| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,715,684 | T→C | E42G (GAA→GGA) | unknown ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,715,684 | 0 | T | C | 100.0% | 147.6 / NA | 45 | E42G (GAA→GGA) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (22/23); total (22/23) | |||||||||||
CAAGGCAACCGTCACCACGTTGGTTGGCTCCTAATACTTTGGCAATGTCATTTCCCTGAGAAGGTTTTTCACAAAGATAGAGTTTCATTTTTTACCTCGCTTAAACGCATTCCAGAGAATTCAGCCAATCCGGACAAACACTAATTCGGATAAACTGCATATTAAGATCCCAGCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATTCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGTTTACCCCGATAGAGAACGGATTTCTCCTTATTAAAGCTTGTCATTGTGTGCTCCTTTTTTCTTTTGCAATGCATACTGTTTCAACTCTTCAATAGAAATATGTTGTAATCCTTTTTTGATGATTTCCTGCAAAATGTCAGTTTCTTTAACCATTA > 1/1715460‑1715919 | cAAGGCAACCGTCACCACGTTGGTTGGCTCCTAATACTTTGGCAATGTCATTTCCCTGAGAAGGTTTTTCACAAAGATAGAGTTTCATTTTTTACCTCGCTTAAACGCATTCCAGAGAATTCAGCCAATCCGGACAAACACTAATTCGGATAAACTGCATATTAAGATCCCAGCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATAc < 1:21816/250‑1 (MQ=255) aaCCGTCACCACGTTGGTTGGCTCCTAATACTTTGGCAATGTCATTTCCCTGAGAAGGTTTTTCACAAAGATAGAGTTTCATTTTTTACCTCGCTTAAACGCATTCCAGAGAATTCAGCCAATCCGGACAAACACTAATTCGGATAAACTGCATATTAAGATCCCAGCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATc < 1:426780/237‑1 (MQ=255) tCACCACGTTGGTTGGCTCCTAATACTTTGGCAATGTCATTTCCCTGAGAAGGTTTTTCACAAAGATAGAGTTTCATTTTTTACCTCGCTTAAACGCATTCCAGAGAATTCAGCCAATCCGGACAAACACTAATTCGGATAAACTGCATATTAAGATCCCAGCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATAcc < 1:359381/240‑1 (MQ=255) ttggttggCTCCTAATACTTTGGCAATGTCATTTCCCTGAGAAGGTTTTTCACAAAGATAGAGTTTCATTTTTTACCTCGCTTAAACGCATTCCAGAGAATTCAGCCAATCCGGACAAACACTAATTCGGATAAACTGCATATTAAGATCCCAGCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATAc > 1:793099/1‑231 (MQ=255) gCTCCTAATACTTTGGCAATGTCATTTCCCTGAGAAGGTTTTTCACAAAGATAGAGTTTCATTTTTTACCTCGCTTTAACGCATTCCAGAGAATTCAGCCAATCCGGACAAACACTAATTCGGATAAACTGCATATTAAGATCCCAGCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAatat < 1:626664/250‑1 (MQ=255) gCTCCTAATACTTTGGCAATGTCATTTCCCTGAGAAGGTTTTTCACAAAGATAGAGTTTCATTTTTTACCTCGCTTAAACGCATTCCAGAGAATTCAGCCAATCCGGACAAACACTAATTCGGATAAACTGCATATTAAGATCCCAGCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAAtata > 1:388243/1‑251 (MQ=255) cTAATACTTTGGCAATGTCATTTCCCTGAGAAGGTTTTTCACAAAGATAGAGTTTCATTTTTTACCTCGCTTAAACGCATTCCAGAGAATTCAGCCAATCCGGACAAACACTAATTCGGATAAACTGCATATTAAGATCCCAGCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAAttt < 1:99562/251‑1 (MQ=255) aCTTTGGCAATGTCATTTCCCTGAGAAGGTTTTTCACAAAGATAGAGTTCCATTTTTTACCTCGCTTAAACGCATTCCAGAGAATTCAGCAAATCCGGACAAACACTAATTCGGATAAACTGCATATTAAGATCCCAGCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCa > 1:128391/1‑251 (MQ=255) cTTTGGCAATGTCATTTCCCTGAGAAGGTTTTTCACAAAGATAGAGTTTCATTTTTTACCTCGCTTAAACGCATTCCAGAGAATTCAGCCAATCCGGACAAACACTAATTCGGATAAACTGCATATTAAGATCCCAGCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCAcc < 1:617711/220‑1 (MQ=255) tCCCTGAGAAGGTTTTTCACAAAGATAGAGTTTCATTTTTTACCTCGCTTAAACGCATTCCAGAGAATTCAGCCAATCCGGACAAACACTAATTCGGATAAACTGCATATTAAGATCCCAGCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCatatat > 1:353657/1‑250 (MQ=255) aaGATAGAGTTTCATTTTTTACCTCGCTTAAACGCATTCCAGAGAATTCAGCCAATCCGGACAAACACTAATTCGGATAAACTGCATATTAAGATCCCAGCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATAc > 1:570359/1‑177 (MQ=255) gagTTTCATTTTTTACCTCGCTTAAACGCATTCCAGAGAATTCAGCCAATCCGGACAAACACTAATTCGGATAAACTGCATATTAAGATCCCAGCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCAcc < 1:46350/177‑1 (MQ=255) ttttttACCTCGCTTAAACGCATTCCAGAGAATTCAGCCAATCCGGACAAACACTAATTCGGATAAACTGCATATTAAGATCCCAGCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCCTATATTGTTTACCCCGATAGAGAACGGATTTCTCCttatta > 1:126375/1‑251 (MQ=255) ttACCTCGCTTAAACGCATTCCAGAGAATTCAGCCAATCCGGACAAACACTAATTCGGATAAACTGCATATTAAGATCCCAGCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGTTTACCCCGATAGAGAACGGATTTCTCCTTATTAAAGc < 1:582773/251‑1 (MQ=255) cTTAAACGCATTCCAGAGAATTCAGCCAATCCGGACAAACACTAATTCGGATAAACTGCATATTAAGATCCCAGCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGTTTACCCCGATAGAGAACGGATTTCTCCttatt < 1:165506/238‑1 (MQ=255) ttCCAGAGAATTCAGCCAATCCGGACAAACACTAATTCGGATAAACTGCATATTAAGATCCCAGCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGTTTACCCCGATAGAGAAc < 1:798779/213‑1 (MQ=255) agagAATTCAGCCAATCCGGACAAACACTAATTCGGATAAACTGCATATTAAGATCCCAGCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATc > 1:558840/1‑130 (MQ=255) gACAAACACTAATTCGGATAAACTGCATATTAAGATCCCAGCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGTTTACCCCGATAGAGAACGGATTtctc > 1:90347/1‑199 (MQ=255) cacTAATTCGGATAAACTGCATATTAAGATCCCAGCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGTTTACCCCGATAGAGAACGGATTTCTCCTTATTAAAGCTTGTCATTGTGTGCTCCTTTTTTCTTTTGCAATGCATACTGTTTCaa > 1:270469/1‑251 (MQ=255) ccTAATTCGGATAAACTGCATATTAAGATCCCAGCCATAGTTATATTCATTCATAAAGCTTATTGTGTTGCCAGGTTAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCCCCTGTCGGTTGGGTCGCAATATAATTTACCCCCTCGGGAACCATATATTGTTTACCCCGATAGAGAACGGATTTCTCCTTATTAAAGCTTGTCATTGTGTGCTCCTTTTTTCTTTTGCAATGCATACTGTTTCAAc < 1:564491/250‑1 (MQ=255) acTAATTCGGATAAACTGCATATTAAGATCCCAGCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGTTTACCCCGATAGAGAACGGATTTCTCCTTATTAAAGCTTGTCATTGTGTGCTCCTTTTTTCTTTTGCAATGCATACTGTTTCAAc < 1:671412/251‑1 (MQ=255) cGGATAAACTGCATATTAAGATCCCAGCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATAcc > 1:799745/1‑105 (MQ=255) gCATATTAAGATCCCAGCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGTTTACCCCGATAGAGAAc < 1:801916/166‑1 (MQ=255) gCATATTAAGATCCCAGCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGTTTACCCCGATAGAGAACGGATTTCTCCTTATTAAAGCTTGTCATTGTGTGCTCCTTTTTTCTTTTGCAATGCATACTGTTTCAACTCTTCAATAGAAata < 1:19703/249‑1 (MQ=255) aGCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGTTTACCCCGATAGAGAACGGATTTCTCCTTATTaa < 1:853403/168‑1 (MQ=255) gCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGTTTAccc < 1:654848/139‑1 (MQ=255) tAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCAcc > 1:366707/1‑80 (MQ=255) tAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGTTTACCCCGATAGAGAACGGATTTCTCCTTATTAAAGCTTGTCATTGTGTGCTCCTTTTTTCTTTTGCAATGCATACTGTTTCAACTCTTCAATAGAAatat > 1:183663/1‑230 (MQ=255) gTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGt > 1:436567/1‑85 (MQ=255) gTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTAccc > 1:529682/1‑107 (MQ=255) gTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGTTTACCCCGATAGAGAACGGATTTCTCCTTATTAAAGCTTGTCATTGTGTGCTCCTTTTTTCTTTTGCAATGCATACTGTTTCAAc > 1:895376/1‑212 (MQ=255) gTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGTTTACCCCGATAGAGAACGGATTTCTCCTTATTAAAGCTTGTCATTGTGTGCTCCTTTTTTCTTTTGCAATGCATACTGTTTCAACTCTTCAAt > 1:414099/1‑220 (MQ=255) atataCATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCatatat < 1:193610/121‑1 (MQ=255) atataCATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTACTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGTTTACCCCGATAGAGAACGGATTTCTCCTTATTAAAGc > 1:167503/1‑161 (MQ=255) cATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGTTTACCCCGATAGAGAACGGATTTCTCCTTATTAAAGCTTGTCATTGTGTGCTCCTTTTTTCTTTTGCAATGCATACTGTTTCAACTCTTCAATAg > 1:759328/1‑214 (MQ=255) tCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGTTTACCCCGATAGAGAACGGATTTCTCCTTATTAAAGCTTGTCATTGTGTGCTCCTTTTTTCTTTTGCAATGCATACTGt < 1:31067/195‑1 (MQ=255) agCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGt > 1:718404/1‑110 (MQ=255) agCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGTTTACCCCGATAGAGAACGGATTTCTCCTTATTAAAGCTTGTCATTGTGTGCTCCTTTTTTCTTTTGCAATGCATACTGTTTCAActc > 1:699658/1‑197 (MQ=255) tgtTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGTTTACCCCGATAGAGAACGGATTTCTCCTTATTAAAGCTTGTCATTGTGTGCTCCTTTTTTCTTTTGCAATGCATACTGTTTCAACTCTTCAATAGAAATATGTTGTAATCCTTTTTTGATGATTTCCTGCAAAATGTCAGTTTCTTTAAc < 1:837547/251‑1 (MQ=255) tgtTGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGTTTACCCCGATAGAGAACGGATTTCTCCTTATTAAAGCTTGTCATTGTGTGCTCCTTTTTTCTTTTGCAATGCATACTGTTTCAACTCTTCAATAGAAATATGTTGTAATCCTTTTTTGATGATTTCCTGCAAAATGTCAGTTTCTTTAAc < 1:858701/251‑1 (MQ=255) ttGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGTTTACCCCGATAGAGAACGGATTTCTCCTTATTAAAGCTTGTCATTGTGTGCTCCTTTTTTCTTTTGCAATGCATACTGTTTCAACTCTTCAATAGAAATATGTTGTAATCCTTTTTTGATGATTTCCTGCAAAATGTCAGTTTCTTTAAcc < 1:54311/250‑1 (MQ=255) ttGCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGTTTACCCCGATAGAGAACGGATTTCTCCTTATTAAAGCTTGTCATTGTGTGCTCCTTTTTTCTTTTGCAATGCATACTGTTTCAACTCTTCAATAGAAATATGTTGTAATCCTTTTTTGATGATTTCCTGCAAAATGTCAGTTTCTTTAAcc < 1:858681/250‑1 (MQ=255) gCCAGGTAAGGTAAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGTTTACCCCGATAGAGAACGGATTTCTCCTTATTAAAGCTTGTCATTGTGTGCTCCTTTTTTCTTTTGCAATGCATACTGTTTCAACTCTTCAATAGAAATAtgt > 1:136385/1‑200 (MQ=255) aggtaaggtaAATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGTTTACCCCGATAGAGAACGGATTTCTCCTTATTAAAGCTTGTCATTGTGTGCTCCTTTTTTCTTTTGCAATGCATACTGTTTCAACTCTTCAATAGAAATATGTTGTAATCCTTTTTTGATGATTTCCTGCAAAATGTCAGTTTCTTTAACCATTa > 1:18944/1‑249 (MQ=255) aggtaaATCCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGTTTACCCCGATAGAGAACGGATTTCTCCTTATTAAAGCTTGTCATTGTGTGCTCCTTTTTTCTTTTGCAATGCATACt < 1:586806/166‑1 (MQ=255) | CAAGGCAACCGTCACCACGTTGGTTGGCTCCTAATACTTTGGCAATGTCATTTCCCTGAGAAGGTTTTTCACAAAGATAGAGTTTCATTTTTTACCTCGCTTAAACGCATTCCAGAGAATTCAGCCAATCCGGACAAACACTAATTCGGATAAACTGCATATTAAGATCCCAGCCATAGTTATATACATTCATAGAGCTTATTGTGTTGCCAGGTAAGGTAAATTCGGGTTTCTCCTTAAATCCATATACCTCACCTGTCGGTTGTGTCGCAATATAATTTACCCACTCGGGAACCATATATTGTTTACCCCGATAGAGAACGGATTTCTCCTTATTAAAGCTTGTCATTGTGTGCTCCTTTTTTCTTTTGCAATGCATACTGTTTCAACTCTTCAATAGAAATATGTTGTAATCCTTTTTTGATGATTTCCTGCAAAATGTCAGTTTCTTTAACCATTA > 1/1715460‑1715919 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |