| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 129,583 | A→C | intergenic (‑177/+106) | unknown ← / ← unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/Glutamate racemase (EC 5.1.1.3) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 129,583 | 0 | A | C | 100.0% | 74.0 / NA | 25 | intergenic (‑177/+106) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/Glutamate racemase (EC 5.1.1.3) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base C (16/9); total (16/9) | |||||||||||
GCGTTCAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTCAAAAAGCTTAATCCCTCAATAGCTGACTTAATTAATCTATTATAAATAATATAAATAAACGAATCTTCCGGCACCTATTAAGTTCAATCTTAAAATCATTTAAAACGAATCTATAAGTGCCCACACAGTTTGTATGATTGATTGTTAAAGAACAAAAAACGACGCGCTGTCTATAAAACACTACAACGGCGCGCCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGCTTTTATCCTTACCTTGCAAGTACTTTTTTACAAAAAATTTAAAAATCTTTTTGATTGCTTATTTTTTGTCAAATTTCTCTCAAAACCTCACTATCGACATCTAATAAACGCAGCGTTTCAAATCCTAAAGACTGAATTAAATTTGGTAAACCGTCTTCCGGTGAGATCATTTTTGTGCAAAACACTTGATTATTTGTTTGATTT > 1/129368‑129824 | gCGTTCAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTCAAAAAGCTTAATCCCTCAATAGCTGACTTAATTAATCTATTATAAATAATATAAATAAACGAATCTTCCGGCACCTATTAAGTTCAATCTTAAAATCATTTAAAACGAATCTATAAGTGCCCACACAGTTTGTATGATTGATTGTTAAAGAACAAAAAACGACGCGCTGTCTATAAAACCCTACAACGGCGCGCCGTTGTGCCCGCGtattat > 1:316144/1‑249 (MQ=14) ttCAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTCAAAAAGCTTAATCCCTCAATAGCTGACTTAATTAATCTATTATAAATAATATAAATAAACGAATCTTCCGGCACCTATTAAGTTCAATCTTAAAATCATTTAAAACGAATCTATAAGTGCCCACACAGTTTGTATGATTGATTGTTAAAGAACAAAAAACGACGCGCTGTCTATAAAACCCTACAACGGCGCGCCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGCt < 1:774938/251‑1 (MQ=14) ttCAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTCAAAAAGCTTAATCCCTCAATAGCTGACTTAATTAATCTATTATAAATAATATAAATAAACGAATCTTCCGGCACCTATTAAGTTCAATCTTAAAATCATTTAAAACGAATCTATAAGTGCCCACACAGTTTGTATGATTGATTGTTAAAGAACAAAAAACGACGCGCTGTCTATAAAACCCTACAACGGCGCGCCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGCt < 1:602776/251‑1 (MQ=14) cAAACTCTTCAATTCAAAAAGCTTAATCCCTCAATAGCTGACTTAATTAATCTATTATAAATAATATAAATAAACGAATCTTCCGGCACCTATTAAGTTCAATCTTAAAATCATTTAAAACGAATCTATAAGTGCCCACACAGTTTGTATGATTGATTGTTAAAGAACAAAAAACGACGCGCTGTCTATAAAACCCTACAACGGCGCGCCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGCTTTTATCCTTACCTTGCaa < 1:602237/251‑1 (MQ=14) cTTAATTAATCTATTATAAATAATATAAATAAACGAATCTTCCGGCACCTATTAAGTTCAATCTTAAAATCATTTAAAACGAATCTATAAGTGCCCACACAGTTTGTATGATTGATTGTTAAAGAACAAAAAACGACGCGCTGTCTATAAAACCCTACAACGGCGCGCCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGCTTTTATCCTTACCTTGCAAGTACTTTTTTACAAAAAATTTAAAAATCTTTTTGATTGCtt > 1:469808/1‑251 (MQ=39) aaataatataaataaACGAATCTTCCGGCACCTATTAAGTTCAATCTTAAAATCATTTAAAACGAATCTATAAGTGCCCACACAGTTTGTATGATTGATTGTTAAAGAACAAAAAACGACGCGCTGTCTATAAAACCCTACAACGGCGCGCCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGCTTTTATCCTTACCTTGCAAGTACTTTTTTACAAAAAATTTAAAAATCTTTTTGATTGCTTATTTTTTGTCAAAttt > 1:884834/1‑250 (MQ=255) aaTCTTCCGGCACCTATTAAGTTCAATCTTAAAATCATTTAAAACGAATCTATAAGTGCCCACACAGTTTGTATGATTGATTGTTAAAGAACAAAAAACGACGCGCTGTCTATAAAACCCTACAACGGCGCGCCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGCTTTTATCCTTACCTTGCAAGTACTTTTTTACAAAAAATTTAAAAATCTTTTTGATTGCTTATTTTTTGTCAAATTTCTCTCAAAACCTCACTAt < 1:584858/250‑1 (MQ=255) ttCCGGCACCTATTAAGTTCAATCTTAAAATCATTTAAAACGAATCTATAAGTGCCCACACAGTTTGTATGATTGATTGTTAAAGAACAAAAAACGACGCGCTGTCTATAAAACCCTACAACGGCGCGCCGTTGTGc > 1:107327/1‑137 (MQ=18) ttCCGGCACCTATTAAGTTCAATCTTAAAATCATTTAAAACGAATCTATAAGTGCCCACACAGTTTGTATGATTGATTGTTAAAGAACAAAAAACGACGCGCTGTCTATAAAACCCTACAACGGCGCGCCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGCTTTTATCCTTACCTTGCAAGTACTTTTTTACAAAAAATTTAAAAATCTTTTTGATTGCTTAttttt < 1:269801/218‑1 (MQ=255) aTTAAGTTCAATCTTAAAATCATTTAAAACGAATCTATAAGTGCCCACACAGTTTGTATGATTGATTGTTAAAGAACAAAAAACGACGCGCTGTCTATAAAACCCTACAACGGCGCGCCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGCTTTTATCCTTACCTTGCAAGTACTTTTTTACAAAAAATTTAAAAATCTTTTTGATTGCTTATTTTTTGTCAAATTTCTCTCAAAACCTCACTATCGACATCTAATAAACg > 1:853540/1‑251 (MQ=255) tCTTAAAATCATTTAAAACGAATCTATAAGTGCCCACACAGTTTGTATGATTGATTGTTAAAGAACAAAAAACGACGCGCTGTCTATAAAACCCTACAACGGCGCGCCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGCTTTTATCCTTACCTTGCAAGTACTTTTTTACAAAAAATTTAAAAATCTTTTTGATTGCTTATTTTTTGTCAAATTTCTCTCAAAACCTCACTATCGACATCTAATAAACGCAGCGTTTCaa > 1:854061/1‑251 (MQ=255) cATTTAAAACGAATCTATAAGTGCCCACACAGTTTGTATGATTGATTGTTAAAGAACAAAAAACGACGCGCTGTCTATAAAACCCTACAACGGCGCGCCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGCTTTTATCCTTACCTTGCAAGTAC‑TTTTTACAAAAAATTTAAAAATCTTTTTGATTGCTTTTTTTTTGTCAAATTTTTTTTCAAACCTTAATATTGACATTTAATAAACGCAGCGTTTTCAATCCtttct > 1:899665/1‑246 (MQ=17) gTGCCCACACAGTTTGTATGATTGATTGTTAAAGAACAAAAAACGACGCGCTGTCTATAAAACCCTACAACGGCGCGCCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGCTTTTATCCTTACCTTGCAAGTACTTTTTTACAAAAAATTTAAAAATCTTTTTGATTGCTTATTTTTTGTCAAATTTCTCTCaaa < 1:406529/185‑1 (MQ=255) gTGCCCACACAGTTTGTATGATTGATTGTTAAAGAACAAAAAACGACGCGCTGTCTATAAAACCCTACAACGGCGCGCCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGCTTTTATCCTTACCTTGCAAGTACTTTTTTACAAAAAATTTAAAAATCTTTTTGATTGCTTATTTTTTGTCAAATTTCTCTCAAAACCTCACTATCGACATCTAATAAACGCAGCGTTTCAAATCCTAAAGAc < 1:310525/233‑1 (MQ=255) gTGCCCACACAGTTTGTATGATTGATTGTTAAAGAACAAAAAACGACGCGCTGTCTATAAAACCCTACAACGGCGCGCCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGCTTTTATCCTTACCTTGCAAGTACTTTTTTACAAAAAATTTAAAAATCTTTTTGATTGCTTATTTTTTGTCAAATTTCTCTCAAAACCTCACTATCGACATCTAATAAACGCAGCGTTTCAAATCCTAAAGACTGAATTAAAt > 1:453314/1‑243 (MQ=255) gTGCCCACACAGTTTGTATGATTGATTGTTAAAGAACAAAAAACGACGCGCTGTCTATAAAACCCTACAACGGCGCGCCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGCTTTTATCCTTACCTTGCAAGTACTTTTTTACAAAAAATTTAAAAATCTTTTTGATTGCTTATTTTTTGTCAAATTTCTCTCAAAACCTCACTATCGACATCTAATAAACGCAGCGTTTCAAATCCTAAAGACTGAATTAAATTTGGTaaa > 1:753411/1‑251 (MQ=255) caGTTTGTATGATTGATTGTTAAAGAACAAAAAACGACGCGCTGTCTATAAAACCCTACAACGGCGCGCCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGCTTTTATCCTTACCTTGCAAGTACTTTTTTACAAAAAATTTAAAAATCTTTTTGATTGCTTATTTTTTGTCAAATTTCTCTCAAAACCTCACTATCGACATCTAATAAACGCAGCGTTTCAAATCCTAAAGACTGAATTAAATTTGGTAAACCGTCTTc > 1:855484/1‑250 (MQ=255) gTTTGTATGATTGATTGTTAAAGAACAAAAAACGACGCGCTGTCTATAAAACCCTACAACGGCGCGCCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGCTTTTATCCTTACCTTGCAAGTACTTTTTTACAAAAAATTTAAAAATCTTTTTGATTGCTTATTTTTTGTCAAATTTCTCTCAAAACCTCACTATCGACATCTAATAAAc < 1:877773/199‑1 (MQ=255) aCAAAAAACGACGCGCTGTCTATAAAACCCTACAACGGCGCGCCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGCTTTTATCCTTACCTTGCAAGTACTTTTTTACAAAAAATTTAAAAATCTTTTTGATTGCTTATTTTTTGTCAAATTTCTCTCAAAACCTCACTATCGACATCTAATAAACGCAGCGTTTCAAATCCTAAAGAc > 1:819327/1‑198 (MQ=255) gTCTATAAAACCCTACAACGGCGCGCCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGCTTTTATCCTTACCTTGCAAGTACTTTTTTACAAAAAATTTAAAAATCTTTTTGATTGCTTATTTTTTGTCAAATTTCTCTCAAAACCTCACTATCGACATCt > 1:269226/1‑151 (MQ=255) gTCTATAAAACCCTACAACGGCGCGCCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGCTTTTATCCTTACCTTGCAAGTACTTTTTTACAAAAAATTTAAAAATCTTTTTGATTGCTTATTTTTTGTCAAATTTCTCTCAAAACCTCACTATCGACATCTAATAAACGCAGCGTTTCAGATCCTAAAg > 1:454733/1‑179 (MQ=255) gTCTATAAAACCCTACAACGGCGCGCCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGCTTTTATCCTTACCTTGCAAGTACTTTTTTACAAAAAATTTAAAAATCTTTTTGATTGCTTATTTTTTGTCAAATTTCTCTCAAAACCTCACTATCGACATCTAATAAACGCAGCGTTTCAAATCCTAAAGACTGAATTAAATTTGGTAAACCGTCTTCCGGTg > 1:350211/1‑212 (MQ=255) gTCTATAAAACCCTACAACGGCGCGCCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGCTTTTATCCTTACCTTGCAAGTACTTTTTTACAAAAAATTTAAAAATCTTTTTGATTGCTTATTTTTTGTCAAATTTCTCTCAAAACCTCACTATCGACATCTAATAAACGCAGCGTTTCAAATCCTAAAGACTGAATTAAATTTGGTAAACCGTCTTCCGGTGAGATCAtt < 1:155098/220‑1 (MQ=255) gTCTATAAAACCCTACAACGGCGCGCCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGCTTTTATCCTTACCTTGCAAGTACTTTTTTACAAAAAATTTAAAAATCTTTTTGATTGCTTATTTTTTGTCAAATTTCTCTCAAAACCTCACTATCGACATCTAATAAACGCAGCGTTTCAAATCCTAAAGACTGAATTAAATTTGGTAAACCGTCTTCCGGTGAGATCATTTTTGTGCAAAACACTTGATTATTTGTTTGAt > 1:409307/1‑251 (MQ=255) cTATAAAACCCTACAACGGCGCGCCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGCTTTTATCCTTACCTTGCAAGTACTTTTTTACAAAAAATTTAAAAATCTTTTTGATTGCTTATTTTTTGTCAAATTTCTCTCAAAACCTCACTATCGACATCTAATAAACGCAGCGTTTCAAATCCTAAAGACTGAATTAAATTTGGTAAACCGTCTTCCGGTGAGATCATTTTTGTGCAAAACACTTGATTATTTGTTTGAttt > 1:316294/1‑251 (MQ=255) | GCGTTCAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTCAAAAAGCTTAATCCCTCAATAGCTGACTTAATTAATCTATTATAAATAATATAAATAAACGAATCTTCCGGCACCTATTAAGTTCAATCTTAAAATCATTTAAAACGAATCTATAAGTGCCCACACAGTTTGTATGATTGATTGTTAAAGAACAAAAAACGACGCGCTGTCTATAAAACACTACAACGGCGCGCCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGCTTTTATCCTTACCTTGCAAGTACTTTTTTACAAAAAATTTAAAAATCTTTTTGATTGCTTATTTTTTGTCAAATTTCTCTCAAAACCTCACTATCGACATCTAATAAACGCAGCGTTTCAAATCCTAAAGACTGAATTAAATTTGGTAAACCGTCTTCCGGTGAGATCATTTTTGTGCAAAACACTTGATTATTTGTTTGATTT > 1/129368‑129824 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |