| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 607,933 | G→A | L792F (CTC→TTC) | unknown ← | Ribonuclease E (EC 3.1.26.12) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 607,933 | 0 | G | A | 98.7% | 262.6 / ‑3.4 | 78 | L792F (CTC→TTC) | unknown | Ribonuclease E (EC 3.1.26.12) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (39/38); minor base T (1/0); total (40/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.65e-01 | |||||||||||
CACTTCAGCTGTCGCTTCCATTGGAGCGGATACCACATTGTTATTTAAGCGTTGTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTTAACGGAATCATTTGCCGGTTGGATAATAAATTCCGTTAATGGCTGAACATCATTTTTACTTTTTTCAACAATCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAGGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGACGCGCAAATGACGTGGCAAACGACGTTGACGTGAATTATCGCGCCCTTTATCGACTTCAGCATTATCATCAAGATCAATCACGTCCGTTACTACAATCTCTTCTT > 1/607688‑608175 | cACTTCAGCTGTCGCTTCCATTGGAGCGGATACCACATTGTTATTTAAGCGTTGTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTTAACGGAATCATTTGCCGGTTGGATAATAAATTCCGTTAATGGCTGAACATCATTTTTACTTTTTTCAACAATCATATCCAACGCCGGCATAATGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTAt > 1:441179/1‑251 (MQ=255) cTGTCGCTTCCATTGGAGCGGATACCACATTGTTATTTAAGCGTTGTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTTAACGGAATCATTTGCCGGTTGGATAATAAATTCCGTTAATGGCTGAACATCATTTTTACTTTTTTCAACAATCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCttt < 1:71436/250‑1 (MQ=255) cTTCCATTGGAGCGGATACCACATTGTTATTTAAGCGTTGTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTTAACGGAATCATTTGCCGGTTGGATAATAAATTCCGTTAATGGCTGAACATCATTTTTACTTTTTTCAACAATCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTttgattga > 1:490568/1‑251 (MQ=255) ccATTGGAGCGGATACCACATTGTTATTTAAGCGTTGTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTTAACGGAATCATTTGCCGGTTGGATAATAAATTCCGTTAATGGCTGAACATCATTTTTACTTTTTTCAACAATCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACg > 1:638681/1‑251 (MQ=255) 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tcatTTTTACTTTTTTCAACAATCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTCCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGatt < 1:610014/251‑1 (MQ=255) tttttACTTTTTTCAACAATCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAaat > 1:66885/1‑201 (MQ=255) tttACTTTTTTCAACAATCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGa < 1:900097/251‑1 (MQ=255) 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tttACTTTTTTCAACAATCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGa < 1:472479/251‑1 (MQ=255) aTCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGccc < 1:474423/128‑1 (MQ=255) aTCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTAc < 1:406092/148‑1 (MQ=255) aTCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGACGCGCAAATGACGTgg > 1:768093/1‑251 (MQ=255) 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gCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGATGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGACGCGCAAATGACGTGGCAAACGACGTTGACGTGAATTATCGCGCCCTTTATCg > 1:856212/1‑251 (MQ=255) cTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGACGCGCAAATGACGTGGCAAACGACGTTGACGTGAATTATCGCGCCCTTTATCGa > 1:38674/1‑251 (MQ=255) gattgattTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGACGCGCAAATGACGTGGCAAACGACGTTGACGTGAATTATCGCGCCCTTTATCGACTTCAGCATTATCATCAAg > 1:757623/1‑251 (MQ=255) ttgattTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGACGCGCAAATGACGTGGCAAACGACGTTGACGTGAATTATCGCGCCCTTTATCGACTTCAGCATTATCATCAAGat < 1:122499/251‑1 (MQ=255) tttGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGACGCGCAAATGACGTGGCAAACGACGTTGACGTGAATTATCGCGCCCTTTATCGACTTCAGCATTATCATCAAGatcaatc < 1:752578/251‑1 (MQ=255) ttgttgCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGACGCGCAAATGACGTGGCAAACAACGTTGACGTGAATTATCGCGCCCTTTATCGACTTCAGCATTATCATCAAGatcaatca < 1:74241/251‑1 (MQ=255) 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ttCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGACGCGCAAATGACGTGGCAAACGACGTTGACGTGAATTATCGCGCCCTTTATCGACTTCAGCATTATCATCAAGATCAATCACGTCCGTtactac < 1:267507/249‑1 (MQ=255) ttCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGACGCGCAAATGACGTGGCAAACGACGTTGACGTGAATTATCGCGCCCTTTATCGACTTCAGCATTATCATCAAGATCAATCACGTCCGTtactac < 1:228711/249‑1 (MQ=255) ttCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGACGCGCAAATGACGTGGCAAACGACGTTGACGTGAATTATCGCGCCCTTTATCGACTTCAGCATTATCATCAAGATCAATCACGTCCGTtactac < 1:541334/249‑1 (MQ=255) 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gATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGACGCGCAAATGACGTGGCAAACGACGTTGACGTGAATTATCGCGCCCTTTATCGACTTCAGCATTATCATCAAGa < 1:129580/219‑1 (MQ=255) gATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGACGCGCAAATGACGTGGCAAACGACGTTGACGTGAATTATCGCGCCCTTTATCGACTTCAGCATTATCATCAAGATCAATCACGTCCGTTACTACAATCTcttctt > 1:784171/1‑250 (MQ=255) aTAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCTATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGACGCGCAAATGACGTGGCAAACGACGTTGACGTGAATTATCGCGCCCTTTATCGACTTCAGCAt < 1:445598/207‑1 (MQ=255) | CACTTCAGCTGTCGCTTCCATTGGAGCGGATACCACATTGTTATTTAAGCGTTGTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTTAACGGAATCATTTGCCGGTTGGATAATAAATTCCGTTAATGGCTGAACATCATTTTTACTTTTTTCAACAATCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAGGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGACGCGCAAATGACGTGGCAAACGACGTTGACGTGAATTATCGCGCCCTTTATCGACTTCAGCATTATCATCAAGATCAATCACGTCCGTTACTACAATCTCTTCTT > 1/607688‑608175 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |