| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP028101 | 1,530,400 | 1 | . | C | 31.8% | 90.8 / 112.9 | 63 | pseudogene (3/325 nt) | C7Y58_07345 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/42); new base C (0/20); total (1/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.17e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TCTTCATTTGTACCAATAAAGATAATAAATGCTAAAATGATTAATAAACAACTTGTACTTTTTAATTTCATATTAAAACTCTCTCCTCTTTTTATTCTATAATAAAACAAACAAATTATAATCTGTATATATTCT‑‑‑ACCCCC‑‑CCCCCC‑‑AGAGAATAAAAATCAAATATATTCTTTATATAGTAAGTATAAATAATATATACTAAATTTAATAAATTTTAAAAATTTGCTTAAAATAAAAAAA‑GGATTAACTCTTGTTTCTTGCAAAAGTCAATCCTTATTAGTAAATTAAATATT > CP028101/1530254‑1530547 | tCTTCATTTGTACCAATAAAGAGGATGAAGGCTAAAAGGATTGATAAACAACTTGTACTTTTTGAGTTCATGTTAAAAATCTCTCCCCTTTTTATTCTAGAATAAAAAAAACAAATTGTGATTTGTAGAGATTCT‑‑‑ACCCCC‑‑CCCCCC‑‑aga < 1:1445256/150‑1 (MQ=255) cTTCATTTGTACCAATAAAGATAATAAATGCTAAAATGATTAATAAACAACTTGTACTTTTTAATTTCATATTAAAACTCTCTCCTCTTTTTATTCTATAATAAAACAAACAAATTATAATCTGTATAGATTCT‑‑‑ACCCCC‑‑CCCCCC‑‑agag < 1:496569/150‑1 (MQ=255) tttctttGTACCAATAAAGATAAGAAATGCTAAAATGATTAATAAACAACTTGTACTTTTTGATTTCATGTTAAAACTCTTTCCTCTTTTTAGTCTATAAGAAAACAAAAAAAGTGTAATCTGTATAGATTCT‑‑‑Accccc‑‑cccccccagag < 1:3510884/146‑6 (MQ=255) ttCATTTGTACCAATAAAGATAATAAATGCTAAAATGATTAATAAACAACTTGTACTTTTTAAGTTCATATTAAAACTCTCTCCTCTTTTTATTCTATGATAAAACAAAAAAATTATAATCTGTATATATTCT‑‑‑Accccc‑‑cccccccagag < 1:23107/150‑6 (MQ=255) ttagttGTACCAATAAAGATAATAAATGCGAAAAGGAGTAATAAACAACTTGTACTTTTTGATTTCATATTAAAACTCTCTCCTCTTTTTAGTCCATAATAAAACAAACAAATGATAATCTGTATAGATTCT‑‑‑ACCCCC‑‑CCCCCC‑‑AGAGaa < 1:548725/146‑1 (MQ=255) tCATTTGTACCAATAAAGATAATAAATGCTAAAATGATTAATAAACAACTTGTACTTTTTAAGTTCATAGTAAAACTCTCTCCTCTTTTTATTCTATAAGAAAACAAACAAAGTATAATCTGTATATATTCT‑‑‑ACCCCC‑‑CCCCCC‑‑AGAGaa < 1:548724/150‑1 (MQ=255) aTTTGTGCCAATAAAGATAATAAAGGCTAAAAGGATTAAGAAAAAACTTGTACTTTTTAATTTCATGTTAAAACTCCCTCCTCTTTTTGTTCTATAAGAAAACAAACAAATTAGAATCTGTATATATTCT‑‑‑ACCCCC‑‑CCCCCCC‑AGAGAAt < 1:632334/150‑1 (MQ=255) gTACCAATGAAGATAATAAATGCTAAAATGATTAATAAACAACTTGTGCTTTTTAAGTTCATAGTAAAACTTTCTCCTCTTTTTATTCTATAATAAAACAAACAAATTATAATCTGTGTATATTCT‑‑‑GCCCCC‑‑CCCCCC‑‑AGAGAATaaaaa < 1:2350264/150‑1 (MQ=255) 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cccc‑‑AGAGAATAAAAATCAAATATATTCGTTATATAGTAAGTATAAATAATATATACTAAATTTAATAAATTTTAAAAATTTGCTTAAAATAAAAAAA‑GGATTAACTCTTGTTTCTTGCAAAAGTCAATCCTTAGTAGTAAattaaatat < 1:994695/150‑1 (MQ=255) ccc‑‑AGAGAATAAAAATCAAATATATTCTTTATATAGTAAGTATAAATAATATATACTAAATTTAATAAATTTTAAAAATTTGCTTAAAATAAAAAAA‑GGATTAACTCTTGTTTCTTGCAAAAGTCAATCCTTATTAGCAAattaaatatt > 1:1768864/1‑150 (MQ=255) | TCTTCATTTGTACCAATAAAGATAATAAATGCTAAAATGATTAATAAACAACTTGTACTTTTTAATTTCATATTAAAACTCTCTCCTCTTTTTATTCTATAATAAAACAAACAAATTATAATCTGTATATATTCT‑‑‑ACCCCC‑‑CCCCCC‑‑AGAGAATAAAAATCAAATATATTCTTTATATAGTAAGTATAAATAATATATACTAAATTTAATAAATTTTAAAAATTTGCTTAAAATAAAAAAA‑GGATTAACTCTTGTTTCTTGCAAAAGTCAATCCTTATTAGTAAATTAAATATT > CP028101/1530254‑1530547 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |