAATGTACGGat > 1:197922/1‑119 (MQ=255) | CGGCAGAACGCACCGCACTTTACGGACGAATCGAGCAAATCCTGCAAGAGGAAAATGTGGTTCTGCCGTTATATCAATCCACCGTTCCCGTCTATCTCAACCCCACACTAAACGGCTACGACCCCGCCAACCCGACGGAAGTGATTTATAGCAAGGATTTGTTTCGTAAGGTTAGATAATGTGCTGATAAAATTTAACTACATGCCTTAATAAATACTCAAAGCCTATTGAAATCGGTCAACAGGCTTTTTTATCCGGATATTCATTATTCCATACTTGACGTATCATTTAATTGAATAATCTTCTTAGTATAAAACAAAGCCAACGCCGGGTGGAAAATGTACGGATAATACGGTAATGGAACACTTTTTTGTAGTTTAAAGACGGATAAACTTTATTGTGAAAACGATGCCATTTTGTCTTTGTGATATTACAAATTTTTGAATCGTTACACTAATCATCCAATCCATTCAACGC > 1/1795560‑1796036 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |