| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP028101 | 2,117,251 | 0 | T | G | 21.4% | 692.0 / 32.6 | 281 | V506G (GTT→GGT) | C7Y58_10195 | PTS fructose transporter subunit IIC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (89/131); new base G (60/0); total (149/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-20 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
ACTAATAACTGGTGTGTTGATGTATTTCATAATAGGTCCTATATTTACAAAAATAAATCTTATTGTTGCTAACTGGTTAAATAATATGGGAACTGCAAATGCTGTTGTATTAGGTGCTATACTTGGTGGAATGATGAGTGTTGATATGGGAGGACCTATCAATAAAGCAGCTTATGCTTTCTCAATAGGGGTATTTACTGACACAGGAAATGGTGCATTTATGGCAGCTGTTATGGCAGGTGGAATGGTTCCTCCATTAGCAATA‑GCTTTTGCTATGACATTATTTAAAAATAATTTTGATGAAAAAGAAAAACAATCTA‑CAA‑TTTCAAACTTTATATTAGGTTTATCTTTTATAACAGAAGGGGCAATTCCTTTTGCTGCTAAAGAACCAGTAAAAGTTATAGGTTCTTGTATTGTAGGTGCTGCAATAGCAGGTGGATTAACTCAATTTTGGAGTGTATCTGCTCCTGCTCCTCATGGTGGAATATTTGTTATCC > CP028101/2117003‑2117499 | aataaCTGGTGTGTTGATGTATTTCATAATAGGTCCTATATTTACAAAAATAAATCTTATTGTTGCTAACTGGTTAAATAATATGGGATCTGCAAATGCTGTTGTATTAGGTGATATACTTGGTGGAATGATGAGTGTTGATATGGGAGGACCTATCAATAAAGCAGCTTATGCTTTCTCAATAGGGGTATTTACTGACACAGGAAATGGTGCATTTATGGCAGCTGTTATGGCAGGTGGAATGGTtcctc < 2:122101/251‑1 (MQ=255) taaCTGGTGTGTTGATGTATTTCATAATAGGTCCTATATTTACAAAAATAAATCTTATTGTTGCTAACTGGTTAAATAATATGGGAACTGCAAATGCTGTTGTATTAGGTGCTATACTTGGTGGAATGATGAGTGATGATATGGGAGGACCTATCAATAAAGCAGCTTATGCTTTCTCAATAGGGGTATTTACTGACACAGGAAGTGGTGCATTTATGGCAGCTGTTATGGCAGGTGGAATGGTTCCTCCa > 1:622936/1‑251 (MQ=255) gtgtTGATGTATTTCATAATAGGTCCTATATTTACAAAAATAAATCTTATTGTTGCTAACTGGTTAAATAATATGGGAACTGCAAATGCTGTTGTATTAGGTGCTATACTTGGTGGAATGATGAGTGTTGATATGGGAGGACCTATCAATAAAGCAGCTTATGCTTTCTCAATAGGGGTATTTACTGACACAGGAAATGGTGCATTTATGGCAGCTGTTATGGCAGGTGGGATGGGTCCTCCCTTatcac > 2:175685/1‑246 (MQ=255) gtgtTGATGTATTTCATAATAGGTCCTATATTTACAAAAATAAATCTTATTGTTGCTAACTGGTTAAATAATATGGGAACTGCAAATGCTGTTGTATTAGGTGCTATACTTGGTGGAATGATGAGTGTTGATATGGGAGGACCTATCAATAAAGCAGCTTATGCTTTCTCAATAGGGGTATTTACTGACACAGGAAATGGTGCATTTATGGCAGCTGTTATGGCAGGTGGAATGGTTCCTCCATTAGCa < 1:175685/249‑1 (MQ=255) gtTGATGTATTTCATAATAGGTCCTATATTTACAAAAATAAATCTTATTGTTGCTAACTGGTTAAATAATATGGGAACTGCAAATGCTGTTGTATTAGGTGCTATACTTGGTGGAATGATGAGTGTTGATATGGGAGGACCTATCAATAAAGCAGCTTATGCTTTCTCAATAGGGGTATTTACTGACACAGGAAATGGTGCATTTATGGCAGCTGTTATGGCAGGTGGGGTGGGTCCTCCCTTATCaaaaa > 2:642408/1‑248 (MQ=255) tATTTCATAATAGGTCCTATATTTACAAAAATAAATCTTATTGTTGCTAACTGGTTAAATAATATGGGAACTGCAAATGCTGTTGTATTAGGTGCTATACTTGGTGGAATGATGAGTGTTGATATGGGAGGACCTATCAATAAAGCAGCTTATGCTTTCTCAATAGGGGTATTTACTGACACAGGAAATGGTGCATTTATGGCAGCTGTTATGGCAGGTGGAATGGTTCCTCCATTAGCAATA‑GCTTTTGc < 2:588472/251‑1 (MQ=255) taataGGTCCTATATTTACAAAAATAAATCTTATTGTTGCTAACTGGTTAAATAATATGGGAACTGCAAATGCTGTTGTATTAGGTGCTATACTTGGTGGAATGATGAGTGTTGATATGGGAGGACCTATCAATAAAGCAGCTTATGCTTTCTCAATAGGGGTATTTACTGACACAGGAAATGGTGCATTTATGGCAGCTGTTATGGCAGGTGGAATGGTTTCTTCAtttgt > 1:198716/1‑229 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |