| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,916,828 | 0 | C | T | 38.8% | 100.1 / 27.2 | 81 | L102L (TTG→TTA) | unknown | 23S rRNA (cytidine(2498)‑2'‑O)‑methyltransferase (EC 2.1.1.186) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/42); new base T (31/0); total (39/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.82e-16 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTGAATGCCCATCAAATGCGCGGAATGGTTGTGATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGCTGATAGCATTCAAATATCACATAGCCGCTGTTTTCCGCCATGCGGGCAAATCCAAACACGCCCTTTTCCGC > 1/1916588‑1917061 | cTGAATGCCCATCAAATGCGCGGAATGGTTGTGATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCC‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTTAACGccattg > 1:33770/1‑246 (MQ=255) aaTGCCCATCAAATGCGCGGAATGGTTGTGATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTAt < 1:632314/251‑1 (MQ=255) cccATCAAATGCGCGGAATGGTTGTGATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTTAACGCAATGGGATCggg > 1:760010/1‑250 (MQ=255) cccATCAAATGCGCGGAATGGTTGTGATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCCT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTTAACGCCATGGTATCggg > 1:696558/1‑250 (MQ=255) cccATCAAATGCGCGGAATGGTTGTGATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGc < 1:850522/251‑1 (MQ=255) cATCAAATGCGCGGAATGGTTGTGATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCA‑CCCCTCAATT‑ACTGC‑TGGTTTTTAACGCAATGGTATCGGcca > 1:823025/1‑249 (MQ=255) cATCAAATGCGCGGAATGGTTGTGATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCA‑CCCCC‑AATTTACTTC‑TGTTTTTTAAAGCAATGGGATCGGcc > 1:348033/1‑249 (MQ=255) gAATGGTTGTGATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCCA‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCTACTCAATGGGATCGGCAATTTTTTGATAttt > 1:902015/1‑250 (MQ=255) aaTGGTTGTGATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTgg < 1:706234/251‑1 (MQ=255) ggTTGTGATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTTAACGCAATGGTATTGGCAAt > 1:51919/1‑235 (MQ=255) 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tataGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTTAACCCAATGGTATCGGCAATTTTTTGATATTTGTGAACAATctg > 1:824013/1‑248 (MQ=255) ataGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCg < 1:93773/251‑1 (MQ=255) ggAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTTAACGCAATGGGATCGGCAATTTGTTGATATTTGTGAACAATCGGCgggg > 1:718980/1‑248 (MQ=255) ggAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCCT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTTAACGCAATGGGATCGGCAATTTTTTTTTATTGGGGAAAAATCGGCGTgg > 1:463180/1‑250 (MQ=255) ggAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGata < 1:322657/231‑1 (MQ=255) aGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTTAACGCAAAGGTATCGGCAATTTTTTGATATTTGTGAACAATCGGCGTGATGCgg > 1:638309/1‑250 (MQ=255) 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cGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTTCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTTAACGCAATGGTATCGGCAATTTTTTGATATTTGGGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAAACGGACACCACCAACATTTTACGGGCGAAAAACAGCTGTTTAAAAAGCAACTCACGCGCCAATAAAACGGCATCGCCGGGCTGATAg > 1:699702/1‑251 (MQ=255) cGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTTC‑TGTTTTTTAACGCAATGGGATCGGCCATTTGTTTATATTTGTGGACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGGAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGGTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAAACGGCATCGCCGGGCTggtaa > 1:743964/1‑247 (MQ=255) gTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGCTGATAGc < 1:727639/250‑1 (MQ=255) 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ttCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGCTGATAGc < 1:669083/224‑1 (MQ=255) ttCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGATTTCA‑CCCCC‑AAATCATTGCTTGTTTTT‑TACGCAATGGGATTGGCAAATTTTTGATATTGGAGGAAAAACCGCCTGATGCCATCCTCTTGCGGGTAATCCGATAAAAAATAGGACACCACCAACAATTTACGGGCGGAAAACGGATGTTGAAAAGGGAACTCACGCGCCAAAAAAACGGCATCTCCGGGGCGAAAACATTCAAATATAACATAGACGCCGtttt > 1:427838/1‑251 (MQ=255) ccTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTg < 1:665676/175‑1 (MQ=255) ggTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGCTGATAg < 1:777990/199‑1 (MQ=255) 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aaTTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGCTGATAGCATTCAAATATCACATAGCCGCTGTTTTCCGCCATGCGGGCAAATCCAAACACGCCCTTTTccgc < 1:147801/251‑1 (MQ=255) tCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGCTGATAGCATTCAAATATcac < 1:289572/197‑1 (MQ=255) | CTGAATGCCCATCAAATGCGCGGAATGGTTGTGATTATAGGAATAGCCCACATAGCAGGCGTTATTGCGTAAGAAAAAAAGATGTAATGTCAGACCGCACTTTTGATTAGGTTTGGCATTCAGCCAGCCTTGCTTTTTCAACGCTTGACGCAACGGCACGGTAAATTTGCGACAAAATCCGAGTAATTCCTTTGCTTCGTTGGTATCGGCGGTTTCCA‑CCCAT‑AATTCACTGC‑TGTTTTTCAACGCAATGGTATCGGCAATTTGTTGATATTGGTGAACAATCGGCGTGATGCGATCCTGTTGCGGTAAATCCGTTAATAAATCGGACACCACCAACATTTGACGGGCGAAAATCAGCTGTTGAAAAGGCAACTCACGCGCCAATAAATCGGCATCGCCGGGCTGATAGCATTCAAATATCACATAGCCGCTGTTTTCCGCCATGCGGGCAAATCCAAACACGCCCTTTTCCGC > 1/1916588‑1917061 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |