| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/126); new base G (90/2); total (107/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.68e-44 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
TCTTTTAGATTCAGAGTCAGGATATACTTCATGAGCAATAGGAACTAAATCAACTCCATTATGTGTTCTTTGAGCTTTTACACTTCCTTTTTCCCAATAATTTGATTTAACACCATTCATTCTATTTTGTTCATCAACTACTCTTAAAAATCCTTCATAAGCTGTTTTTTCTATTGGTTGTATAATTTCTTTAGTTTCTTGAATTATTCTATAATTATTTTTAGGTCCTATTCCATCTCCAATTTTTTTAATTTCTTTATCTATTTTTGGAAGTATTTCTGGAATATTAAGACGA > CP028101/1153150‑1153444 | tctTTTAGATTCAGAGTCAGGATATACTTCATGAGCAATAGGAACTAAATCAACTCCATTATGTGTTCTTTGAGCTTTTACACTTCCTTTTTCCCAATAATTTGATTTAACACCATTCATTCTATTTTGTTCATCAACTACTCTTaaaaa < 1:2316536/150‑1 (MQ=255)tctTTTAGATTCAGAGTCAGGATATACTTCATGAGCAATAGGAACTAAATCAACTCCATTATGTGTTCTTTGAGCTTTTACACTTCCTTTTTCCCAATAATTTGATTTAACACCATTCATTCTATTTTGTTCATCAACTACTCTTaaaaa < 1:209290/150‑1 (MQ=255) ctTTTAGATTCAGAGTCAGGATATACTTCATGAGCAATAGGAACTAAATCAACTCCATTATGTGTTCTTTGAGCTTTTACACTTCCTTTTTCCCAATAATTTGATTTAACACCATTCATTCTATTTTGTTCATCAACTACTCTTAAAAAt < 1:3474481/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |