| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 1,454,204 | G→A | A469A (GCG→GCA) | unknown → | Coupling protein VirD4, ATPase required for T‑DNA transfer |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,454,204 | 0 | G | A | 100.0% | 367.0 / NA | 104 | A469A (GCG→GCA) | unknown | Coupling protein VirD4, ATPase required for T‑DNA transfer |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (49/55); total (49/55) | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
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ggATAATATCGCCTGTAAAATTCTATATGCACCCGACAACCAGGAGGACGCAGAAGAATATTCTAAAGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCATAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTAttac < 1:741834/135‑4 (MQ=255) gATAATATCGCCTGTAAAATTCTATATGCACCCGACAACCAGGAGGACGCAGAAGAATATTCTAAAGTGCTAGGTAATCGCACTGTaaataaat < 1:691849/94‑1 (MQ=255) atatCGCCTGTAAAATTCTATATGCACCCGACAACCAGGAGGACGCAGAAGAATATTCTAAAGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCATAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATggg > 1:582000/1‑140 (MQ=255) atatCGCCTGTAAAATTCTATATGCACCCGACAACCAGGAGGACGCAGAAGAATATTCTAAAGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCATAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAAt > 1:568855/1‑206 (MQ=255) cGCCTGTAAAATTCTATATGCACCCGACAACCAGGAGGACGCAGAAGAATATTCTAAAGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCATAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAgc < 1:254296/208‑2 (MQ=255) 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atatGCACCCGACAACCAGGAGGACGCAGAAGAATATTCTAAAGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCATAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAgcaaaccgattatatgt < 1:894996/208‑17 (MQ=255) | AAATATCAGTTATTACTACTCATGGATGAATTTACTGCGGTCGGGATGTTGAGCATTATCAATAAATCAGTAGGATTTATTGCCGGTTATGGTTTACGCCTATTGATTATCTATCAATCACAAGGGCAACTTCGTGCCGATAAGCCTAATGGTTACGGTAAAGATGGTGCTAAAGCTATCCTGGATAATATCGCCTGTAAAATTCTATATGCCCCCGACAATCAGGAGGACGCGGAAGAATATTCTAAGGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCACAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATCACCGACCATGGGCGACCGTTGCTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGTAAGCCAATACTGTGTAATAAAGCGGTTTACTATAACGACCCTTATTTTATTGA > 1/1453971‑1454422 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |