| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,452,348 | A→G | L195L (CTA→CTG) | unknown → | ATPase required for both assembly of type IV secretion complex and secretion of T‑DNA complex, VirB11 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,452,348 | 0 | A | G | 100.0% | 205.7 / NA | 59 | L195L (CTA→CTG) | unknown | ATPase required for both assembly of type IV secretion complex and secretion of T‑DNA complex, VirB11 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (41/18); total (41/18) | |||||||||||
GTCTTTTTTTGACCTGGATTATTACATCAACAACGGCTTTTTTAGTCGTGTTATCAAGACGGAAAATCGTTTGTCAGATGATGACTGGACACTACTGGAAATTTATCATAAGGGTGATTATGCGGAATTCCTTAAACAAGCGGTCATTTGCGGGAAAAATATTGTGATTGCCGGGGAAACCGGCTCCGGGAAAACCACTTTAATGAAAGCCCTGGTCGATTATATTCCGTTGCATGAACGCCTAGGCACCATCGAAGATACTCCGGAATTATTCTTACGCCAACATAAGAATTATTTCCACTTATTCTATCCAAGTGAAGCAAAAAACGGCGATTTAATCACAGCAGCCTCTTTGCTAAAATCCTGCTTACGGATGAAGCCTGATCGTATTCTGCTTGCGGAATTACGCGGTGGGGAAACTTATGATTTTATCAATGTGGTTTCTTCCGGGCATAACGGGTCGATTACCTCTTGTCATGCCGGTTCGGT > 1/1452105‑1452593 | gTCTTTTTTTGACCTGGATTATTACATCAACAACGGCTTTTTTAGTCGTGTTATCAAGACGGAAAATCGTTTGTCAGATGATGACTGGACACTACTGGAAATTTATCATAAGGGTGATTATGCGGAATTCCTTAAACAAGCGGTCATTTGCGGGAAAAATATTGTGATTGCCGGGGAAACCGGCTCCGGGAAAACCACTTTAATGAAAGCCCTAGTCGATTATATTCCGTTGCATGAACGCCTGGGGACCa > 1:564395/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |