| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 2,127,604 | 0 | C | A | 38.9% | 44.4 / 25.5 | 36 | V23L (GTA→TTA) | unknown | Macrolide‑specific efflux protein MacA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/1); new base A (0/14); total (21/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.95e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TATTAATTTGGGTGGTGGAATCAATCTCGGCAATTAAATCGCCTTTTTTCACCTGTTGTCCCAGTTTGACATAAAGTTTGGTGACTTT‑CCCTGACACCTGCGCGCCCACATCAACAGTATTGATACTTTCGAT‑GGAACCGGTAGCAACCACGTTCTTTTCAATATTGCCGCGTTTGACCTCTTCC‑GTTAAGTAAGTGGTTT‑GTGCGCTGGAATCGCGTACAAAAAAATAACCGCCGGTAATCACAGCAGCTGCAATAGCAGTAATAATAAGAGGTTTTTTCTTCATCTTTTTCTCTCATAAGTCCACAATGAATCGCCACACTATACAACAAAACTTAAGAAATTATTAAAATTTTTAGCGTGTTGCCATTATTCTCCCAATGATACTCAATTAAAAATAAGGGTAGTTTGCACATTTATTTCAACAATAAGCCGCATTCCTCGCTTTTTATGCTGAAG > 1/2127385‑2127843 | tATTAATTTGGGTGGTGGAATCAATCTCGGCAATTAAATCGCCTTTTTTCACCTGTTGTCCCAGTTTGACATAAAGTTTGGTGACTTT‑CCCTGACACCTGCGCGCCCACATCAACAGTATTGATACTTTCGAT‑GGAACCGGTAGCAACCACGTTCTTTTCAATATTGCCGCGTTTGACCTCTTCC‑GTTAAGTAAGTGGTTT‑GTGCGCTGGAATCGCGTACAAAAAAATAACCGCCGGTAATCAcagcag > 1:735312/1‑249 (MQ=255) 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(MQ=255) ctttAAGTAGGTGTTTT‑TTGCGCTGAAATCGCGTAAAAAAAAATAACCGCCGGTAATCACAGCAGCTGCAATAGCAGTAATAATAAGAGGTTTTTTCTTCATCTTTTTCTCTCATAAGTCCACAATGAATCGCCACACTATACAACAAAACTTAAGAAATTATTAAAATTTTTAGCGTGTTGCCATTATTCTCCCAATGAt < 1:685730/199‑1 (MQ=255) gTTAAGTAAGTGGTTT‑GTGCGCTGAAATCGCGAAAAAAAAAATAACCGCCGGTAATCACAGCAGCTGCAATAGCAGTAATAATAAGAGGTTTTTTCTTCATCTTTTTCTCTCATAAGTCCACAATGAATCGCCACACTATacaac < 1:855885/145‑1 (MQ=255) ttAAGTAAGTGGTTT‑GTGCGCTGGAATCGCGTACAAAAAAATAACCGCCGGTAATCACAGCAGCTGCAATAGCAGTAATAATAAGAGGTTTTTTCTTCATCTTTTTCTCTCATAAGTCCACAATGAATCGCCACACTATACAACAAAACTTAAGAAATTATTAAAATTTTTAGCGTGTTGCCATTATTCTCCCAATGATACTCAATTAAAAATAAGGGTAGTTTGCACATTTATTTcaacaa > 1:710502/1‑242 (MQ=255) agtaagtGGTTT‑GTGCGCTGGAATCGCGTACAAAAAAATAACCGCCGGTAATCACAGCAGCTGCAATAGCAGTAATAATAAGAGGTTTTTTCTTCATCTTTTTCTCTCATAAGTCCACAATGAATCGCCACACTATACAACAAAACTTAAGAAATTATTAAAATTTTTAGCGTGTTGCCATTATTCTCCCAATGATACTCAATTAAAAATAAAGGTAGTTTGCACATTTATTTCAACAATAAGCCGCAtt > 1:515189/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |