| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.27e-26 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
CTTTGGAGCTTTATTTGAAATACATTATTGAAATGAAAGAAAAAAATATAAATCTTGCTATTAAAAATATGGATAATTTAGCTAGTATGCAAGGTTTTAAAAATTCAGATGAAGTTGAGGAATACTATAAGAATTTACAGAAAAATTAAAGAATACACTACAATATTTTCTCTACTTATGATATTATATAGATAGCAAAATATGTATATTACAGTTAATAAATTTAAAATATTTGAGGAATGTTATGCAAAAAGAAAAAATTATACAAGAACTACAAGAATTAAAAAATGATAA > CP028101/1515101‑1515394 | cTTTGGAGCTTTATTTGAAATACATTATTGAAATGAAAGAAAAAAATATAAATCTTGCTATTAAAAATATGGATAATTTAGCTAGTATGCAAGGTTTTAAAAATTCAGATGAAGTTGAGGAATACTATAAGAATTTACAGAAAAATTaaa < 1:2986218/150‑1 (MQ=255)cTTTGGAGCTTTATTTGAAATACATTATTGAAATGAAAGAAAAAAATATAAATCTTGCTATTAAAAATATGGATAATTTAGCTAGTATGCAAGGTTTTAAAAATTCAGATGAAGTTGAGGAATACTATAAGAATTTACAGAAAAATTaaa > 1:614816/1‑150 (MQ=255) tttGGATCTTTATTGGAAAGACATTGGTGAAATGAAAGAAAAAAATATAAATTTTGCTATTAAAAATATGGATAATTTAGCTAGTATGCAAGGTTTTAAAAATTCAGATGAAGTTGAGGAATACTATAAGAATTTACAGAAAAATTAAAg < 1:3447040/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |