| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 1,456,972 | G→A | T22T (ACG→ACA) | unknown → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,456,972 | 0 | G | A | 100.0% | 236.9 / NA | 70 | T22T (ACG→ACA) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (32/38); total (32/38) | |||||||||||
GTTATTTCGTTTATCAACGAAAACTTTGAAATACCGTTATTAAAGGGTAGTACGGCGGTACGCGTCAGCTATGCAGAAGTCTTAAGTTCCGGTAATACGGTTTTTGAAAGTCAGTCTAAAGAAGCGAAAGCAGAGATTAATCAAATCACAAATGAAATTTTAACTGCACTAGGAGTTCAATATGAGTAAATTAACAAAAGGTACACTAAGCAAATCCGGGCTTTCTATGGGTAGCATTGAAAAAACGGCTATGCCACAGCTCAAAGAGGAAGTAACTACTGCCGAACAACGAACTACTATCATGATTCCGGTGGATATTTACAAAGCAGCGAAGAAATACGCGTTACTTAATGATATTAAGTTGAAAGAGTATTTTAATGACTTACTTAGTAAGGATTTAAAAGAAAAAGGCATGTTATGAATATTTATACAAAAGCATAAATATTTGTAAGCATAAAAATGGAAAAGTGAACATGAATACTGTAAATG > 1/1456726‑1457214 | gttattgagTTTATTAAAGATAACTTTGAAATCCCGTTATTAGAAGGCAGTACAACGGTTCGCGTCAGCTATGCCGAAGTATTAAGCTCCGGCAATACGGTTTTTGAAAGTCAGTCTAAAGAAGCGAAAGCAGAGATTAATCAAATCACAAATGAAATTTTAACTGTACTAGGAGTTCAATATGAGTAAATTAACAAAAGGCACACTAAGCAAATCCGGGCTTTCTATGGGTAGCATTGAAAAAACAGCTa > 1:551538/9‑251 (MQ=255) 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aaGCAAATCCGGGCTTTCTATGGGTAGCATTGAAAAAACAGCTATGCCACAGCTCAAAGAGGAAGTAACTACTGCCGAACAACGAACTACTATCATGATTCCGGTGGATATTTACAAAGCAGCGAAGAAATACGCGTTACTTAATGATATTAAGTTGAAAGAGTATTTTAATGACTTACTTAGTAAGGATTTAAAAGAAAAAGGCATGTTATGAATATTtat > 1:669786/1‑222 (MQ=255) ccGGGCTTTCTATGGGTAGCATTGAAAAAACAGCTATGCCACAGCTCAAAGAGGAAGTAACTACTGCCGAACAACGAACTACTATCATGATTCCGGTGGATATTTACAAAGCAGCGAAGAAATACGCGTTACTTAATGATATTAAGTTGAAAGAGTATTTTAATGACTTACTTAGTAAGGATTTAAAAGAAAAAGGCATGTTATGAATATTTATACAAAAGCATAAATATTTGTAAGCATAAAAATGGaaa < 1:360340/251‑1 (MQ=255) ggCTTTCTATGGGTAGCATTGAAAAAACAGCTATGCCACAGCTCAAAGAGGAAGTAACTACTGCCGAACAACGAACTACTATCATGATTCCGGTGGATATTTACAAAGCAGCGAAGAAATACGCGTTACTTAATGATATTAAGTTGAAAGAGTATTTTaa < 1:783153/160‑1 (MQ=255) ttCTATGGGTAGCATTGAAAAAACAGCTATGCCACAGCTCAAAGAGGAAGTAACTACTGCCGAACAACGAACTACTATCATg < 1:901702/82‑1 (MQ=255) tAGCATTGAAAAAACAGCTATGCCACAGCTCAAAGAGGAAGTAACTACTGCCGAACAACGAACTACTATCATGATTCCGGGGGATATTTACAAAGCAGCGAAGAAATACGCGTTACTTAATGATATTAAGTTGAAAGAGTATTTTAATGACTTACTTAGTAAGGATTTAAAAGAAAAAGGCATGTTATGAATATTTATACAAAAGCATAAATATTTGTAAGCATAAAAATGGAAAAGTGAACATGAATAc < 1:424505/250‑1 (MQ=255) gCATTGAAAAAACAGCTATGCCACAGCTCAAAGAGGACGTAACTACTGCCGAACAACGAACTACTATCATGATTCCGGTGGATATTTACAAAGCAGCGAAGAAATACGCGTTACTTAATGATATTAAGt > 1:700900/1‑129 (MQ=255) gCATTGAAAAAACAGCTATGCCACAGCTCAAAGAGGAAGTAACTACTGCCGAACAACGAACTACTATCATGATTCCGGTGGATATTTACAAAGCAGCGAAGAAATACGCGTTACTTAATGATATTAAGTTGAAAGAGTATTTTAATGACTTACTTAGTAAGGAt < 1:497460/164‑1 (MQ=255) aaaaaaCAGCTATGCCACAGCTCAAAGAGGAAGTAACTACTGCCGAACAACGAACTACTATCATGATTCCGGTGGATATTTACAAAGCAGCGAAGAAATACGCGTTACTTAATGATATTAAGTTGAAAGAGTATTTTAATGACTTACTTAGTAAGGATTTAAAAGAAAAAGGCATGTTATGAATATTTATACAAAAGCATAAATATTTGTAAGCATAAAAATGGAAAAGTGAACATGAATACTGTAAATg < 1:106016/250‑1 (MQ=255) | GTTATTTCGTTTATCAACGAAAACTTTGAAATACCGTTATTAAAGGGTAGTACGGCGGTACGCGTCAGCTATGCAGAAGTCTTAAGTTCCGGTAATACGGTTTTTGAAAGTCAGTCTAAAGAAGCGAAAGCAGAGATTAATCAAATCACAAATGAAATTTTAACTGCACTAGGAGTTCAATATGAGTAAATTAACAAAAGGTACACTAAGCAAATCCGGGCTTTCTATGGGTAGCATTGAAAAAACGGCTATGCCACAGCTCAAAGAGGAAGTAACTACTGCCGAACAACGAACTACTATCATGATTCCGGTGGATATTTACAAAGCAGCGAAGAAATACGCGTTACTTAATGATATTAAGTTGAAAGAGTATTTTAATGACTTACTTAGTAAGGATTTAAAAGAAAAAGGCATGTTATGAATATTTATACAAAAGCATAAATATTTGTAAGCATAAAAATGGAAAAGTGAACATGAATACTGTAAATG > 1/1456726‑1457214 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |