| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 89,076 | (TA)5→4 | intergenic (‑112/‑195) | unknown ← / → unknown | tRNA 4‑thiouridine synthase (EC 2.8.1.4) / Rhodanese‑like domain required for thiamine synthesis/Trimethylamine‑N‑oxide reductase associated c‑type cytochrome, TorY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 89,067 | 0 | A | . | 100.0% | 38.8 / NA | 10 | intergenic (‑103/‑205) | unknown/unknown | tRNA 4‑thiouridine synthase (EC 2.8.1.4) / Rhodanese‑like domain required for thiamine synthesis/Trimethylamine‑N‑oxide reductase associated c‑type cytochrome, TorY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base . (9/1); total (9/1) | |||||||||||
| * | 1 | 89,068 | 0 | T | . | 100.0% | 38.8 / NA | 10 | intergenic (‑104/‑204) | unknown/unknown | tRNA 4‑thiouridine synthase (EC 2.8.1.4) / Rhodanese‑like domain required for thiamine synthesis/Trimethylamine‑N‑oxide reductase associated c‑type cytochrome, TorY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (9/1); total (9/1) | |||||||||||
TAATCCCAATGTTTCACCACGGCGATGGTGTCGTCGTGCTTTGCCAATACGTTACGAATATTGCCGGTCAGAATTTTCACGAACCGTTTCCGCACGGATTCGCTTTTAATCATAATTTCAGGAAATAATTTGACGATAAATTTCATGTTAATTCACTTTTTAACCCATAGAAAAATGGGGCGTATTTTAGCAGATAGCACAAAAATTACCATTGGCTCAAACTCCTTTTAAACCCTCTTAATATAAAAATATATATATAACGATTGATTATATCGTAATTGTTATCACAGAAATGAAATTAATTTACTGATTTATAAGGAAATAAAGGAATTAATTTATTTTACTTGACTGAAATCAAAGTATTTATATTTAGATACACTAGAATCAACACTAACTCGTTGTAGTTATAAATTCCTTTTAGTTATTAAAACGCTCAAACATCGGAGTGATTCCATGTCAAAAACAAAAAAAATTATAA > 1/88819‑89296 || tAATCCCAATGTTTCACCACGGCGATGGTGTCGTCGTGCTTTGCCAATACGTTACGAATATTGCCGGTCAGAATTTTCACGAACCGTTTCCGCACGGATTCGCTTTTAATCATAATTTCAGGAAATAATTTGACGATAAATTTCATGTTAATTCACTTTTTAACCCATAGAAAAATGGGGCGTATTTTAGCAGATAGCACAAAAATTACCATTGGCTCAAACTCCTTTTAAACCCTCTTAATATAAAAat < 1:333416/250‑1 (MQ=255) 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1:857053/1‑88 (MQ=255) tATTTTAGCAGATAGCACAAAAATTACCATTGGCTCAAACTCCTTTTAAACCCTCTTAATATAAAA‑‑ATATATATAACGATTGATTATATCGTAATTGTTATCACAGAAATGAAATTAATTTACTGATTTATAAGGAAATAAAGGAATTAATTTATTTTACTTGACTGAAATCAAAGTATTTATATTTAGATACACTAGAATCAACACTAACTCGTTGTAGTTATAAATTCCTTTTAGTTATTAAAACGCt > 1:51444/1‑250 (MQ=255) ttAGCAGATAGCACAAAAATTACCATTGGCTCAAACTCCTTTTAAACCCTCTTAATATAAAA‑‑ATATATATAACGATTGATTATATCGTAATTGTTATCACAGAAATGAAATTAATTTACTGATTTATAAGGAAATAAAGGAATTAATTTATTTTACTTGACTGAAATCAAAGTATTTATATTTAGATACACTAGAATCAACACTAACTCGTTGTAGTTATAAATTCCTTTTAGTTATTAAAACGCTCaaa > 1:242020/1‑250 (MQ=255) aaTTACCATTGGCTCAAACTCCTTTTAAACCCTCTTAATATAAAA‑‑ATATATATAACGATTGATTATATCGTAATTGTTATCACAGAAATGAAATTAATTTACTGATTTATAAGGAAATAAAGGAATTAATTTATTTTACTTGACTGAAATCAAAGTATTTATATTTAGATACACTAGAATCAACACTAACTCGTTGTAGTTATAAATTCCTTTTAGTTATTAAAACGCTCAAACATCGGAGTGATTCCATg < 1:884860/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |