| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,747,914 | T→C | *156* (TAA→TGA) | unknown ← | Phosphohistidine phosphatase SixA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,747,914 | 0 | T | C | 100.0% | 58.4 / NA | 18 | *156* (TAA→TGA) | unknown | Phosphohistidine phosphatase SixA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (12/6); total (12/6) | |||||||||||
ACAATATTGTTCTGTAAGACACCTATAGTGTGTAACAAAAATTTACAAAGGCAAGTATTTTTTTGTTAAAACTTGCTTAAAAATAGCAAAGTACAATTAATAAAAAGTCACAATAAGATGAAATATATCGTTTTTTAGATTTTAATTTTGAAGCAAAATAAAATTTACAAAAAATTTAATATAGGTTAAAATTTATCCAAATATTTAATTCCGATGACCTCAGCGCACTCATCACCGAGATAAATTTCCGCAATGGTTGCCGGGTAAAAACTCGCGGGATTTCGACCGCACATTTCTTTCACAATGTCGCCAACTAAAGGCAAATGAGAAATGATTAACACATTTTCCACACCTTCTTCAGCTAACACGGAGAGATAATCGCTCACAATGCCGGAATCGCCGTAAGGCGTGATACCATCCCA > 1/1747728‑1748149 | aCAATATTGTTCTGTAAGACACCTATAGTGTGTAACAAAAATTTACAAAGGCAAGTATTTTTTTGTTAAAACTTGCTTAAAAATAGCAAAGTACAATTAATAAAAAGTCACAATAAGATGAAATATATCGTTTTTTAGATTTTAATTTTGAAGCAAAATAAAATTTACAAAAAATTTAATATAGGTCAAAATTTATCCAAATATTTAATTCCGATGACCTCAGCGCACTCATCACCga > 1:729956/1‑238 (MQ=255) cacCTATAGTGTGTAACAAAAATTTACAAAGGCAAGTATTTTTTTGTTAAAACTTGCTTAAAAATAGCAAAGTACAATTAATAAAAAGTCACAATAAGATGAAATATATCGTTTTTTAGATTTTAATTTTGAAGCAAAATAAAATTTACAAAAAATTTAATATAGGTCAAAATTTATCCAAATATTTAATTCCGATGACCTCAGCGCACTCATCACCGAGATAAATTTCCGCAATGGTTGCCGGGTaaaaa > 1:665126/1‑251 (MQ=255) acCTATAGTGTGTAACAAAAATTTACAAAGGCAAGTATTTTTTTGTTAAAACTTGCTTAAAAATAGCAAAGTACAATTAATAAAAAGTCACAATAAGATGAAATATATCGTTTTTTAGATTTTAATTTTGAAGCAAAATAAAATTTACAAAAAATTTAATATAGGTCAAAATTTATCCAAATATTTAATTCCGATGACCTCAGCGCACTCATCACCGAGATAAATTTCCGCAATGGTTGCCGGGTAAAAAc < 1:494954/251‑1 (MQ=255) ccTATAGTGTGTAACAAAAATTTACAAAGGCAAGTATTTTTTTGTTAAAACTTGCTTAAAAATAGCAAAGTACAATTAATAAAAAGTCACAATAAGATGAAATATATCGTTTTTTAGATTTTAATTTTGAAGCAAAATAAAATTTACAAAAAATTTAATATAGGTCAAAATTTATCCAAATATTTAATTCCGATGACCTCAGCGCACTCATCACCGAGATAAATTTCCGCAATGGTTGCCGGGTaaaac > 1:541833/1‑248 (MQ=255) gTACAATTAATAAAAAGTCACAATAAGATGAAATATATCGTTTTTTAGATTTTAATTTTGAAGCAAAATAAAATTTACAAAAAATTTAATATAGGTCAAAATTTATCCAAATATTTAATTCCGATGACCTCAGCGCACTCATCACCGAGATAAATTTCCGCAATGGTTGCCGGGTAAAAACTCGCGGGATTTCGACCGCACATTTCTTTCACAATGTCGCCAACTa > 1:835582/1‑226 (MQ=255) aGATGAAATATATCGTTTTTTAGATTTTAATTTTGAAGCAAAATAAAATTTACAAAAAATTTAATATAGGTCAAAATTTATCCAAATATTTAATTCCGATGACCTCAGCGCACTCATCAcc > 1:696853/1‑121 (MQ=255) aTGAAATATATCGTTTTTTAGATTTTAATTTTGAAGCAAAATAAAATTTACAAAAAATTTAATATAGGTCAAAAt > 1:784162/1‑75 (MQ=255) gAAATATATCGTTTTTTAGATTTTAATTTTGAAGCAAAATAAAATTTACAAAAAATTTAATATAGGTCAAAATTTATCCAAATATTTAATTCCGATGACCTCAGCGCACTCATCACCGAGATAAATTTCCGCAATGGTTGCCGGGTAAAAACTCGCGGGATTTCGAc < 1:135428/167‑1 (MQ=255) gAAATATATCGTTTTTTAGATTTTAATTTTGAAGCAAAATAAAATTTACAAAAAATTTAATATAGGTCAAAATTTATCCAAATATTTAATTCCGATGACCTCAGCGCACTCATCACCGAGATAAATTTCCGCAATGGTTGCCGGGTAAAAACTCGCGGGATTTCGACCGCACATTTCTTTcac > 1:331785/1‑183 (MQ=255) gAAATATATCGTTTTTTAGATTTTAATTTTGAAGCAAAATAAAATTTACAAAAAATTTAATATAGGTCAAAATTTATCCAAATATTTAATTCCGATGACCTCAGCGCACTCATCACCGAGATAAATTTCCGCAATGGTTGCCGGGTAAAAACTCGCGGGATTTCGACCGCACATTTCTTTCACAATGTCGCCAACTAAAGGCAAATGAGAAATGATTAACACATTTTCCACACCTTCTTCAGCTAACACgg > 1:858162/1‑251 (MQ=255) aaaTTTAATATAGGTCAAAATTTATCCAAATATTTAATTCCGATGACCTCAGCGCACTCATCACCGAGATAAATTTCCGCAATGGTTGCCGGGTAAAAACTCGCGGGATTTCGACCGCACATTTCTTTCACAATGTCGCCAACTAAAGGCAAATGAGAAATGATTAACACATTTTCCACACCTTCTTCAGCTAACACGGAGAGATAATCGCTCACAATGCCGGAATCGCCGTAAGGCGTGATACCATCCCa > 1:90668/1‑251 (MQ=255) aaTTTAATATAGGTCAAAATTTATCCAAATATTTAATTCCGATGACCTCAGCGCACTCATCACCGAGATAAATTTCCGCAATGGTTGCCGGGTAAAAACTCGCGGGATTTCGACCGCACATTTCTTTCACAATGTCGCCAACTAAAGGCAAATGAGAAATGATTAACACATTTTCCACACCTTCTTCAGCTAaccgacaaactgaaaa < 1:764608/208‑15 (MQ=255) aTTTAATATAGGTCAAAATTTATCCAAATATTTAATTCCGATGACCTCAGCGCACTCATCACCGAGATAAATTTCCGCAATGGTTGCCGGGTAAAAACTCGCGGGATTTCGACCGCACATTTCTTTCACAATGTCGCCAACTAAAGGCAAATGAGAAATGATTAacac < 1:595252/168‑1 (MQ=255) aTTTAATATAGGTCAAAATTTATCCAAATATTTAATTCCGATGACCTCAGCGCACTCATCACCGAGATAAATTTCCGCAATGGTTGCCGGGTAAAAACTCGCGGGATTTCGACCGCACATTTCTTTCACAATGTCGCCAACTAAAGGCAAATGAGAAATGATTAACACATTTTCCACAcc < 1:286798/180‑1 (MQ=255) aTTTAATATAGGTCAAAATTTATCCAAATATTTAATTCCGATGACCTCAGCGCACTCATCACCGAGATAAATTTCCGCAATGGTTGCCGGGTAAAAACTCGCGGGATTTCGACCGCACATTTCTTTCACAATGTCGCCAACTAAAGGCAAATGAGAAATGATTAACACATTTTCCACAcc < 1:190250/180‑1 (MQ=255) aTTTAATATAGGTCAAAATTTATCCAAATATTTAATTCCGATGACCTCAGCGCACTCATCACCGAGATAAATTTCCGCAATGGTTGCCGGGTAAAAACTCGCGGGATTTCGACCGCACATTTCTTTCACAATGTCGCCAACTAAAGGCAAATGAGAAATGATTAACACATTTTCCACACCTTCTTCAGCTAACACGGAGAGATAATc > 1:765705/1‑207 (MQ=255) aTTTAATATAGGTCAAAATTTATCCAAATATTTAATTCCGATGACCTCAGCGCACTCATCACCGAGATAAATTTCCGCAATGGTTGCCGGGTAAAAACTCGCGGGATTTCGACCGCACATTTCTTTCACAATGTCGCCAACTAAAGGCAAATGAGAAATGATTAACACATTTTCCACACCTTCTTCAGCTAACACGGAGAGATAATCGCTCACAATGCCGGAATCGCCGTAAGGCGTGATAc > 1:301986/1‑242 (MQ=255) aTTTAATATAGGTCAAAATTTATCCAAATATTTAATTCCGATGACCTCAGCGCACTCATCACCGAGATAAATTTCCGCAATGGTTGCCGGGTAAAAACTCGCGGGACTTCGACCGCACATTTCTTTCACAATGTCGCCAACTAAAGGCAAATGAGAAATGATTAacac > 1:848499/1‑168 (MQ=255) | ACAATATTGTTCTGTAAGACACCTATAGTGTGTAACAAAAATTTACAAAGGCAAGTATTTTTTTGTTAAAACTTGCTTAAAAATAGCAAAGTACAATTAATAAAAAGTCACAATAAGATGAAATATATCGTTTTTTAGATTTTAATTTTGAAGCAAAATAAAATTTACAAAAAATTTAATATAGGTTAAAATTTATCCAAATATTTAATTCCGATGACCTCAGCGCACTCATCACCGAGATAAATTTCCGCAATGGTTGCCGGGTAAAAACTCGCGGGATTTCGACCGCACATTTCTTTCACAATGTCGCCAACTAAAGGCAAATGAGAAATGATTAACACATTTTCCACACCTTCTTCAGCTAACACGGAGAGATAATCGCTCACAATGCCGGAATCGCCGTAAGGCGTGATACCATCCCA > 1/1747728‑1748149 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |