| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP028101 | 1,262,493 | 2 bp→TG | pseudogene (1086‑1087/1276 nt) | C7Y58_06050 → | ISL3 family transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP028101 | 1,262,493 | 0 | C | T | 100.0% | 53.4 / NA | 29 | pseudogene (1086/1276 nt) | C7Y58_06050 | ISL3 family transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (13/16); total (13/16) | |||||||||||
| * | CP028101 | 1,262,494 | 0 | A | G | 100.0% | 52.7 / NA | 29 | pseudogene (1087/1276 nt) | C7Y58_06050 | ISL3 family transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (13/16); total (13/16) | |||||||||||
ATCAAGATATTATTCAAGCAATTAGGCATAATAACTTTAAAAGATTTGAAAGTGTAGTTAAAAAATATTTAAGTACTAAAGAAAAGATTTCTAAGAAAATGATGATAGCACTAAAAACTCTTAAGAAACATATGAACTATATTGAGAATATGTTTGAATCAAATATTACTAATGGAGTAATAGAGGGTTTAAATAACAAAATAAAATCAATAAAAAGAACAGCATTTGGATATTCAAATTTTAGCAATTTTAAAAAGCGTATATTAATTCAAGCAGGTATTATTTCAATTAGTGCTTAATTTTTTAATACAATAATGCGATTTAGTAATATATAGAAAAGAG > CP028101/1262385‑1262726 || atCAAGATATTATTCAAGCAATTAGGCATAATAACTTTAAAAGATTTGAAAGTGTAGTTAAAAAATATTTAAGTACTAAAGAAAAGATTTCTAAGAAAATGATGATAGTGCTAAAAACTCTTAAGAAACATATGAACTATATTGAGAATATGTTTGAATCAAATATTACTAATGGAGTAATAGAGGGTTTAAATAACTAAATAAAATCAATAAAAAGAACAGCATTTGGATATTCAAATTTTAGCAAtttt > 1:641310/1‑251 (MQ=14) atatTATTCAAGCAATTAGGCATAATAACTTTAAAAGATTTGAAAGTGTAGTTAAAAAATATTTAAGTACTAA‑GAAAAGATTTCCAAGAAAATGGTGATAGTGCTAAAAAATCTTAAGAAAAATATGAACTATATTGAGAATATGTTTGAATCAAATATTAATAATGGAGTAATAAAGGGTTTAAATAACAAAATAATATCAATAAAAAGAACAGCCTTTGGATATTCAAATTTTAGCAATTTTTAAAAg > 1:637904/1‑250 (MQ=11) 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ATCAAGATATTATTCAAGCAATTAGGCATAATAACTTTAAAAGATTTGAAAGTGTAGTTAAAAAATATTTAAGTACTAAAGAAAAGATTTCTAAGAAAATGATGATAGCACTAAAAACTCTTAAGAAACATATGAACTATATTGAGAATATGTTTGAATCAAATATTACTAATGGAGTAATAGAGGGTTTAAATAACAAAATAAAATCAATAAAAAGAACAGCATTTGGATATTCAAATTTTAGCAATTTTAAAAAGCGTATATTAATTCAAGCAGGTATTATTTCAATTAGTGCTTAATTTTTTAATACAATAATGCGATTTAGTAATATATAGAAAAGAG > CP028101/1262385‑1262726 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |