| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | 3 | 1620 = | 0 (0.000) | 71 (1.410) | 46/424 | 0.0 | 100% | coding (703/1113 nt) | unknown | Type II secretory pathway, component PulD |
| ? | 5 | 55 = | 0 (0.000) | intergenic (–/+94) | –/unknown | –/Zona occludens toxin‑like phage protein | |||||
CCCGGGTAAAATCGGTGCTTAAAGGCGTTGATGTTCCGGGGCGTGAAATTGTGGTAACAGGTTATGTTTTTGAAGTGCAGACCGAAGAAAAAGAGGGTAGTGGGATTAATCTTTTAGCAAAACTTCTTTCAGGAAAACTCGGGATTAATATAGGCGTTAAGCAGAACTATGAAAACTTTATAACAGTAAATACAGGTAATCTTGATGCTATGATTGAACTTTTTCGTACAGATAGCCGATTTCACGTTGTAAGCTCTCCGACAATTCGCGTTAAATCAGGCTCAAAGGGCAATTTTAGCGTTGGCTCTGATGTACCTATTCTTGGCTCGGTTACTTATGATAGAAATGGTCGTCCGGTGCAGTCTATTGAATATCGCTCAAGCGGTGTAATTTTTGACATATTGCCGACGATTAAAGCCGATAATATTGATATAAAAATTCAGCAACAACTATCTAATTTTGTTAAGACGGATACAGGTGTTAAT > 3/1381‑1865 | gtcttttattgccgaacatcgtcattttaccgatgaagaaacgggcgtttgttgtgatttagttgttattaatcagtctgttgcaggcattcctcggtttgtcaaagaccgtatacaggtgttaatcaatctccgacacttataaaacgcgacattgtcacagatgtaagtgtaaaaaatggcgatgtgatagttttgggtggactggccgaaaacaagataactgaaggcgaaacaggTTTCACGTTGTa < 1:492024‑M1/12‑1 (MQ=255) 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1:466744‑M1/73‑1 (MQ=255) gatgtaagtgtaaaaaatggcgatgtgatagttttgggtggactggccgaaaacaagataactgaaggcgaaacaggTTTCACGTTGTAAGCTCTCCGACAATTCGCGTTAAATCAGGCTCAAAGGGCAATTTTAGCGTTGGCTCTGATGTACCt < 1:42576‑M1/78‑1 (MQ=255) gatgtaagtgtaaaaaatggcgatgtgatagttttgggtggactggccgaaaacaagataactgaaggcgaaacaggTTTCACGTTGTAAGCTCTCCGACAATTCGCGTTAAATCAGGCTCAAAGGGCAATTTTAGCGTTGGCTCTGATGTACCTATTCTTGGCTCGGTTACTTATGATAGAAATGGTCGTCCGGTGCAGtcc > 1:92867‑M1/78‑202 (MQ=255) atgtaagtgtaaaaaatggcgatgtgatagttttgggtggactggccgaaaacaagataactgaaggcgaaacaggTTTCACGTTGTAAGCTCTCCGACAATTCGCGTTAAATCAGGCTCAAAGGGCAATTTTAGCGTTGGCTCTGATGTACCTATTCTTGGCTCGGTTACTTATGATAGAAATGGTCGTCCGGTGCAGTCCATTGaatac > 1:787441‑M1/77‑210 (MQ=255) atgtaagtgtaaaaaatggcgatgtgatagttttgggtggactggccgaaaacaagataactgaaggcgaaacaggTTTCACGTTGTAAGCTCTCCGACAATTCGCGTTAAATCAGGCTCAAAGGGCAATTTTAGCGTTGGCTCTGATGTACCTATTCTTGGCTCGGTTACTTATGATAGAAATGGTCGTCCGGTGCAGTCCATTGAATACCGCTCAAGCGGTGTAATTTTTGACATATTGCCGACGATTa < 1:680278‑M1/175‑1 (MQ=255) 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CCCGGGTAAAATCGGTGCTTAAAGGCGTTGATGTTCCGGGGCGTGAAATTGTGGTAACAGGTTATGTTTTTGAAGTGCAGACCGAAGAAAAAGAGGGTAGTGGGATTAATCTTTTAGCAAAACTTCTTTCAGGAAAACTCGGGATTAATATAGGCGTTAAGCAGAACTATGAAAACTTTATAACAGTAAATACAGGTAATCTTGATGCTATGATTGAACTTTTTCGTACAGATAGCCGATTTCACGTTGTAAGCTCTCCGACAATTCGCGTTAAATCAGGCTCAAAGGGCAATTTTAGCGTTGGCTCTGATGTACCTATTCTTGGCTCGGTTACTTATGATAGAAATGGTCGTCCGGTGCAGTCTATTGAATATCGCTCAAGCGGTGTAATTTTTGACATATTGCCGACGATTAAAGCCGATAATATTGATATAAAAATTCAGCAACAACTATCTAATTTTGTTAAGACGGATACAGGTGTTAAT > 3/1381‑1865 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |