| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP028101 | 1,308,184 | 0 | A | G | 26.9% | 217.5 / 18.1 | 113 | T225T (ACT→ACC) | cobA | uroporphyrinogen‑III C‑methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/60); new base G (29/0); total (53/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.89e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
CCATTAGGTGAATTAAATAAAATAGCCTTATACTTTTCTAAATCTTTTAAATCAATCTTTAAATTTTCTATTTCTATAAAAGGTAATTCAACAGGAATTCCTCCCCTTTTAGAAATATTTTCAGACATTTCAACAGCTTGTTTTTTATCTCTTGTTACTAATATTTTTTTTGCAAGATTTTCAGTTTCAAACCATTTAAAAGTTTCTCTTAAATTAACTACTTCTCCAATTATAGTTATGGCAGGTGGAG‑T‑TATTTT‑ATTTTTTTCAACAAGTCCTAAAATATTTTCTAAATTTCCAACTGTTACTCTTTGATTTTTAGTTGCACCTTTTTCTATAATGGCAACAGGAGTTTTACTATCTTTACCATATTTAA‑TTAAATCGTTGACTATTAAATCTAAATTTTTAACTCCCATTAAAAAAATTAAAGTTCCCTCTAATTTTGCAATATTTTCAAAATTATGCCACTTTCCATTTTCCATAGTATGCCCTGTAAAAATA > CP028101/1307936‑1308433 | ccATTAGGTGAATTAAATAAAATAGCCTTATACTTTTCTAAATCTTTTAAATCAATCTTTAAATTTTCTATTTCTATAAAAGGTAATTCAACAGGAATTCCTCCCCTTTTAGAAATATTTTCAGACATTTCAACAGCTTGTTTTTTATCTCTTGTTACTAATATTTTTTTTGCAAGATTTTCAGTTTCAAACCATTTGAAAGTTTCTCTTAAATTAACTACTTCTCCAATTATAGTTATGGCAGGGGGAgg > 1:495507/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |