| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 1,452,780 | T→G | S339S (TCT→TCG) | unknown → | ATPase required for both assembly of type IV secretion complex and secretion of T‑DNA complex, VirB11 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,452,780 | 0 | T | G | 100.0% | 299.8 / NA | 88 | S339S (TCT→TCG) | unknown | ATPase required for both assembly of type IV secretion complex and secretion of T‑DNA complex, VirB11 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (43/45); total (43/45) | |||||||||||
GTTTCTTCCGGGCATAACGGGTCGATTACCTCTTGTCATGCCGGTTCGGTTGCTGAAACCTGGGAACGGCTTATTTTAATGACGTTGCAAAACGACCAAGGGCGCACGCTTTCCTATGATGTAATTCACCGTTTATTACAACAAACGATAGATATTATCGTGCATGTTACCAACAGTCACGAATACGGCAGACATATGACGGAAATCTATTTTGATCCGCAAGCCAAACTGAACTCTCTCAAGGTGGATTAACTATGAAAAAAGCCAATATTGCATTATTCCTGTTTGTCACTTTGATTCCGACGTATTTTCTAAGTGGGCTTTTACTTCTACTGGCAAATAAAATTCGTTTAATCGAAGCATTTAAGCGCTACTACCCTACTCTAACGCTGGATGCCATTTGGGGTAATTATCCGAAAATATGGCAGTCTCTCCTTATTAGTTTTGTAGTGAGCTTACTAATCATGCTGAAAC > 1/1452544‑1453017 | gTTTCTTCCGGGCATAACGGGTCGATTACCTCTTGTCATGCCGGTTCGGTTGCTGAAACCTGGGAACGGCTTATTTTAATGACGTTGCAAAACGACCAAGGGCGCACGCTTTCCTATGATGTAATTCGCCGTTTATTACAACAAACGATAGATATTATTGTTCATGTTACCAACAGTCATGAACACGGCAGACACATGACGGAAATCTATTTTGATCCGCAAGCTAAACTGAATTCGCTCAAGGtaggtt < 1:608623/250‑6 (MQ=255) 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(MQ=255) catGACGGAAATCTATTTTGATCCGCAAGCTAAACTGAATTCGCTCAAGGTAGGTTAATGATGAAAAAAGCCAATATTGCATTATTCCTGTTTGTCACTTTGCTTCCGACGTATTTTCTAAGTGGGCTTTTACTTCTACTGGCAAATAAAATTCGTTTAATCGAAGCATTTAAGCGCTACTACCCTACTCTAACGCTGGATGCCATTTGGGGTAATTATCCGAAAATATGGCAGTCTCTCCTTATTAGttt > 1:786281/2‑251 (MQ=255) cGGAAATCTATTTTGATCCGCAAGCTAAACTGAATTCGCTCAAGGTAGGTTAATGATGAAAAAAGCCAATATTGCATTATTCCTGTTTGTCACTTTGCTTCCGACGTATTTTCTAAGTGGGCTTTTACTTCTACTGGCAAATAAAATTCGTTTAATCGAAGCATTTAAGCGCTACTACCCTACTCTAACGCTGGATGCCATTTGGGGTAATTATCCGAAAATATGGCAGTCTCTCCTTATTAGTTTTGTAg < 1:486176/251‑1 (MQ=255) cGGAAATCTATTTTGATCCGCAAGCTAAACTGAATTCGCTCAAGGTAGGTTAATGATGAAAAAAGCCAATATTGCATTATTCCTGTTTGTCACTTTGCTTCCGACGTATTTTCTAAGTGGGCTTTTACTTCTACTGGCAAATAAAATTCGTTTAATCGAAGCATTTAAGCGCTACTACCCTACTCTAACGCTGGATGCCATTTGGGGTAATTATCCGAAAATATGGCAGTCTCTCCTTATTAGTTTTGTAg < 1:392351/251‑1 (MQ=255) aaTCTATTTTGATCCGCAAGCTAAACTGAATTCGCTCAAGGTAGGTTAATGATGAAAAAAGCCAATATTGCATTATTCCTGTTTGTCACTTTGCTTCCGACGTATTTTCTa < 1:524069/111‑1 (MQ=255) 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ctaaaCTGAATTCGCTCAAGGTAGGTTAATGATGAAAAAAGCCAATATTGCATTATTCCTGTTTGTCACTTTGCTTCCGACGTATTTTCTAAGTGGGCTTTTACTTCTACTGGCAAATAAAATTCGTTTAATCGAAGCATTTAAGCGCTACTACCCTACTCTAACGCTGGATGCCATTTGGGGTAATTATCCGAAAATATGGCAGTCTCTCCTTATTAGTTTTGTAGTGAGCTTACTAATCATGCTGAAAc < 1:366699/249‑1 (MQ=255) aaaCTGAATTCGCTCAAGGTAGGTTAATGATGAAAAAAGCCAATATTGCATTATTCCTGTTTGTCACTTTGCTTCCGACGTATTTTCTAAGTGGGCTTTTAc < 1:565317/102‑1 (MQ=255) | GTTTCTTCCGGGCATAACGGGTCGATTACCTCTTGTCATGCCGGTTCGGTTGCTGAAACCTGGGAACGGCTTATTTTAATGACGTTGCAAAACGACCAAGGGCGCACGCTTTCCTATGATGTAATTCACCGTTTATTACAACAAACGATAGATATTATCGTGCATGTTACCAACAGTCACGAATACGGCAGACATATGACGGAAATCTATTTTGATCCGCAAGCCAAACTGAACTCTCTCAAGGTGGATTAACTATGAAAAAAGCCAATATTGCATTATTCCTGTTTGTCACTTTGATTCCGACGTATTTTCTAAGTGGGCTTTTACTTCTACTGGCAAATAAAATTCGTTTAATCGAAGCATTTAAGCGCTACTACCCTACTCTAACGCTGGATGCCATTTGGGGTAATTATCCGAAAATATGGCAGTCTCTCCTTATTAGTTTTGTAGTGAGCTTACTAATCATGCTGAAAC > 1/1452544‑1453017 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |