| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP028101 | 761,062 | A→G | K479K (AAA→AAG) | C7Y58_03755 → | hemolysin activator protein precursor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP028101 | 761,062 | 0 | A | G | 98.0% | 132.5 / NA | 50 | K479K (AAA→AAG) | C7Y58_03755 | hemolysin activator protein precursor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (22/27); total (22/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAATAGAAATAGAAAATGAATTATCATATAGAGTGTTAGACTCAGAAAAATTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATATTTAGATTTAGATGTAGCTT > CP028101/761013‑761207 | caanggaaatagaaaATGAATTATCATATAGAGTGTTAGACTCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTatat > 1:3364608/6‑150 (MQ=0)caanggaaatagaaaATGAATTATCATATAGAGTGTTAGACTCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTatat > 1:3364609/6‑150 (MQ=255) agagTGTTAGACTCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATattta < 2:3314015/150‑1 (MQ=11) agagTGTTAGACTCAGAAAAGTTTGGAAAAATAACTCCTTATTTAAGTTATTCATATGGAAAAGTAAGAAATAACAAAAATAATTCAAAATATAGAAAAGGATATATGTCAGGTGCTATATTAGGTTTAAGATATAATATGAAATattta < 2:3294064/150‑1 (MQ=11) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |