| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP028101 | 1,860,126 | 0 | G | C | 34.9% | 346.1 / 96.8 | 185 | V296L (GTC→CTC) | C7Y58_08965 | heavy metal translocating P‑type ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (85/29); new base C (0/61); total (85/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.07e-25 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
AGAAGAAATTCAAAAAGATGATATCATAGTTGTACAAACTGGAGAAAAAATAAGTGTTGATGGAAAAATAATAAGAGGAGAAGCATTAATAGATCAATCTTCAATTACAGGTGAATATATGCCTATTAAAAAATCAGAGGGAGAGGAAGTCTATGCAGGAACTATTATTAAGAATGGTAATATCAGTATAATTGCAGAAAAGGTTGGAGATGACAGAACTGTTTCAAGAATTATAAAGCTTGTTGAAGATGCAAACTCTAATAAAGCTGACATACAAAACTATGCTGACACTTTCTC > CP028101/1859978‑1860274 | agaagaGATTCAAAAAGATGATATCATAGTTGTACAAACTGGAGAAAAAATAAGTGTTGATGGAAAAATAATAAGAGGAGAAGCATTAATAGATCAATCTTCAATTACAGGTGAATATATGCCTATTAAAAAATCAGAGGGAGAGGAAGt < 1:1953173/150‑1 (MQ=255) aagaaATTCAAAAAGATGATATCATAGTTGTACAAACTGGAGCAAAAATAAGTGTTGATGGAAAAATAATAAGAGGAGAAGCATTAATAGATCAATCTTCAATTACAGGTGAATATATGCCTATTAAAAAATCAGAGGGAGAGGAAGTCt > 1:3019124/1‑150 (MQ=255) agaaATTCAAAAAGATGATATCATAGTTGTACAAACTGGAGAAAAAATAAGTGTTGATGGAAAAATAATAAGAGGAGAAGCATTAATAGATCAATCTTCAATTACAGGTGAATATATGCCTATTAAAAAATCAGAGGGAGAGGAAGTCTa > 1:2645926/1‑150 (MQ=255) 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aaTCAGAGGGAGAGGAAGTCTATGCAGGAACTATTATTAAGAATGGTAATATCAGTATAATTGCAGAAAAGGTTGGAGATGACAGAACTGTTTCAAGAATTATAAAGCTTGTTGAAGATGCAAACTCTAATAAAGCTGACATACAAAACt > 1:1519380/1‑150 (MQ=255) cAGAGGGAGAGGAAGTCTATGCAGGAACTATTATTAAGAATGGTAATATCAGTATAATTGCAGAAAAGGTTGGAGATGACAGAACTGTTTCAAGAATTATAAAGCTTGTTGAAGATGCAAACTCTAATAAAGCTGACATACAAAACTATg > 1:1702411/1‑150 (MQ=255) cAGAGGGAGAGGAACTCTATGCAGGAACTATTATTAAGAATGGTAATATCAGTATAATTGCAGAAAAGGTTGGAGATGACAGAACTGTTTCAAGAATTATAAAGCTTGTTGAAGATGCAAACTCTAATAAAGCTGACATACAAAACTATg < 1:590218/150‑1 (MQ=255) agagGGAGAGGAAGTCTATGCAGGAACTATTATTAAGAATGGTAATATCAGTATAATTGCAGAAAAGGTTGGAGATGACAGAACTGTTTCAAGAATTATAAAGCTTGTTGAAGATGCAAACTCTAATAAAGCTGACATACAAAACTATGc > 1:2069216/1‑150 (MQ=255) agagGAAGTCTATGCAGGAACTATTATTAAGAATGGTAATATCAGTATAATTGCAGAAAAGGTTGGAGATGACAGAACTGTTTCAAGAATTATAAAGCTTGTTGAAGATGCAAACTCTAATAAAGCTGACATACAAAACTATGCTGacac > 1:3455095/1‑150 (MQ=255) 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gaGTCTATGCAGGAACTATTATTAAGAATGGTAATATCAGTATAATTGCAGAAAAGGTTGGAGATGACAGAACTGTTTCAAGAATTATAAAGCTTGTTGAAGATGCAAACTCTAATAAAGCTGACATACAAAACTATGCTGACACTTtcn < 1:1852780/149‑2 (MQ=255) aGTCTATGCAGGAACTATTATTAAGAATGGTAATATCAGTATAATTGCAGAAAAGGTTGGAGATGACAGAACTGTTTCAAGAATTATAAAGCTTGTTGAAGATGCAAACTCTAATAAAGCTGACATACAAAACTATGCTGACACTTtctc < 1:71898/150‑1 (MQ=255) | AGAAGAAATTCAAAAAGATGATATCATAGTTGTACAAACTGGAGAAAAAATAAGTGTTGATGGAAAAATAATAAGAGGAGAAGCATTAATAGATCAATCTTCAATTACAGGTGAATATATGCCTATTAAAAAATCAGAGGGAGAGGAAGTCTATGCAGGAACTATTATTAAGAATGGTAATATCAGTATAATTGCAGAAAAGGTTGGAGATGACAGAACTGTTTCAAGAATTATAAAGCTTGTTGAAGATGCAAACTCTAATAAAGCTGACATACAAAACTATGCTGACACTTTCTC > CP028101/1859978‑1860274 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |