| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP028101 | 1,308,193 | 0 | A | T | 20.0% | 242.1 / 10.9 | 105 | N222K (AAT→AAA) | cobA | uroporphyrinogen‑III C‑methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/55); new base T (21/0); total (50/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
AAATAAAATAGCCTTATACTTTTCTAAATCTTTTAAATCAATCTTTAAATTTTCTATTTCTATAAAAGGTAATTCAACAGGAATTCCTCCCCTTTTAGAAATATTTTCAGACATTTCAACAGCTTGTTTTTTATCTCTTGTTACTAATATTTTTTTTGCAAGATTTTCAGTTTCAAACCATTTAAAAGTTTCTCTTAAATTAACTACTTCTCCAATTATAGTTATGGCAGGTGGAG‑T‑TATTTT‑ATTTTTTTCAACAAGTCCTAAAATATTTTCTAAATTTCCAACTGTTACTCTTT‑GATTTTTAGTTGCACCTTTTTCTATAATGGCAACAGGA‑GTTTTACTATCTTTACCATATTTAA‑TTAAATCGTTGACTATTAAATCTAAATTTTTAACTCCCATTAAAAAAATTAAAGTTCCCTCTAATTTTGCAATATTTTCAAAATTATGCCACTTTCCATTTTCCATAGTATGCCCTGTAAAAATATGAAAAGAC > CP028101/1307950‑1308442 | aaataaaataGCCTTATACTTTTCTAAATCTTTTAAATCAATCTTTAAATTTTCTATTTCTATAAAAGGTAATTCAACAGGAATTCCTCCCCTTTTAGAAATATTTTCAGACATTTCAACAGCTTGTTTTTTATCTCTTGTTACTAATATTTTTTTTGCAAGATTTTCAGTTTCAAACCATTTAAAAGTTTCTCTTAAATTAACTACTTCTCCAATTATAGTTATGGCAGGTGGAG‑G‑TATTTT‑Attttttt > 2:612672/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |