| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,454,009 | G→C | A404A (GCG→GCC) | unknown → | Coupling protein VirD4, ATPase required for T‑DNA transfer |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,454,009 | 0 | G | C | 98.6% | 234.9 / NA | 71 | A404A (GCG→GCC) | unknown | Coupling protein VirD4, ATPase required for T‑DNA transfer |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (29/41); total (29/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACCATTTTTCAAAATGAAATTGTTGAACATGCGACTTCTGCCAGTGATTTTGATTTACGCGCCTTGCGCCGGGAAAAAATCACGATTTATTTCCACATTTCAGCAAATGATTTAATCCTGGCTCCGCAAGTCGCTAATCTGTTTATGAGCATGGTTATTGCCAACAATATTGACGAACTACCGGAAACCAACCCGGCATTAAAATATCAGTTATTACTACTCATGGATGAATTTACTGCGGTCGGGATGTTGAGCATTATCAATAAATCAGTAGGATTTATTGCCGGTTATGGTTTACGCCTATTGATTATCTATCAATCACAAGGGCAACTTCGTGCCGATAAGCCTAATGGTTACGGTAAAGATGGTGCTAAAGCTATCCTGGATAATATCGCCTGTAAAATTCTATATGCCCCCGACAATCAGGAGGACGCGGAAGAATATTCTAAGGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAA > 1/1453769‑1454250 | aaCCATTTTTCAAAATGAAATTGTTGAATATGCGACTTCTGCCAGTGATTTTGATTTACGCGCTTTACGCAAGGAAAAAATCACGATTTATTTCCACATTTCGGCAAATGATTTAATCCTGGCTCCGCAAGTCGCTAATCTGTTTATGAGCATGGTTATTGCCAACAATATTGACGAACTACCGGAAACCAACCCAACATTAAAATATCAGTTATTACTACTAATGGATGAGTTTACTGCCGTCGGTATGt < 1:570178/251‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tttATGAGCATGGTTATTGCCAACAATATTGACGAACTACCGGAAACCAACCCAACATTAAAATATCAGTTATTACTACTAATGGATGAGTTTACTGCCGTCGGTATGTTGAGCATTATCAATAAATCGGTAGGGTTTATCGCCGGTTATGGTTTACGCCTATTGATTATTTATCAATCACAAGGGCAACTTCGTGCCGATAAGCCTAATGGTTACGGTAAAGATGGTGCTAAAGCTATCCTGGATAatat < 1:387344/251‑1 (MQ=255) gCATGGTTATTGCCAACAATATTGACGAACTACCGGAAACCAACCCAACATTAAAATATCAGTTATTACTACTAATGGATGAGTTTACTGCCGTCGGTATGTTGAGCATTATCAATAAATCGGTAGGGTTTATCGCCGGTTATGGTTTACGCCTATTGATTATTTATCAATCACAAGGGCAACTTCGTGCCGATAAGCCTAATGGTTACGGTAAAGATGGTGCTAAAGCTATCCTGGATAATATCGc > 1:501454/1‑247 (MQ=255) tGGTTATTGCCAACAATATTGACGAACTACCGGAAACCAACCCAACATTAAAATATCAGTTATTACTACTAATGGATGAGTTTACTGCCGTCGGTATTTTGAGCATTATCAATAAATCGGTAGGGTTTATCGCCGGTTATGGTTTACGCCTATTGATta < 1:193333/159‑1 (MQ=255) tATTGCCAACAATATTGACGAACTACCGGAAACCAACCCAACATTAAAATATCAGTTATTACTACTAATGGATGAGTTTACTGCCGTCGGTATGTTGAGCATTATCAATAAATCGGTAGGGTTTATCGCCGGTTATGGTTTACGCCTATTGATTATTTATCAATCACAAGGGCAACTTCGTGCCGATAAGCCTAATGGTTACGGTAAAGATGGTGCTAAAGCTATCCTGGATAATATCGCCTGTAAAATTc < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |