| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 1,452,366 | T→C | T201T (ACT→ACC) | unknown → | ATPase required for both assembly of type IV secretion complex and secretion of T‑DNA complex, VirB11 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,452,366 | 0 | T | C | 100.0% | 223.1 / NA | 66 | T201T (ACT→ACC) | unknown | ATPase required for both assembly of type IV secretion complex and secretion of T‑DNA complex, VirB11 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (45/21); total (45/21) | |||||||||||
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ccATTGAAGATACCCCGGAATTATTCTTACGCCAACATAAGAACTATTTCCACTTATTCTATCCAAGCGAAGCAAAAAATGGTGATTTAATCACGGCTGCCTCTTTGCTGAAATCTTGCCTACGAATGAAACCGGATCGTATTTTACTGGCGGAATTACGCGGTGGGGAAACTTATGACTTTATCAATGTGGTttcttc > 1:672474/1‑199 (MQ=255) attgAAGATACCCCGGAATTATTCTTACGCCAACATAAGAACTATTTCCAc < 1:657571/48‑1 (MQ=255) attgAAGATACCCCGGAATTATTCTTACGCCAACATAAGAACTATTTCCACTTATTc < 1:851810/54‑1 (MQ=255) attgAAGATACCCCGGAATTATTCTTACGCCAACATAAGAACTATTTCCACTTATTCTATCCAAGCGAAGCAAAAAATGGTGATTTAATCACGGCTGCCTCTTTGCTGAAATCTTGCCTACGAATGAAACCGGATCGTATTTTACTGGCGGAATTACGCGGTGGGGAAACTTATGACTTTATCAATGTGGTTTCTTCCGGGCATAAc < 1:877432/204‑1 (MQ=255) gAAGATACCCCGGAATTATTCTTACGCCAACATAAGAACTATTTCCACTTATTCTATCCAAGCGAAGCAAAAAATGGTGATTTAATCACGGCTGCCTCTTTGCTGAAATCTTGCCTACGAATGAAACCGGATCGTATTTTACTGGCGGAATTACGCGGTGGGGAAACTTATGACTTTATCAATGTGGTTTCTTCCGGGCATAACGGGTCGATTACCTCTTGTCAT‑GCCGGTTCGGTTGCTGAAACCTGGGa > 1:189599/1‑251 (MQ=255) | GGATTATTACATCAACAACGGCTTTTTTAGTCGTGTTATCAAGACGGAAAATCGTTTGTCAGATGATGACTGGACACTACTGGAAATTTATCATAAGGGTGATTATGCGGAATTCCTTAAACAAGCGGTCATTTGCGGGAAAAATATTGTGATTGCCGGGGAAACCGGCTCCGGGAAAACCACTTTAATGAAAGCCCTGGTCGATTATATTCCGTTGCATGAACGCCTAGGCACCATCGAAGATACTCCGGAATTATTCTTACGCCAACATAAGAATTATTTCCACTTATTCTATCCAAGTGAAGCAAAAAACGGCGATTTAATCACAGCAGCCTCTTTGCTAAAATCCTGCTTACGGATGAAGCCTGATCGTATTCTGCTTGCGGAATTACGCGGTGGGGAAACTTATGATTTTATCAATGTGGTTTCTTCCGGGCATAACGGGTCGATTACCTCTTGTCAT‑GCCGGTTCGGTTGCTGAAACCTGGGA > 1/1452120‑1452608 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |