| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,456,927 | T→C | G7G (GGT→GGC) | unknown → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,456,927 | 0 | T | C | 98.6% | 238.3 / ‑2.6 | 69 | coding (21/240 nt) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (33/35); minor base . (1/0); total (34/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.29e-01 | |||||||||||
GTCATCAGTCAAACGAATAAGAAGACAAATTTAGCTAAAGAAGTTATTTCGTTTATCAACGAAAACTTTGAAATACCGTTATTAAAGGGTAGTACGGCGGTACGCGTCAGCTATGCAGAAGTCTTAAGTTCCGGTAATACGGTTTTTGAAAGTCAGTCTAAAGAAGCGAAAGCAGAGATTAATCAAATCACAAATGAAATTTTAACTGCACTAGGAGTTCAATATGAGTAAATTAACAAAAGGTACACTAAGCAAATCCGGGCTTTCTATGGGTAGCATTGAAAAAACGGCTATGCCACAGCTCAAAGAGGAAGTAACTACTGCCGAACAACGAACTACTATCATGATTCCGGTGGATATTTACAAAGCAGCGAAGAAATACGCGTTACTTAATGATATTAAGTTGAAAGAGTATTTTAATGACTTACTTAGTAAGGATTTAAAAGAAAAAGGCATGTTATGAATATTTATAC > 1/1456684‑1457156 | gTCATCAGTCAAACAAATAAACAAACCAATTTAGCAAAAGATGTTATTGAGTTTATTAAAGATAACTTTGAAATTCCGTTATTAGAAGGCAGTACAACGGTTCGCGTCAGCTATGCCGAAGTATTAAGCTCCGGCAATACGGTTTTTGAAAGTCAGTCTAAAGAAGCGAAAGCAGAGATTAATCAAATCACAAATGAAATTTTAACTGTACTAGGAGTTCAATATGAGTAAATTAACAAAAGGCACACTaa > 1:674597/1‑251 (MQ=255) tcaaacaaataaacaaaccaaTTTAGCAAAAGATGTTATTGAGTTTATTAAAGATAACTTTGAAATTCCGTTATTAGAAGGCAGTACAACGGTTCGCGTCAGCTATGCCGAAGTATTAAGCTCCGGCAATACGGTTTTTGAAAGTCAGTCTAAAGAAGCGAAAGCAGAGATTAATCAAATCACAAATGAAATTTTAACTGTACTAGGAGTTCAATATGAGTAAATTAACAAAAGGCACACTAAGCAAATcc < 1:335871/232‑1 (MQ=255) caaataaacaaaccaaTTTAGCAAAAGATGTTATTGAGTTTATTAAAGATAACTTTGAAATTCCGTTATTAGAAGGCAGTACAACGGTTCGCGTCAGCTATGCCGAAGTATTAAGCTCCGGCAATACGGTTTTTGAAAGTCAGTCTAAAGAAGCGAAAGCAGAGATTAATCAAATCACAAATGAAATTTTAACTGTACTAGGAGTTCAATATGAGTAAATTAACAAAAGGCACACTAAGCAAATCCggg > 1:334441/15‑249 (MQ=255) atgttattgagTTTATTAAAGATAACTTTGAAATTCCGTTATTAGAAGGCAGTACAACGGTTCGCGTCAGCTATGCCGAAGTATTAAGCTCCGGCAATACGGTTTTTGAAAGTCAGTCTAAAGAAGCGAAAGCAGAGATTAATCAAATCACAAATGAAATTTTAACTGTACTAGGAGTTCAATATGAGTAAATTAACAAAAGGCACACTAAGCAAATCCGGGCTTTCTATGGGTAGCATTGAAAAAAcag > 1:508724/11‑248 (MQ=255) 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(MQ=255) acaacggTTCGCGTCAGCTATGCCGAAGTATTAAGCTCCGGCAATACGGTTTTTGAAAGTCAGTCTAAAGAAGCGAAAGCAGAGATTAATCAAATCACAAATGAAATTTTAACTGTACTAGGAGTTCAATATGAGTAAATTAACAAAAGGCACACTAAGCAAATCCGGGCTTTCTATGGGTAGCATTGAAAAAACAGCTATGCCACAGCTCAAAGAGGAAGTAACTACTGCCGAACAACGAACTACTATCa < 1:168633/247‑1 (MQ=255) cgcgTCAGCTATGCCGAAGTATTAAGCTCCGGCAATACGGTTTTTGAAAGTCAGTCTAAAGAAGCGAAAGCAGAGATTAATCAAATCACAAATGAAATTTTAACTGTACTAGGAGTTCAATATGAGTAAATTAACAAAAGGCACACTAAGCAAATCCGGGCTTTCTATGGGTAGCATTGAAAAAACAGCTATGCCACAGCTCAAAGAGGAAGTAACTACTGCCGAACAACGAACTACTATCATGATTCCgg < 1:584263/251‑1 (MQ=255) aTGCCGAAGTATTAAGCTCCGGCAATACGGTTTTTGAAAGTCAGTCTAAAGAAGCGAAAGCAGAGATTAATCAAATCACAAATGAAATTTTAACTGTACTAGGAGTTCAATATGAGTAAATTAACAAAAGGCACACTAAGCAAATCCGGGCTTTCTATGGGTAGCATTGAAAAAACAGCTATGCCACAGCTCAAAGAGGAAGTAACTACTGCCGAACAACGAACTACTATCATGATTCCGGTGGATATTTa > 1:252806/1‑251 (MQ=255) 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gTTCAATATGAGTAAATTAACAAAAGGCACACTAAGCAAATCCGGGCTTTCTATGGGTAGCATTGAAAAAACAGCTATGCCACAGCTCAAAGAGGAAGTAACTACTGCCGAACAACGAACTACTATCATGATTCCGGTGGATATTTACAAAGCAGCGAAGAAATACGCGTTACTTAATGa > 1:616642/1‑180 (MQ=255) cAATATGAGTAAATTAACAAAAGGCACACTAAGCAAATCCGGGCTTTCTATGGGTAGCATTGAAAAAACAGCTATGCCACAGCTCAAAGAGGAAGTAACTACTGCCGAACAACGAACTACTATCATGATTCCGGTGGATATTTACAAAGCAGCGAAGAAATACGCGTTACTTAATGATATTAAGt < 1:347947/185‑1 (MQ=255) cAATATGAGTAAATTAACAAAAGGCACACTAAGCAAATCCGGGCTTTCTATGGGTAGCATTGAAAAAACAGCTATGCCACAGCTCAAAGAGGAAGTAACTACTGCCGAACAACGAACTACTATCATGATTCCGGTGGATATTTACAAAGCAGCGAAGAAATACGCGTTACTTAATGATATTAAGTTGAAagag > 1:384715/1‑193 (MQ=255) aaTATGAGTAAATTAACAAAAGGCACACTAAGCAAATCCGGGCTTTCTATGGGTAGCATTGAAAAAACAGCTATGCCACAGCTCAAAGAGGAAGTAACTACTGCCGAACAACGAACTACTATCATGATTCCGGTGGATATTTACAAAGCAGCGAAGAAATACGCGTTACTTAATGATATTAAGTTGAAAGAGTATTTTAATg < 1:470705/202‑1 (MQ=255) tatGAGTAAATTAACAAAAGGCACACTAAGCAAATCCGGGCTTTCTATGGGTAGCATTGAAAAAACAGCTATGCCACAGCTCAAAGAGGAAGTAACTACTGCCGAACAACGAACTACTATCATGATTCCGGTGGATATTTACAAAGCAGCGAAGAAATACGCGTTACTTAATGATATTAAGTTGAAAGAGTATTTTAATGACTTACTTAGTAAGGATTTAAAAGAAAAAGGCATGTTATGAATATTTATAc < 1:606528/251‑1 (MQ=255) gAGTAAATTAACAAAAGGCACACTAAGCAAATCCGGGCTTTCTATGGGTAGCAt < 1:583073/54‑1 (MQ=255) gTAAATTAACAAAAGGCACACTAAGCAAATCCGGGCTTTCTATGGGTAGCATTGAAAAAACAGCTATGCCACAGCTCAAAGAGGAAGTAACTACTGCCGAACAACGAACTACTATCATGATTCCGGTGGATATTTACAAAGCAGCGAAGAAATACGCGTTACTTAATGATATTAAGTTGAAAGAGTATTTTAATGACTTACTTAGTAAGGATTTAAAAGAAAAAGGc > 1:642142/1‑227 (MQ=255) aaCAAAAGGCACACTAAGCAAATCCGGGCTTTCTATGGGTAGCATTGAAAAAACAGCTATGCCACAGCTCAAAGAGGAAGTAACTACTGCCGAACAACGAACTACTATCATGATTCCGGTGGATATTTACAAAGCAGCGAAGAAATACGCGTTACTTAATGATATTAAGTTGAAAGAGTATTTTaa > 1:524582/1‑186 (MQ=255) aaGGCACACTAAGCAAATCCGGGCTTTCTATGGGTAGCATTGAAAAAACAGCTATGCCACAGCTCAAAGAGGAAGTAACTACTGCCGAACAACGAACTACTATCATGATTCCGGTGGATATTTACAAAGCAGCgaag > 1:831695/1‑137 (MQ=255) aaGGCACACTAAGCAAATCCGGGCTTTCTATGGGTAGCATTGAAAAAACAGCTATGCCACAGCTCAAAGAGGAAGTAACTACTGCCGAACAACGAACTACTATCATGATTCCGGTGGATATTTACAAAGCAGCGAAGAAATACGCGTTACTTAATGATATTAAGTTGAAAGAGTATTTTAATGACTTACTTAGTAAg < 1:559776/197‑1 (MQ=255) | GTCATCAGTCAAACGAATAAGAAGACAAATTTAGCTAAAGAAGTTATTTCGTTTATCAACGAAAACTTTGAAATACCGTTATTAAAGGGTAGTACGGCGGTACGCGTCAGCTATGCAGAAGTCTTAAGTTCCGGTAATACGGTTTTTGAAAGTCAGTCTAAAGAAGCGAAAGCAGAGATTAATCAAATCACAAATGAAATTTTAACTGCACTAGGAGTTCAATATGAGTAAATTAACAAAAGGTACACTAAGCAAATCCGGGCTTTCTATGGGTAGCATTGAAAAAACGGCTATGCCACAGCTCAAAGAGGAAGTAACTACTGCCGAACAACGAACTACTATCATGATTCCGGTGGATATTTACAAAGCAGCGAAGAAATACGCGTTACTTAATGATATTAAGTTGAAAGAGTATTTTAATGACTTACTTAGTAAGGATTTAAAAGAAAAAGGCATGTTATGAATATTTATAC > 1/1456684‑1457156 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |