| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP028101 | 81,639 | 0 | C | T | 29.8% | 374.8 / 27.3 | 235 | L225F (CTT→TTT) | C7Y58_00320 | potassium/proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (62/98); new base T (68/0); total (137/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.97e-22 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
GTGGTTTAAATTTACCAATACTTTTATTTAAACAAGTTTGTTTTGGTTTATTGGTAGGTTATATTTTTGCAAAGTTATCCTGCTTAATCATAAGAAAAACAAAAAATTTGGACAGTGGGATGTCTATGGCACTGATAATGGCTTCTATGCTTCTATCATATTCTATAAGTGAATTTATTGGAGGTAATGGTTATATAACTGTCTATCTTTTAGGAGTATTAGTAGGAAATATTAAATTTAACAAGAAAAGTGAAATCGTTAGTTTTTTTAACGGAATAACAAGTATTATGCAAATTTTG > CP028101/81490‑81788 | tggtTTAAATTTACCAATACTTTTATTTAAACAAGTTTGTTTTGGTTTATTGGTAGGTTATATTTTTGCAAAGTTATCCTGCTTAATCATAAGAAAAACAAAAAATTTGGACAGTGGGATGTCTATGGCACTGATAATGgcttctatgct < 1:2144876/150‑1 (MQ=255) tggtTTAAATTTACCAATACTTTTATTTAAACAAGTTTGTTTTGGTTTATTGGTAGGTTATATTTTTGCAAAGTTATCCTGCTTAATCATAAGAAAAACAAAAAATTTGGACAGTGGGATGTCTATGGCACTGATAATGgcttctatgct < 1:1141678/150‑1 (MQ=255) tttAAATTTACCAATACTTTTATTTAAACAAGTTTGTTTTGGTTTATTGGTAGGTTATATTTTTGCAAAGTTATCCTGCTTAATCATAAGAAAAACAAAAAATTTGGACAGTGGGATGTCTATGGCACTGATAATGgcttctatgtttct > 1:2059609/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |