| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP028101 | 1,828,290 | 0 | C | T | 27.3% | 262.8 / 127.0 | 154 | T189M (ACG→ATG) | C7Y58_08830 | MBL fold metallo‑hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (57/55); new base T (22/20); total (79/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.85e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
GAGAAATTCATACTGTAAAAGAAAGTGACATGGTAGGAGATTTCAAAGTTATCGATACTCCTGGACATACTATCGGTTCAAAGAGTTTCTACTATGAAAAAGATAAAATTTTAATATCAGGAGATACATTGTTTAGAAGAAGTTATGGACGATATGATTTACCTACTGGAAGTTTAGAAATGTTATGTCATAGTTTAAAAAAATTATCAAAATTACCAGATGAAACTGTTGTTTACAATGGACATACGGATAATACAACTATTGGAGAAGAAAGAAGATTTTTAGAAAGAGTTGGAATACTTTAAAAAATTTAAGGAGAGAAAAATAATGGAAAAAATATATGATGTTATAATTGTTGGAGCTGGTCCTGCTGGGCTAACAGCTGGAATATATGCAGGAAGAGGAAATTTATCAACTCTTATTTTGGAAAAAGAAGGAATAGGAAGTATGATAATGACTCATCAAATAGACAACTATCCTGGTTCTCATATTGGAG > CP028101/1828044‑1828539 | agaAATTCATACTGTAAAAGAAAGTGACATGGTAGGAGATTTCAAAGTTATCGATACTCCTGGACATACTATCGGTTCAAAGAGTTTCTACTATGAAAAAGATAAAATTTTAATATCAGGAGATACATTGTTTAGAAGAAGTTATGGACGATATGATTTACCTACTGGAAGTTTAGAAATGTTATGTCATAGTTTAAAAAAATTATCAAAATTACCAGATGAAACTGTTGTTTACAATGGACATATGGat < 2:160824/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |