Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA CP028101 761,062 A→G K479K (AAA→AAG)  C7Y58_03755 → hemolysin activator protein precursor

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP028101761,0620AG98.0% 132.5 / NA 50K479K (AAA→AAG) C7Y58_03755hemolysin activator protein precursor
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/1);  new base G (22/27);  total (22/28)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

CAATAGAAATAGAAAATGAATTATCATATAGAGTGTTAGACTCAGAAAAATTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATATTTAGATTTAGATGTAGCTT  >  CP028101/761013‑761207
                                                 |                                                                                                                                                 
caanggaaatagaaaATGAATTATCATATAGAGTGTTAGACTCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTatat                                               >  1:3364608/6‑150 (MQ=0)
caanggaaatagaaaATGAATTATCATATAGAGTGTTAGACTCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTatat                                               >  1:3364609/6‑150 (MQ=255)
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                              gagTGTTAGACTCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATatttag                 <  2:3082940/150‑1 (MQ=14)
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                               agTGTTAGACTCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATatttaga                <  1:2160952/150‑1 (MQ=17)
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                                  gtTAGACTCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCGTATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATatttagattt             >  1:1887807/1‑150 (MQ=19)
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                                   ttAGACTCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATatttagattta            <  2:881539/150‑1 (MQ=25)
                                   ttAGACTCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATatttagattta            <  1:2873720/150‑1 (MQ=25)
                                   ttAGACTCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATatttagattta            <  1:2873725/150‑1 (MQ=25)
                                   ttAGACTCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATatttagattta            <  1:2873726/150‑1 (MQ=25)
                                   ttAGACTCAGAAAAGTTTGGAAAAACAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCATGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATatttagattta            <  1:2873719/150‑1 (MQ=255)
                                    tAGACTCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATatttagatttag           <  1:2576968/150‑1 (MQ=25)
                                    tAGACTCAGAAAAATTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATatttagatttag           <  1:3354577/150‑1 (MQ=35)
                                     aGACTCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATAtttagatttaga          <  2:1159609/150‑1 (MQ=37)
                                     aGACTCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATAtttagatttaga          <  2:1583849/150‑1 (MQ=37)
                                     aGACTCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATAtttagatttaga          <  1:1470424/150‑1 (MQ=37)
                                      gACTCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATATctagatttagat         >  2:3419903/1‑150 (MQ=255)
                                       aCTCAGAAGAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATATTTAGATTTAGATg        <  1:660001/150‑1 (MQ=255)
                                       aCTCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATATTTAGGTTTAGATg        >  1:3254427/1‑150 (MQ=255)
                                       aCTCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATATTTAGATTTAGATg        >  1:3254428/1‑150 (MQ=255)
                                       aCTCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATATTTAGATTTAGATg        <  2:794642/150‑1 (MQ=255)
                                       aCTCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATATTTAGATTTAGATg        <  2:31417/150‑1 (MQ=255)
                                        cTCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATATTTAGATTTAGATGt       >  2:1643951/1‑150 (MQ=255)
                                        cTCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATATTTAGATTTAGATGt       >  2:1643950/1‑150 (MQ=255)
                                        cTCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATATTTAGATTTAGATGt       >  1:942711/1‑150 (MQ=255)
                                        cTCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATATTTAGATTTAGATGt       >  2:368829/1‑150 (MQ=255)
                                         tCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATATTTAGATTTAGATGTa      >  1:2307735/1‑150 (MQ=255)
                                         tCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATATTTAGATTTAGATGTa      <  1:859746/150‑1 (MQ=255)
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                                            gAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATATTTAGATTTAGATGTAGCt   >  2:2911394/1‑150 (MQ=255)
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                                            gAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATATTTAGATTTAGATGTAGCt   >  1:1158219/1‑150 (MQ=255)
                                             aaaagTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAAGTTTAAGATATAATATGAAATATTTAGATTTAGATGTAGCtt  >  1:2066761/1‑150 (MQ=255)
                                                 |                                                                                                                                                 
CAATAGAAATAGAAAATGAATTATCATATAGAGTGTTAGACTCAGAAAAATTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATATTTAGATTTAGATGTAGCTT  >  CP028101/761013‑761207

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑