| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP028101 | 618,209 | 0 | C | G | 68.1% | 204.6 / inf | 359 | noncoding (2881/2928 nt) | C7Y58_03125 | 23S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (53/61); new base G (98/145); total (152/207) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 362 total aligned reads displayed.
GTCCCTATCCACTGTAGGCGTTAGAATATTGAGAAGACCTGTCCTTAGTACGAGAGGACCGGGATGGACAAACCTCTGATGTACCAGTTGTCACGCCAGTGGCACAGCTGGGTAGTCACGTTTGGAATAGATAACCGCTGAAAGCATCTAAGCGGG‑AAACTAACTTCAAGATAAGTATTCTTTAAGATACCTTCGAGCCTAGGAGGTTGATAGGTTGGGGGTGTAAGTACAGCAATGTATTTAGCTGACCAATACTAATTATCGAAGTTTTAATCTAATATCTACTATATAGTTTCAAGTGTTCAGACTTGCGCATAAGAATATTATGTGATAAAATACATATGCTTGGTGAGTATAGCTATGGGGGTACACCTAGTTACATTCCGAACCTAGAAGTTAAGCCCATATACGCTGATGGTACTTGGCTGGAAGCGGCCTGGGAGAGTATGGATTTGCCAAGCAATTTTTAGAGGGAAGCTAGTTCTTCTCTCT > CP028101/617961‑618452 | gTCCCTGTCCACTGTAGGCGTTAGAATATTGAGAAGACCTGTCCTTAGTACGAGAGGACCGGGATGGACAAACCTCTGATGTACCAGTTGTCACGCCAGTGGCACAGCTGGGTAGTCACGTTTGGAATAGATAACCGCTGAAAGCATCTAAGCGGG‑AAACTAACTTCAAGATAAGTATTCTTTAAGATACCTTCGAGCCTAGGAGGTTGATAGGTTGGGGGTGTAAGTACAGCAATGTATTTAGCTGAcc < 1:843184/250‑1 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atatTGAGAAGACCTGTCCTTAGTACGAGAGGACCGGGATGGACAAACCTCTGATGTACCAGTTGTCACGCCAGTGGCACAGCTGGGTAGTCACGTTTGGAATAGATAACCGCTGAAAGCATCTAAGCGGG‑AAACTAACTTCAAGATAAGTATTCTTTAAGATACCTTCGAGCCTAGGAGGTTGATAGGTTGGGGGTGTAAGTACAGCAATGTATTTAGCTGAGCAATACTAATTATCGAAGTATTAAt > 1:852044/1‑249 (MQ=14) atatTGAGAAGACCTGTCCTTAGTACGAGAGGACCGGGATGGACAAACCTCTGATGTACCAGTTGTCACGCCAGTGGCACAGCTGGGTAGTCACGTTTGGAATAGATAACCGCTGAAAGCATCTAAGCGGG‑AAACTAACTTCAAGATAAGTATTCTTTAAGATACCTTCGAGCCTAGGAGGTTGATAGGTTGGGGGTGTAAGTACAGCAATGTATTTAGCTGACCAATACTAATTATCGAAGTTTTAAt > 2:132472/1‑249 (MQ=31) atTGAGAAGACCTGTCCTTAGTACGAGAGGACCGGGATGGACAAACCTCTGATGTACCAGTTGTCACGCCAGTGGCACAGCTGGGTAGTCACGTTTGGAATAGATAACCGCTGAAAGCATCTAAGCGGG‑AAACTAACTTCAAGATAAGTATTCTTTAAGATACCTTCGAGCCTAGGAGGTTGATAGGTTGGGGGTGTAAGTACAGCAATGTATTTAGCTGAGCAATACTAATTATCGAAGTTTTAATCTaa > 1:176161/1‑251 (MQ=14) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |