Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	CP028101	875,381	A→G	K85E (AAA→GAA)	C7Y58_04335 →	autotransporter domain‑containing protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP028101	875,381	0	A	G	87.0%	25.6 / 2.8	23	K85E (AAA→GAA)	C7Y58_04335	autotransporter domain‑containing protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/3);  new base G (13/7);  total (13/10)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.30e-01

AGCAGAAAACTCAAAAAGTTTAGCAGGCTTAAGATTAGAATTAATACAATTAATGGAACAAGGGGATCAAGTAGTAAAATCACCTTGGATGTCATGGCAATTTGGAATAAACTATATGTACAGTAAATGGAATGGTACATATAAAGGAAAAGGAGATAA  >  CP028101/875368‑875526              |                                                                                                                                                  agCAGAAAACTCAGAAAGTTTAGCAGGCTTAAGATTAGAATTAATACAATTAATGGAACAAGGGGATCAAGTAGTAAAATCACCTTGGATGTCATGGCAATTTGGAATAAACTATATGTACAGTAAATGGAATGGTACACATaaaggaaa           >  1:2440949/1‑150 (MQ=2)  gCAGAAAACTCAGAAAGTTTAGCAGGCTTAAGATTAGAATTAATACAATTAATGGAACAAGGGGATCAAGTAGTAAAATCACCTTGGATGTCATGGCAATTTGGAATAAACTATATGTACAGTAAATGGAATGGTACATATaaaggaaaa          >  1:2450448/1‑150 (MQ=14)  gCAGAAAACTCAGAAAGTTTAGCAGGCTTAAGATTAGAATTAATACAATTAATGGAACAAGGGGATCAAGTAGTAAAATCACCTTGGATGTCATGGCAATTTGGAATAAACTATATGTACAGTAAATGGAATGGTACATATaaaggaaaa          >  1:980946/1‑150 (MQ=14)  gCAGAAAACTCAGAAAGTTTAGCAGGCTTAAGATTAGAATTAATACAATTAATGGAACAAGGGGATCAAGTAGTAAAATCACCTTGGATGTCATGGCAATTTGGAATAAACTATATGTACAGTAAATGGAATGGTACATATaaaggaaaa          >  1:882141/1‑150 (MQ=14)  gCAGAAAACTCAGAAAGTTTAGCAGGCTTAAGATTAGAATTAATACAATTAATGGAACAAGGGGATCAAGTAGTAAAATCACCTTGGATGTCATGGCAATTTGGAATAAACTATATGTACAGTAAATGGAATGGTACATATaaaggaaaa          >  1:2530828/1‑150 (MQ=14)  gCAGAAAACTCAAAAAGTTTAGCAGGCTTAAGATTAGAATTAATACAATTAATGGAACAAGGGGATCAAGTAGTAAAATCACCTTGGATGTCATGGCAATTTGGAATAAACTATATGTACAGTAAATGGAATGGTACATATaaaggaaaa          <  1:2220983/150‑1 (MQ=31)  gCAGAAAACTCAAAAAGTTTAGCAGGCTTAAGATTAGAATTAATACAATTAATGGAACAAGGGGATCAAGTAGTAAAATCACCTTGGATGTCATGGCAATTTGGAATAAACTATATGTACAGTAAATGGAATGGTACATATaaaggaaaa          <  1:2220986/150‑1 (MQ=31)  gCAGAAAACTCAAAAAGTTTAGCAGGCTTAAGATTAGAATTAATACAATTAATGGAACAAGGGGATCAAGTAGTAAAATCACCTTGGATGTCATGGCAATTTGGAATAAACTATATGTACAGTAAATGGAATGGTACATATaaaggaaaa          <  1:2220982/150‑1 (MQ=31)   cAGAAAACTCAGAAAGTTTAGCAGGCTTAAGATTAGAATTAATACAATTAATGGAACAAGGGGATCAAGTAGTAAAATCACCTTGGATGTCATGGCAATTTGGAATAAACTATATGTACAGTAAATGGAATGGTACATATaaaggaaaag         <  1:1622252/150‑1 (MQ=17)   cAGAAAACTCAGAAAGTTTAGCAGGCTTAAGATTAGAATTAATACAATTAATGGAACAAGGGGATCAAGTAGTAAAATCACCTTGGATGTCATGGCAATTTGGAATAAACTATATGTACAGTAAATGGAATGGTACATATaaaggaaaag         >  1:283641/1‑150 (MQ=17)    aGAAAACTCAGAAAGTTTAGCAGGCTTAAGATTAGAATTAATACAATTAATGGAACAAGGGGATCAAGTAGTAAAATCACCTTGGATGTCATGGCAATTTGGAATAAACTATATGTACAGTAAATGGAATGGTACATATaaaggaaaagg        >  1:3427878/1‑150 (MQ=17)     gAAAACTCAGAAAGTTTAGCAGGCTTAAGATTAGAATTAATACAATTAATGGAACAAGGGGATCAAGTAGTAAAATCACCTTGGATGTCATGGCAATTTGGAATAAACTATATGTACAGTAAATGGAATGGTACATATaaaggaaaaggg       <  1:866802/150‑2 (MQ=17)      aaaaCTCAGAAAGTTTAGCAGGCTTAAGATTAGAATTAATACAATTAATGGAACAAGGGGATCAAGTAGTAAAATCACCTTGGATGTCATGGCAATTTGGGATAAACTATATGTACAGTAAATGGAATGGTACATATAAAGGAAAAGgag      <  1:1939943/150‑1 (MQ=12)       aaaCTCAGAAAGTTTAGCAGGCTTAAGATTAGAATTAATACAATTAATGGAACAAGGGGATCAAGTAGTAAAATCACCTTGGATGTCATGGCAATTTGGAATAAACTATATGTACAGTAAATGGAATGGTACATATAAAGGAAAAGgaga     >  1:2448342/1‑150 (MQ=17)       aaaCTCAGAAAGTTTAGCAGGCTTAAGATTAGAATTAATACAATTAATGGAACAAGGGGATCAAGTAGTAAAATCACCTTGGATGTCATGGCAATTTGGAATAAACTATATGTACAGTAAATGGAATGGTACATATAAAGGAAAAGgaga     <  1:2494811/150‑1 (MQ=17)        aaCTCAGAAAGTTTAGCAGGCTTAAGATTAGAATTAATACAATTAATGGAACAAGGGGATCAAGTAGTAAAATCACCTTGGATGTCATGGCAATTTGGAATAAACTATATGTACAGTAAATGGAATGGTACATATAAAGGAAAAGGAGAt    >  1:2418460/1‑150 (MQ=17)        aaCTCAGAAAGTTTAGCAGGCTTAAGATTAGAATTAATACAATTAATGGAACAAGGGGATCAAGTAGTAAAATCACCTTGGATGTCATGGCAATTTGGAATAAACTATATGTACAGTAAATGGAATGGTACATATAAAGGAAAAGGAGAt    <  1:272300/150‑1 (MQ=17)        aaCTCAGAAAGTTTAGCAGGCTTAAGATTAGAATTAATACAATTAATGGAACAAGGGGATCAAGTAGTAAAATCACCTTGGATGTCATGGCAATTTGGAATAAACTATATGTACAGTAAATGGAATGGTACATATAAAGGAAAAGGAGAt    <  1:272303/150‑1 (MQ=17)         aCTCAGAAAGTTTAGCAGGCTTAAGATTAGAATTAATACAATTAATGGAACAAGGGGATCAAGTAGTAAAATCACCTTGGATGTCATGGCAATTTGGAATAAACTATATGTACAGTAAATGGAATGGTACATATAAAGGAAAAGGAGATa   <  1:657679/150‑1 (MQ=17)          cTCAGAAAGTTTAGCAGGCTTAAGATTAGAATTAATACAATTAATGGAACAAGGGGATCAAGTAGTAAAATCACCTTGGATGTCATGGCAATTTGGAATAAACTATATGTACAGTAAATGGAATGGTACATATAAAGGAAAAGGAGATaa  >  1:1642374/1‑150 (MQ=17)          cTCAGAAAGTTTAGCAGGCTTAAGATTAGAATTAATACAATTAATGGAACAAGGGGATCAAGTAGTAAAATCACCTTGGATGTCATGGCAATTTGGAATAAACTATATGTACAGTAAATGGAATGGTACATATAAAGGAAAAGGAGATaa  >  1:2655866/1‑150 (MQ=17)          cTCAGAAAGTTTAGCAGGCTTAAGATTAGAATTAATACAATTAATGGAACAAGGGGATCAAGTAGTAAAATCACCTTGGATGTCATGGCAATTTGGAATAAACTATATGTACAGTAAATGGAATGGTACATATAAAGGAAAAGGAGATaa  >  1:1990833/1‑150 (MQ=17)          cTCAGAAAGTTTAGCAGGCTTAAGATTAGAATTAATACAATTAATGGAACAAGGGGATCAAGTAGTAAAATCACCTTGGATGTCATGGCAATTTGGAATAAACTATATGTACAGTAAATGGAATGGTACATATAAAGGAAAAGGAGATaa  >  1:1990842/1‑150 (MQ=17)              |                                                                                                                                                  AGCAGAAAACTCAAAAAGTTTAGCAGGCTTAAGATTAGAATTAATACAATTAATGGAACAAGGGGATCAAGTAGTAAAATCACCTTGGATGTCATGGCAATTTGGAATAAACTATATGTACAGTAAATGGAATGGTACATATAAAGGAAAAGGAGATAA  >  CP028101/875368‑875526

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑