| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,454,255 | C→T | H486H (CAC→CAT) | unknown → | Coupling protein VirD4, ATPase required for T‑DNA transfer |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,454,255 | 0 | C | T | 100.0% | 291.4 / NA | 83 | H486H (CAC→CAT) | unknown | Coupling protein VirD4, ATPase required for T‑DNA transfer |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (43/40); total (43/40) | |||||||||||
GGGATGTTGAGCATTATCAATAAATCAGTAGGATTTATTGCCGGTTATGGTTTACGCCTATTGATTATCTATCAATCACAAGGGCAACTTCGTGCCGATAAGCCTAATGGTTACGGTAAAGATGGTGCTAAAGCTATCCTGGATAATATCGCCTGTAAAATTCTATATGCCCCCGACAATCAGGAGGACGCGGAAGAATATTCTAAGGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCACAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATCACCGACCATGGGCGACCGTTGCTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGTAAGCCAATACTGTGTAATAAAGCGGTTTACTATAACGACCCTTATTTTATTGACAAATTGAAAGCGGTTTCCCCGCAATTACGCGCACTAGGCAAGAAATTACCGACTAAAGCGCAACT > 1/1454013‑1454488 | ggtaTGTTGAGCATTATCAATAAATCGGTAGGGTTTATCGCCGGTTATGGTTTACGCCTATTGATTATTTATCAATCACAAGGGCAACTTCGTGCCGATAAGCCTAATGGTTACGGTAAAGATGGTGCTAAAGCTATCCTGGATAATATCGCCTGTAAAATTCTATATGCACCCGACAACCAGGAGGACGCAGAAGAATATTCTAAAGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCATAGTCGAgg > 1:289812/4‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |