| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP028101 | 345,350 | 0 | C | G | 34.3% | 429.6 / 140.7 | 310 | intergenic (‑4/+31) | C7Y58_01810/C7Y58_01815 | ethanolamine utilization microcompartment protein EutM/ethanolamine utilization protein EutM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/139); new base G (83/0); total (171/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 0.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
ACCATAACAGTTACTAATCCTCCACCTACAAGTTCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATCTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGTTTTTTTATTTTTACTAACTTTTAAGATTTCATTGATTTCTTCAATTTCTTCTTCTATATTTTTTAATTCAGTACTTTCTAAAGATTCTTCTTGTATCTCTT > CP028101/345204‑345499 | aCCATAACAGTTACTAATCCTCCACCTACAAGTTCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATGTTc > 1:1385285/1‑150 (MQ=255) ccATAACAGTTACTAATCCTCCACCTACAAGTTCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCGTTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATGTTCa > 1:2463989/1‑150 (MQ=255) cATAACAGTTACTAATCCTCCACCTACAAGTTCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATGTTCAt > 1:1767998/1‑150 (MQ=255) tAATCCTCCACCTACAAGTTCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACGTAGTGTTCATCTCTCCTTttta > 1:308229/1‑150 (MQ=255) tAATCCTCCACCTACAAGTTCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACGTAGTGTTCATCTCTCCTTttta > 1:328842/1‑150 (MQ=255) aaGTTCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATCTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAAttttttt < 1:805170/150‑1 (MQ=255) tttCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGATATGGTGTTTATATCTCCTTTTTAATTTAAAATttttttattttt > 1:1761674/1‑150 (MQ=255) tttCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACGTAGTTTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATttttttattttt > 1:2995783/1‑150 (MQ=255) cccTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAGTTTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTtttttattttttat > 1:2482427/1‑150 (MQ=255) cTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATCTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTtttattttttattt < 1:2852172/150‑1 (MQ=255) cAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCCACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAGTTTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTattttttatttttt > 1:1524658/1‑150 (MQ=255) gtgtTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGATGTAGGTTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGtt > 1:2886416/1‑150 (MQ=255) gtgtTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGATATAGTGTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGtt > 1:344415/1‑150 (MQ=255) gtTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATTATTCCTAATGCATTTAATGTTGATATAGTTTTTATCTCTCCTTTTTAATTTAACATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGtttt > 1:3349832/1‑150 (MQ=255) gtTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGATGTAGGCTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGtttt > 1:1735284/1‑150 (MQ=255) gtTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAGTTTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGtttt > 1:3341745/1‑150 (MQ=255) tACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATCTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGtttttt < 1:357978/150‑1 (MQ=255) aCATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATCTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGttttttt < 1:431309/150‑1 (MQ=255) aTTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGATGTAGTGTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGTTtttttat > 1:1406005/1‑150 (MQ=255) aTTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATCTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGTTtttttat < 1:2979593/150‑1 (MQ=255) tttGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATCTTCATCTCTCCTTTTTAATTTCAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGTTtttttatt > 1:3395770/1‑150 (MQ=255) tgctgcCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATCTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGTTtttttatttt < 1:2187643/150‑1 (MQ=255) gctgcCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATCTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGTTtttttattttt < 1:2094045/150‑1 (MQ=255) 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ccATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATCTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGTTTTTTTATTTTTACTAACtttt < 1:690002/150‑1 (MQ=255) cATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATCTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGTTTTTTTATTTTTACTAACTTTTa < 1:2065585/150‑1 (MQ=255) aTAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTGATGCATTTAATGTTGGCATAATCTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGTTTTTTTATTTTTACTAACTTTTaa < 1:2256636/150‑1 (MQ=255) gCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTGTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAGTTTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGTTTTTTTATTTTTACTAACTTTTAAGAt > 1:1323854/1‑150 (MQ=255) tCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATCTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGTTTTTTTATTTTTACTAACTTTTAAGATTTc < 1:868309/150‑1 (MQ=255) 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cATAATTTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGTTTTTTTATTTTTACTAACTTTTAAGATTTCATTGATTTCTTCAATTTCTTCTTCTATATTTTTTAATTCAGTACTTTCTAAAGATTCTTCTTGTa > 1:2750576/1‑150 (MQ=255) cATAATCTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTTTTTTTTTATTTTTACTAACTTTTAAGATTTCATTGATTTCTTCAATTTCTTCTTCTATATTTTTTAATTCAGTACTTTCTAAAGATTCTTCTTGTa < 1:2962189/150‑1 (MQ=255) | ACCATAACAGTTACTAATCCTCCACCTACAAGTTCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATCTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGTTTTTTTATTTTTACTAACTTTTAAGATTTCATTGATTTCTTCAATTTCTTCTTCTATATTTTTTAATTCAGTACTTTCTAAAGATTCTTCTTGTATCTCTT > CP028101/345204‑345499 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |