| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP028101 | 1,951,387 | 0 | C | T | 29.2% | 755.4 / 83.0 | 422 | D68N (GAT→AAT) ‡ | C7Y58_09440 | 30S ribosomal protein S13 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (65/221); new base T (118/0); total (201/221) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 0.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 427 total aligned reads displayed.
TCTTATAGGTTTTTTAGGACCTTTTACAGTTCTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCAAAATTTATTCCAGCTTCCTTCAATATTTTTTGAGAAGTTGGTTTTCCAATTCCATAAATATATGTTAGAG > CP028101/1951238‑1951536 | tCTTATAGGTTTTTTAGGACCTTTTACAGTTCTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGAtc < 1:572265/150‑1 (MQ=255)tCTTATAGGTTTTTTAGGACCTTTTACAGTTCTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGAtc < 1:3191811/150‑1 (MQ=255) taGGTTTTTTAGGACCTTTTACAGTTCTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCtt > 2:1521199/1‑150 (MQ=255) ggTTTTTTAGGACCTTTTAAAGTTCTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGAGTTCCTTCa > 1:3066887/1‑150 (MQ=255) tttttAGGACCTTTTACAGTTCTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGGTTTCCTTCCACt > 2:3283341/1‑150 (MQ=255) tttttAGGACCTTTTACAGTTCTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATTTCCTTCAACt > 1:2578034/1‑150 (MQ=255) ggACCTTTTACAGTTCTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCGTCAACTTTGata < 1:900379/150‑1 (MQ=255) ggACCTTTTACAGTTCTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTATGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGata < 1:1832070/150‑1 (MQ=255) ttACAGTTCTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTa < 2:3236664/150‑1 (MQ=255) cAGTTCTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGa < 1:3410426/150‑1 (MQ=255) cTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCACCTCTGATATCTTTTATAATTtct > 2:2271566/1‑150 (MQ=255) gCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTg < 2:1342083/150‑1 (MQ=255) cATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGGTCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGa > 2:3081896/1‑150 (MQ=255) aTTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGGTTTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGAt > 2:1190702/1‑150 (MQ=255) aTTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGGTCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGAt > 2:2874505/1‑150 (MQ=255) tttGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGAtt < 2:2440665/150‑1 (MQ=255) gTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGGTCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATttta > 2:3442694/1‑150 (MQ=255) gTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATttta < 2:1105373/150‑1 (MQ=255) ttttGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGGTTTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATtttatt > 1:2747518/1‑150 (MQ=255) ttttGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGGTTTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATtttatt > 1:754501/1‑150 (MQ=255) tttGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATtttattt < 1:2140128/150‑1 (MQ=255) tttGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATtttattt < 1:1607778/150‑1 (MQ=255) gAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTtatttatt < 2:703734/150‑1 (MQ=255) 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ctTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGtt < 1:599117/150‑1 (MQ=255) ttACAGGCAGATTCATTTTATTTCTTAATCCTCTGTAGCGTTTAATATCCATACGTCTTTTTACATATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCACCTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTa < 2:2417546/150‑1 (MQ=255) ttACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTa < 1:2229350/150‑1 (MQ=255) ttACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTa < 2:3349324/150‑1 (MQ=255) ttACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTa < 1:1529258/150‑1 (MQ=255) 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cTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCaaaa < 1:1312386/150‑1 (MQ=255) ttAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCAAAAt < 1:3139701/150‑1 (MQ=255) tAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCAAAAtt < 1:1740989/150‑1 (MQ=255) tAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCAAAAtt < 2:529404/150‑1 (MQ=255) aTCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGGTTTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCAAAATTTa > 1:3383956/1‑150 (MQ=255) 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ttACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCAAAATTTATTCCAGCTTCCTTCAATATTTTTTGAGAAGTTGGTTTTCCAATTc < 2:1731776/150‑1 (MQ=255) ttACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCAAAATTTATTCCAGCTTCCTTCAATATTTTTTGAGAAGTTGGTTTTCCAATTc < 2:2316292/150‑1 (MQ=255) aCTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCAAAATTTATTCCAGCTTCCTTCAATATTTTTTGAGAAGTTGGTTTTCCAATTCCa < 1:1384549/150‑1 (MQ=255) ttcttTTCTAAGGTTTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCAAAATTTATTCCAGCTTCCTTCAATATTTTTTGAGAAGTTGGTTTTCCAATTCCATa > 1:1490041/1‑150 (MQ=255) tcttTTCTAAGGTTTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCAAAATTTATTCCAGCTTCCTTCAATATTTTTTGAGAAGTTGGTTTTCCAATTCCATaa > 1:1579804/1‑150 (MQ=255) 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aTCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCAAAATTTATTCCAGCTTCCTTCAATATTTTTTGAGAAGTTGGTTTTCCAATTCCATAAATATATGTTag < 1:2443055/150‑1 (MQ=255) ctcCTTCAGCTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCAAAATTTATTCCAGCTTCCTTCAATATTTTTTGAGAAGTTGGTTTTCCAATTCCATAAATATATGTTagng < 2:3545744/150‑1 (MQ=255) | TCTTATAGGTTTTTTAGGACCTTTTACAGTTCTTGCATTTGTTTTTGAGCTTTGTCCTCTTACAGGAAGATTCATTTTATGTCTTAATCCTCTGTAACATTTAATATCCATAAGTCTTTTTACAGATAATCTTACTTCTTTTCTAAGATCTCCTTCAACTTTGATATCTTTTATGATTTCTCTGATTTTATTTATTTCTTCTTCTGTTAAATCTTTAACTCTAGTGTCAAAATTTATTCCAGCTTCCTTCAATATTTTTTGAGAAGTTGGTTTTCCAATTCCATAAATATATGTTAGAG > CP028101/1951238‑1951536 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |