| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP028101 | 1,951,387 | 0 | C | T | 34.7% | 298.1 / 40.2 | 201 | D68N (GAT→AAT) ‡ | C7Y58_09440 | 30S ribosomal protein S13 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/87); new base T (68/0); total (114/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.66e-24 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
TCTTATAGGTTTTTTAGGACCTTTTACAGTTCTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCAAAATTTATTCCAGCTTCCTTCAATATTTTTTGAGAAGTTGGTTTTCCAATTCCATAAATATATGTTAGAG > CP028101/1951238‑1951536 | tCTTATAGGTTTTTTAGGACCTTTTACAGTTCTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGAtc < 1:3129408/150‑1 (MQ=255) tataGGTTTTTTAGGACCTTTTACAGTTCTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTcc > 1:868934/1‑150 (MQ=255) taGGTTTTTTAGGACCTTTTACAGTTCTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGGTTTCCtt > 1:481080/1‑150 (MQ=255) ggTTTTTTAGGACCTTTTACAGTTTTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGCCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGGTCTCCTTCa > 1:2673387/1‑150 (MQ=255) ggTTTTTTAGGACCTTTTACAGTTCTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCa > 1:1333368/1‑150 (MQ=255) ggTTTTTTAGGACCTTTTACAGTTCTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGACCTCCTTCa > 1:2131812/1‑150 (MQ=255) gTTTTTTAGGACCTTTTACAGTTCTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCaa > 1:2032/1‑150 (MQ=255) gTTTCTTAGGACCTTTTACAGTTCTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGGTTTCCTTCaa > 1:220753/1‑150 (MQ=255) tAGGACCTTTTACAGTTCTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGa < 1:351767/150‑1 (MQ=255) aGGACCTTTTACAGTTCTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGat < 1:1535508/150‑1 (MQ=255) ggaagggttaaaGTTCTTGCATTTGTTTTTGAGCTGTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGata < 1:2604423/139‑1 (MQ=255) ggACCTTTTACAGTTCTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGata > 1:784457/1‑150 (MQ=255) ttttACAGTTCTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGGTTTCCTTCAACTTTGATATCttt > 1:3266282/1‑150 (MQ=255) 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tGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGAtttt > 1:927033/1‑150 (MQ=255) tGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGAtttt < 1:818981/150‑1 (MQ=255) tttttGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATTTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATtttat > 1:748901/1‑150 (MQ=255) tttttGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATtttat < 1:2186864/150‑1 (MQ=255) ttttGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATtttatt < 1:2205966/150‑1 (MQ=255) 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ttcttTTCTAAGGTTTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCAAAATTTATTCCAGCTTCCTTCAATATTTTTTGAGAAGTTGGTTTTCCAATTCCATa > 1:525871/1‑150 (MQ=255) ttcttTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCAAAATTTATTCCAGCTTCCTTCAATATTTTTTGAGAAGTTGGTTTTCCAATTCCATa < 1:1037095/150‑1 (MQ=255) tcttTTCTAAGGTTTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCAAAATTTATTCCAGCTTCCTTCAATATTTTTTGAGAAGTTGGTTTTCCAATTCCATaa > 1:686288/1‑150 (MQ=255) cttTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCAAAATTTATTCCAGCTTCCTTCAATATTTTTTGAGAAGTTGGTTTTCCAATTCCATaaa < 1:58263/150‑1 (MQ=255) tttCTAAGGTTTCCTTCAACTTTGCTACCTTTTATGATTTCTCTGATTTTCTTTATTTCTTCCTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCACAATTTATTCCAGCTTCCTTCAATATTTTTTGAGAAGTTGGTTTTCCAATTCCATAAata > 1:1988543/1‑150 (MQ=255) tttCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCAAAATTTATTCCAGCTTCCTTCAATATTTTTTGAGAAGTTGGTTTTCCAATTCCATAAata < 1:1837745/150‑1 (MQ=255) ttCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCAAAATTTATTCCAGCTTCCTTCAATATTTTTTGAGAAGTTGGTTTTCCAATTCCATAAatat < 1:2404797/150‑1 (MQ=255) tCTAAGGTTTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCAAAATTTATTCCAGCTTCCTTCAATATTTTTTGAGAAGTTGGTTTTCCAATTCCATAAatata > 1:1947867/1‑150 (MQ=255) tCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCAAAATTTATTCCAGCTTCCTTCAATATTTTTTGAGAAGTTGGTTTTCCAATTCCATAAatata < 1:420433/150‑1 (MQ=255) gATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTCTGATTTCTCTGATTTTCTTTCTTTTTTCTTCTGTTCAATCTTTAACTCTCGTGTCAAAACTTATTCCACCTTCCTTCCCTATTTTTTTAACAGTTGGTTTTCCAATTCCACAAacatacgatc > 1:3518598/1‑145 (MQ=255) ctcCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCAAAATTTATTCCAGCTTCCTTCAATATTTTTTGAGAAGTTGGTTTTCCAATTCCATAAATATATGTTagag < 1:797845/150‑1 (MQ=255) ctcCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCAAAATTTATTCCAGCTTCCTTCAATATTTTTTGAGAAGTTGGTTTTCCAATTCCATAAATATATGTTagag < 1:3448366/150‑1 (MQ=255) | TCTTATAGGTTTTTTAGGACCTTTTACAGTTCTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCAAAATTTATTCCAGCTTCCTTCAATATTTTTTGAGAAGTTGGTTTTCCAATTCCATAAATATATGTTAGAG > CP028101/1951238‑1951536 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |