| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP028101 | 2,048,973 | 0 | G | T | 31.6% | 147.3 / 23.7 | 76 | G469G (GGC→GGA) | C7Y58_09935 | helicase SNF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/40); new base T (24/0); total (36/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.32e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTTTCAAAAGACTTTCAATATCATTTCTTATAGTTCCATAGGTAGTTAAAATTACATCAACCTTTTTTAAAGAAGAAAAATCTCTATTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATAACCATATTTTTGATAATCTCTTAATGTTGCTTTTAATTTAGGATAATCAATATTTTCTTCTGCTAATTTATTTATTCCTTCAAAAAAATCTTTACTTCCCATAAAGTCATTCTCAAAAGATTTTTCATCAATCAAATCTTGAACTATTGGCATATCAAAAAATGAAACCTTTATTTTATTC > CP028101/2048732‑2049222 | gTTTCAAAAGACTTTCAATATCATTTCTTATAGTTCCATAGGTAGTTAAAATTACATCAACCTTTTTTAAAGAAGAAAAATCTCTATTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTTCCTaaacc > 1:145461/1‑247 (MQ=255) cAAAAGACTTTCAATATCATTTCTTATAGTTCCATAGGTAGTTAAAATTACATCAACCTTTTTTAAAGAAGAAAAATCTCTATTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCatat < 2:170296/251‑1 (MQ=255) cAAAAGACTTTCAATATCATTTCTTATAGTTCCATAGGTAGTTAAAATTACATCAACCTCTTTTAAAGAAGAAAACTCTCTATTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCatat < 1:517948/251‑1 (MQ=255) aaaGACTTTCAATATCATTTCTTATAGTTCCATAGGTAGTTAAAATTACATCAACCTTTTTTAAAGAAGAAAAATCTCTATTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATatca < 1:413193/251‑1 (MQ=255) tttCAATATCATTTCTTATAGTTCCATAGGTAGTTAAAATTACATCAACCTTTTTTAAAGAAGAAAAATCTCTATTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTTCCtctttctcttatacacatt > 1:86432/1‑233 (MQ=255) tttCAATATCATTTCTTATAGTTCCATAGGTAGTTAAAATTACATCAACCTTTTTTAAAGAAGAAAAATCTCTATTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCt < 2:86432/233‑1 (MQ=255) aaTATCATTTCTTATAGTTCCATAGGTAGTTAAAATTACATCAACCTTTTTTAAAGAAGCAAAATCTCTATTTATACCATAGTATACACCAGCTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAAc < 1:546999/251‑1 (MQ=255) aaTATCATTTCTTATAGTTCCATAGGTAGTTAAAATTACATCAACCTTTTTTAAAGAAGAAAAATCTCTATTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAAc < 1:226309/251‑1 (MQ=255) aaTATCATTTCTTATAGTTCCATAGGTAGTTAAAATTACATCAACCTTTTTTAAAGAAGAAAAATCTCTATTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAAc < 2:67980/251‑1 (MQ=255) aaTATCATTTCTTATAGTTCCATAGGTAGTTAAAATTACATCAACCTTTTTTAAAGAAGAAAAATCTCTATTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTCTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCCGCTAAAc < 1:701445/251‑1 (MQ=255) taTTTCTTATAGTTCCATAGGTAGTTAAAATTACATCAACCTTTTTTAAAGAAGAAAAATCTCTATTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCTGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCt < 2:145461/250‑1 (MQ=255) aTTTCTTATAGTTCCATAGGTAGTTAAAATTACATCAACCTTTTTTAAAGAAGAAAAATCTCTATTTATACCATAGTATACACCAAATAAGAATTTAGGAGAGAAGCGGGGAATTTCATTTTCCCAGTTATCTCCCCCTCTTTTCTTCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAGAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTTCCTTAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCt > 1:504558/1‑250 (MQ=255) ttCTTATAGTTCCATAGGTAGTTAAAATTACATCAACCTTTTTTAAAGAAGAAAAATCTCTATTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGcc < 2:442948/226‑1 (MQ=255) ttCTTATAGTTCCATAGGTAGTTAAAATTACATCAACCTTTTTTAAAGAAGAAAAATCTCTATTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGcc > 1:442948/1‑226 (MQ=255) taGTTCCATAGGTAGTTAAAATTACATCAACCTTTTTTAAAGAAGAAAAATCTCTATTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAattt > 1:266599/1‑250 (MQ=255) gTTCCATAGGTAGTTAAAATTACATCAACCTTTTTTAAAGAAGAAAAATCTCTATTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTTTAT‑GGTTTTTCCTAAGCCCATATCATCTTCTAAACAAGCTCCTAAaatatt > 2:249217/1‑251 (MQ=255) ccATAGGTAGTTAAAATTACATCAACCTTTTTTAAAGAAGAAAAATCTCTATTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GTTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATc < 2:545860/251‑1 (MQ=255) ccATAGGTAGTTAAAATTACATCAACCTTTTTTAAAGAAGAAAAATCTCTATTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATc < 1:249217/251‑1 (MQ=255) aGGTAGTTAAAATTACATCAACCTTTTTTAAAGAAGAAAAATCTCTATTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTTTCTAAGACCCTATCATCTGCTAAACAAACTCCTAAATTATTATCTGtt > 2:518348/1‑251 (MQ=255) gTTAAAATTACATCAACCTTTTTTAACGAAGAAAAATCTCTATTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACa < 1:496200/224‑1 (MQ=255) gTTAAAATTACATCAACCTTTTTTAAAGAAGAAAAATCTCTATTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTTA‑AGTTTTTTCTTAGCCCATATCATCTTCTAAACaatgtttcttataatcatctgacgctg > 2:496200/1‑225 (MQ=255) aaaTTACATCAACCTTTTTTAAAGAAGAAAAATCTCTATTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTTTCTAAACCCATATTATTTGCTAAATAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAataattt > 2:209232/1‑247 (MQ=255) cTTTTTTAAAGAAGAAAAATCTCTATTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATAAc < 2:377489/251‑1 (MQ=255) cTTTTTTAAAGAAGAAAAATCTCTATTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATAAc < 1:209232/251‑1 (MQ=255) cTTTTTTAAAGAAGAAAAATCTCTATTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGCTGAAAATCTTTTAATGTCATTATCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATAAc < 1:518348/251‑1 (MQ=255) gaTTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGCTTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAT‑GGTTTTTCCTAAGCCCATATCATCTGTTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGACATTTATAACAATATTTTTTTTAATCTCTTatt > 2:556942/2‑249 (MQ=255) aTTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTTTTA‑GGTTTTTTCTTAGACCATATCATTTGTTAAACAAACTCCTAAATTATTTTTTTTTAAATATTTAAACCCTTTATAACCATATTTTTTATAATTTCtttatt > 2:601750/1‑247 (MQ=255) aTTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAat < 2:33494/209‑1 (MQ=255) aTTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATAACCATATTTTTGATAATCTCTTAATg < 2:504558/251‑1 (MQ=255) aTTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAACTCCTAAATTTTTATCTGTTTAat > 1:33494/1‑209 (MQ=255) ttATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTTA‑GGTTTTTTCTAAGCCCCTATCATCTGCTAAAAAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAACCATTTATAAACATATTTTTTATAATCTCTTAAtttt > 2:254811/1‑248 (MQ=255) ataCCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTTTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTTTTTTTTTTTAAATATTTTAGCCCTTTATAACCAAATTTTTGTTAAACTCtttatttttt > 2:673961/1‑243 (MQ=255) ataCCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAAc < 1:449259/178‑1 (MQ=255) ataCCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGGTTTGTCTAAGCCCATATCATCTggtataa > 2:449259/1‑172 (MQ=255) ccATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTTCCTTAACCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTTTCTGTTAAAAATTTAAGCCCCTTTTAACCAAATTTTTGTTAATCTCTTTATGTTGCttt > 1:300752/1‑251 (MQ=255) ccATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTTCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTTAGCCATTTATAACCATAtttt > 1:190221/1‑228 (MQ=255) ccATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTTCCTAAGCCCAGAACATTTGCTAAACAAGCTCCTAAAATATTATCTGTTAAAATTTTAACACCTTTACAACCATAttttttgttatcttctacttgtgcttt > 2:463144/1‑229 (MQ=255) ccATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATAACCATAtttt < 2:190221/228‑1 (MQ=255) aTAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTTA‑GGTTTTTCCTTAGCCCATATCATCTGCTAAAAAAGCTCCTAAATTTTTATCTTTTAAATATTTAATCCATTTTTTACCATATTTTTTATAATCTTTTTATGTTGCttttt > 2:697082/1‑250 (MQ=255) aTAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGcc < 1:262090/156‑1 (MQ=255) tAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTTTCTTAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATAAc > 2:42636/1‑217 (MQ=255) tAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATAAc < 1:42636/217‑1 (MQ=255) aGTATACGCCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAattattttc > 1:715816/1‑187 (MQ=255) aGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATc < 2:715816/190‑1 (MQ=255) gTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTTTTA‑GGTTTTTTCTAAACCCATATCATCTTCTAAACAAACTCCTAAATTATTTTCTTTTTAATATTTAAGTCATTTATAACCATATTTTTTATAATTTCTTAATGtttgtttttatt > 2:103695/1‑241 (MQ=255) gTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTTTTA‑GGGTTTTCCTAAGCCCATATCATATGCTAAAAAAGATCCTAAATTATTATCTTTTTAATATTTTAGCCCTTTATAAACATATTTTTTATAATATTTTAATATTTCTTTTAAtt > 2:585602/1‑251 (MQ=255) gTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTTCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTTTTTAATATTTTAGCCATTTATAACCATATTTTTTATAATCTCTTTATGTTTCTTTTTAtt > 1:371952/1‑251 (MQ=255) gTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTTAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAACCATTTATAACCATATTTTTTATAATCTTTTTATTTTGCTTTTAAtt > 1:700192/1‑251 (MQ=255) gTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATc < 2:501389/189‑1 (MQ=255) gTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGtt < 2:571799/193‑1 (MQ=255) gTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATAAc < 1:230058/215‑1 (MQ=255) acCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGCTATATATCAAGCTTTTAGTCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGTATTTTAGAAATTGAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATAACCATATTTTTGATAATCTCTTAATGTTGCTTTTAATTTAGGAt < 1:601750/251‑1 (MQ=255) cTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTTCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTTTaaa > 1:144125/1‑203 (MQ=255) cTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATAAc < 2:144125/204‑1 (MQ=255) gTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTCAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTACATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATAACCATATTTTTGATAATCTCTTAATGTTGCTTTTAATTTAGGATAATCAATATTttcttc < 1:585602/250‑1 (MQ=255) gTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTTTCTAAGCCCATATCATTTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTTAATATTTAAACCATTTATAACCATATTTTTTATAATCTCTTAATTTTGTTTTTAATTTTGGATAATCAATATTTTCTTCTGCTAATTTATTTATTCCTTCaaaaaaaa > 2:215181/1‑250 (MQ=255) gTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTTTCTGTTAAATATTTAAACCATTTATAACCATATTTTTGATAATCTCTTTATGTTGCTTTTAATTTTGGATAATCAATATTTTTTTTTGCTAATTTATTTATTCCTTCAAAAAAAt > 1:224381/1‑251 (MQ=255) ttATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATAACCATATTTTTGATAATCTCTTAATGTTGCTTTTAATTTAGGATAATCAATATTTTCTTCTGCTAATTTATTTATTCCTTCAAAAAAATc < 1:215181/251‑1 (MQ=255) ttATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATAACCATATTTTTGATAATCTCTTAATGTTGCTTTTAATTTAGGATAATCAATATTTTCTTCTGCTAATTTATTTATTCCTTCAAAAAAATc < 1:103695/251‑1 (MQ=255) cTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTTCCTTAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTTAATTATTTTCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATaaa > 2:338219/1‑150 (MQ=255) cTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATAAc < 1:338219/151‑1 (MQ=255) tAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATAACCATATTTTTGATAATCTCTTAATGTTGCTTTTAATTTAGGATAATCAATATTTTCTTCTGCTAATTTATTTATTCCTTCAAAAAAATCTTTACTTCCCATAAAg < 2:318152/251‑1 (MQ=255) gCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATAACCATATTTTTGATAATCTCTTAATGTTGCTTTTAATTTAGGATAATCAATATTTTCTTCTGCTAATTTATTTATTCCTTCAAAAAAATCTTTACTTCCCATAAAGt < 1:361018/249‑1 (MQ=255) cATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATAACCATATTTTTGAt < 1:315457/155‑1 (MQ=255) tcttcATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTTCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATAACCATATTTTTGATAATCTCTTAATGTTGCTTTTAATTTTGGATAATCAATATTTTCTTCTGCTAATTTATTTATTTCTTCAAACAAATCTTTACTTCCCATAAAGTCATTCTCAAAAGATTTTTTATCAATCAAAtt > 1:472914/1‑250 (MQ=255) cttcATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAAAGGTTTTTCTTAA‑CCCCTTTCATCTGCTAAAAAAACTCCTAAATTATTTTTTGTTTAATATTTTAACCATTTTTAAACCTATTTTTTTTAAATTTTTTATTTTGTTTTTTATTTAGGATAATTAATATTTTCTTTTTGTTATTTATTTTTTTCTTCAAAAAAAATTTTACTTTCCTTAAAATCATTTTCAAAAAATTTTTTATCAATAAAAt > 2:558462/1‑249 (MQ=255) tGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATAACCATATTTTTGATAATCTCTTAATGTTGCTTTTAATTTAGGATAATCAATATTTTCTTCTGCTAATTTATTTATTCCTTCAAAAAAATCTTTACTTCCCATAAAGTCATTCTCAAAAGATTTTTCATCAATCAAATCTTGAAc < 2:371952/251‑1 (MQ=255) aaaTTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATAACCATATTTTTGATAATCTCTTAATGTTGCTTTTAATTTAGGATAATCAATATTTTCTTCTGCTAATTTATTTATTCCTTCAAAAAAATCTTTACTTCCCATAAAGt < 1:10011/204‑1 (MQ=255) aGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCCTTTATAACCATATTTTTTATAATCTCTTAATGTTGCTTTTAATTTTGGATAATCAATATTTTCTTCTGCTAATTTATTTTTTCCTTCAAAAAAATCTTTACTTCCCATAAAGTCATTTTCAAAAGATTTTTCATCAATCAAATCt > 2:546098/1‑229 (MQ=255) aGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCATAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCGTAAATTATTATCTGTGAAATATTTAAGCCATTTATAACCATATTTTTGATAATCTCTTAATGTTGCTTTTAATTTAGGATAATCAATATTTTCTTCTGCTAATTTATTTATTCCTTCAAAAAAATCTTTACTTCCCATAAAGTCATTCTCAAAAGATTTTTCATCAATCAAATCt < 1:546098/229‑1 (MQ=255) gTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTTCCTAAACCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTTTTTAATATTTAAGCCATTTATAAACATATTTTTTATAATCTCTTAATTTTGCTTTTAATTTTGGATAATCAATATTTTCTTCTTCTAATTTTTTTATTTCTTTAAAAAAATCTTTTTTTCCCATAAAGTCATTTTCAAAAGATTTTTTATCAATCAAATCTTTAACTATTTGAATATCaaaaaa > 2:54176/1‑251 (MQ=255) gCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAatta > 1:464323/1‑54 (MQ=255) gCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAatta < 2:464323/54‑1 (MQ=255) cTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATAACCATATTTTTGATAATCTCTTAATGTTGCTTTTAATTTAGGATAATCAATATTTTCTTCTGCTAATTTATTTATTCCTTCAAAAAAATCTTTACTTCCCATAAAGTCATTCTCAAAAGATTTTTCATCAATCAAATCTTGAACTATTGGCATATCAAAAAATGAAAc > 2:69412/1‑250 (MQ=255) tGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATAACCATATTTTTGATAATCTCTTAATGTTGCTTTTAATTTAGGATAATCAATATTTTCTTCTGCTAATTTATTTATTCCTTCAAAAAAATCTTTACTTCCCATAAAGTCATTCTCAAAAGATTTTTCATCAATCAAATCTTGAACTATTGGCATATCAAAAAATGAAACCTttattttatt > 1:286552/1‑250 (MQ=255) tGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATAACCATATTTTTGATAATCTCTTAATGTTGCTTTTAATTTAGGATAATCAATATTTTCTTCTGCTAATTTATTTATTCCTTCAAAAAAATCTTTACTTCCCATAAAGTCATTCTCAAAAGATTTTTCATCAATCAAATCTTGAACTATTGGCATATCAAAAAATGAAACCTTTATTTTATTc < 2:286552/251‑1 (MQ=255) gCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATAACCATATTTTTGATAATCTCTTAATGTTGCTTTTAATTTAGGATAATCAATATTTTCTTCTGCTAATTTATTTATTCCTTCAAAAAAATCTTTACTTCCCATAAAGTCATTCTCAAAAGATTTTTCATCAATCAAATCTTGAACTATTGGCATATCAAAAAATGAAACCTTTATTTTATTc > 1:710415/1‑250 (MQ=255) | GTTTCAAAAGACTTTCAATATCATTTCTTATAGTTCCATAGGTAGTTAAAATTACATCAACCTTTTTTAAAGAAGAAAAATCTCTATTTATACCATAGTATACACCAACTTTTAATTTAGGTGAAAATCTTTTAATTTCATTTTCCCAGTTATATATCAAGCTTTTAGGCATTATTACCATAGATTTTTTCTTTTTTTCTTCATGCATTTTAGAAATTAAAGTTATGGCTTGTAA‑GGTTTTGCCTAAGCCCATATCATCTGCTAAACAAGCTCCTAAATTATTATCTGTTAAATATTTAAGCCATTTATAACCATATTTTTGATAATCTCTTAATGTTGCTTTTAATTTAGGATAATCAATATTTTCTTCTGCTAATTTATTTATTCCTTCAAAAAAATCTTTACTTCCCATAAAGTCATTCTCAAAAGATTTTTCATCAATCAAATCTTGAACTATTGGCATATCAAAAAATGAAACCTTTATTTTATTC > CP028101/2048732‑2049222 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |