| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 734,524 | T→C | R91R (CGT→CGC) | unknown → | Type IV pilus biogenesis protein PilF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 734,524 | 0 | T | C | 100.0% | 272.7 / NA | 82 | R91R (CGT→CGC) | unknown | Type IV pilus biogenesis protein PilF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (47/35); total (47/35) | |||||||||||
CAATACCGTTTATTTTTCCGTTTTTGCTTTCCGCCTGCGTCACCCAACAAAGTGCGGTGGATTTTGACAAGCAAAAAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGTACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCGGCAAAATCTCGCATTATTGACGAAAATCTCTCCGA > 1/734280‑734768 | cAATACCGTTTATTTTTCCGTTTTTGCTTTCCGCCTGCGTCACCCAACAAAGTGCGGTGGATTTTGACAAGCAAAAAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGcc < 1:279587/251‑1 (MQ=255)cAATACCGTTTATTTTTCCGTTTTTGCTTTCCGCCTGCGTCACCCAACAAAGTGCGGTGGATTTTGACAAGCAAAAAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGcc < 1:71965/251‑1 (MQ=255) tATTTTTCCGTTTTTGCTTTCCGCCTGCGTCACCCAACAAAGTGCGGTGGATTTTGACAAGCAAAAAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAAcg < 1:18247/251‑1 (MQ=255) tATTTTACCGTTTTTGCTTTCCGCCTGCGTCACCCAACAAAGTGCGGTGGATTTTGACAAGCAAAAAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGAGTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAAcg < 1:610775/251‑1 (MQ=255) tttttGCTTTCCGCCTGCGTCACCCAACAAAGTGCGGTGGATTTTGACAAGCAAAAAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAAt < 1:610219/250‑1 (MQ=255) cTTTCCGCCTGCGTCACCCAACAAAGTGCGGTGGATTTTGACAAGCAAAAAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAgatga > 1:88390/1‑251 (MQ=255) gTCACCCAACAAAGTGCGGTGGATTTTGACAAGCAAAAAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTAtt < 1:69147/217‑1 (MQ=255) tCACCCAACAAAGTGCGGTGGATTTTGACAAGCAAAAAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAAcg > 1:22910/1‑222 (MQ=255) tCACCCAACAAAGTGCGGTGGATTTTGACAAGCAAAAAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGa < 1:326324/250‑1 (MQ=255) tCACCCAACAAAGTGCGGTGGATTTTGACAAGCAAAAAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGa < 1:893735/250‑1 (MQ=255) aCCCAACAAAGTGCGGTGGATTTTGACAAGCAAAAAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAAcg < 1:160431/220‑1 (MQ=255) aCCCAACAAAGTGCGGTGGATTTTGACAAGCAAAAAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑ggg < 1:368929/246‑1 (MQ=255) aCCCAACAAAGTGCGGTGGATTTTGACAAGCAAAAAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGAtgt > 1:108339/1‑251 (MQ=255) cccAACAAAGTGCGGTGGATTTTGACAAGCAAAAAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGAtgtg < 1:236387/251‑1 (MQ=255) acaaAGTGCGGTGGATTTTGACAAGCAAAAAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCa > 1:461444/1‑251 (MQ=255) aaaGTGCGGTGGATTTTGACAAGCAAAAAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCaat < 1:237044/251‑1 (MQ=255) tGCGGTGGATTTTGACAAGCAAAAAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCaataa < 1:562163/249‑1 (MQ=255) tGCGGTGGATTTTGACAAGCAAAAAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCaataa < 1:738922/249‑1 (MQ=255) tGGATTTTGACAAGCAAAAAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACgg < 1:620216/250‑1 (MQ=255) tGGATTTTGACAAGCAAAAAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACgg < 1:396423/250‑1 (MQ=255) tGACAAGCAAAAAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTc < 1:387149/251‑1 (MQ=255) gCAAAGAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTtgtg > 1:610483/1‑251 (MQ=255) cgccAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAgggg < 1:887132/251‑1 (MQ=255) aaGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAAtt > 1:780497/1‑250 (MQ=255) cgcgTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTa < 1:739601/168‑1 (MQ=255) gAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGcc > 1:159554/1‑156 (MQ=255) gAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTa > 1:190975/1‑251 (MQ=255) aCTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATg < 1:521276/251‑1 (MQ=255) cTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGTCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGaa < 1:178533/250‑1 (MQ=255) cTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGaa < 1:352320/250‑1 (MQ=255) aTTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAAcg > 1:869927/1‑250 (MQ=255) aTTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAAcg > 1:376073/1‑250 (MQ=255) ggCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCtt < 1:888347/187‑1 (MQ=255) gCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATg < 1:337082/217‑1 (MQ=255) aagccaagcTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTAc < 1:860980/251‑1 (MQ=255) agccaagcTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑g > 1:821517/1‑149 (MQ=255) agccaagcTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTAc > 1:8051/1‑250 (MQ=255) agccaagcTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTAc > 1:558820/1‑250 (MQ=255) agcTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑g < 1:464176/144‑1 (MQ=255) aaCCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTc < 1:493796/169‑1 (MQ=255) aCCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTAc > 1:221204/1‑204 (MQ=255) aCCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGac < 1:824319/251‑1 (MQ=255) ggATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTAc > 1:818497/1‑200 (MQ=255) gATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTa > 1:873744/1‑251 (MQ=255) gCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGaaaa > 1:861740/1‑251 (MQ=255) cTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGaa > 1:877776/1‑161 (MQ=255) cccGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAgat > 1:52215/1‑102 (MQ=255) cccGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTaaaa > 1:666184/1‑198 (MQ=255) cccGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTAc > 1:204059/1‑213 (MQ=255) cccGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGaaa < 1:42472/235‑1 (MQ=255) cccGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGc < 1:779163/251‑1 (MQ=255) ttattattTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCaataa > 1:898133/1‑123 (MQ=255) ttattattTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAg > 1:599321/1‑162 (MQ=255) ttattattTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTAt > 1:162861/1‑251 (MQ=255) attattTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATg > 1:155719/1‑225 (MQ=255) attattTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATcc < 1:514132/251‑1 (MQ=255) attattTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATc > 1:381722/1‑250 (MQ=255) attTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTAc < 1:157872/168‑1 (MQ=255) gtgtCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATc > 1:282094/1‑242 (MQ=255) gtCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTAc > 1:324569/1‑161 (MQ=255) cAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTAc > 1:679072/1‑159 (MQ=255) gCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCg > 1:629356/1‑251 (MQ=255) tCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAAc > 1:624071/1‑200 (MQ=255) aTCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAAGGGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCGGCAAAAt > 1:401594/1‑249 (MQ=255) aTCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCtt > 1:575279/1‑104 (MQ=255) aTCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGaaa > 1:598209/1‑195 (MQ=255) aTCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCGGCAAAAtct > 1:141631/1‑250 (MQ=255) acaacaGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTGAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCGGCAAAATCTCGCat < 1:336606/251‑1 (MQ=255) caacaGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCGGCAAAATCTCGCatt > 1:27176/1‑251 (MQ=255) aCATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCGGCAAAATCTCGCATTATTGACGaaa > 1:53610/1‑251 (MQ=255) cATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑TGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCa > 1:581446/1‑159 (MQ=255) aTTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCGGCAAAATCTCGCATTATTGACGAAAAt < 1:27881/251‑1 (MQ=255) gAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGaaa > 1:285897/1‑175 (MQ=255) gAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCg < 1:501496/183‑1 (MQ=255) gAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCGGCAAAATCTCGCATTATTGACGAAAAtct > 1:842013/1‑250 (MQ=255) gAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCGGCAAAATCTCGCATTATTGACGAAAAtct > 1:200891/1‑250 (MQ=255) gAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCGGCAAAATCTCGCATTATTGACGAAAAtct > 1:701632/1‑250 (MQ=255) aGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAgat > 1:633834/1‑37 (MQ=255) aGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCGGCAAAATCTCGCATTATTGACGAAAAtc > 1:295642/1‑244 (MQ=255) aGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCGGCAAAATCTCGCATTATTGACGAAAATCTCTCCGa > 1:859367/1‑251 (MQ=255) aGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCGGCAAAATCTCGCATTATTGACGAAAATCTCTCCGa > 1:50579/1‑251 (MQ=255) aGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCGGCAAAATCTCGCATTATTGACGAAAATCTCTCCGa > 1:116800/1‑251 (MQ=255) | CAATACCGTTTATTTTTCCGTTTTTGCTTTCCGCCTGCGTCACCCAACAAAGTGCGGTGGATTTTGACAAGCAAAAAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGTACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCGGCAAAATCTCGCATTATTGACGAAAATCTCTCCGA > 1/734280‑734768 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |