| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 0.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 355 total aligned reads displayed.
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aaaaaTCAGAGGGAGAAGAATTCTATGCAGGAACTATTATTAAGAATGGTAATATCAGTATAATTGCAGAAAAGGTTGGAGATGACAGAACTGTTTCAAGAATTATAAAGCTTGTTGAAGATGCAAACTCTAATAAAGCTGACATACaaa < 1:3238364/150‑1 (MQ=255) aaaaTCAGAGGGAGAGGAAGTCTATGCAGGAACTATTATTAAGAATGGTAATATCAGTATAATTGCAGAAAAGGTTGGAGATGACAGAACTGTTTCAAGAATTATAAAGCTTGTTGAAGATGCAAACTCTAATAAAGCTGACATACaaaa > 2:18962/1‑150 (MQ=255) aaaTCAGAGGGAGAGGAAGTCTATGCAGGAACTATTATTAAGAATGGTAATATCAGTATAATTGCAGAAAAGGTTGGAGATGACAGAACTGTTTCAAGAATTATAAAGCTTGTTGAAGATGCAAACTCTAATAAAGCTGACATACAAAAc < 1:2840010/150‑1 (MQ=255) cAGAGGGAGAGGAAGTCTATGCAGGAACTATTATTAAGAATGGTAATATCAGTATAATTGCAGAAAAGGTTGGAGATGACAGAACTGTTTCAAGAATTATAAAGCTTGTTGCAGATGCAAACTCTAATAAAGCTGACATACAAAACTATg > 1:436474/1‑150 (MQ=255) gagGGAGAGGAAGTCTATGCAGGAACTATTATTAAGAATGGTAATATCAGTATAATTGCAGAAAAGGTTGGAGATGACAGAACTGTTTCAAGAATTATAAAGCTTGTTGAAGATGCAAACTCTAATAAAGCTGACATACAAAACTATGCt > 1:1002694/1‑150 (MQ=255) gagGGAGAGGAACTCTATGCAGGAACTATTATTAAGAATGGTAATATCAGTATAATTGCAGAAAAGGTTGGAGATGACAGAACTGTTTCAAGAATTATAAAGCTTGTTGAAGATGCAAACTCTAATAAAGCTGACATACAAAACTATGCt < 1:658306/150‑1 (MQ=255) agGGAGAGGAACCCTATGCAGGAACTATTATTAAGAATGGTAATATCAGTATAATTGCAGAAAAGGTTGGAGATGACAGAACTGTTTCAAGAATTATAAAGCTTGTTGAAGATGCAAACTCTAATAAAGCTGACATACAAAACTATGCTg < 1:3330536/150‑1 (MQ=255) agGGAGAGGAAATCTATGCAGGAACTATTATTAAGAATGGTAATATCAGTATAATTGCAGAAAAGGTTGGAGATGACAGAACTGTTTCAAGAATTATAAAGCTTGTTGAAGATGCAAACTCTAATAAAGCTGACATACAAAACTATGCTg < 1:1142917/150‑1 (MQ=255) gggAGAGGAAGTCTATGCAGGAACTATTATTAAGAATGGTAATATCAGTATAATTGCAGAAAAGGTTGGAGATGACAGAACTGTTTCAAGAATTATAAAGCTTGTTGAAGATGCAAACTCTAATAAAGCTGACATACAAAACTATGCTGa > 1:2422649/1‑150 (MQ=255) gagaAGAACTCTATGCAGGAACTATTATTAAGAATGGTAATATCAGTATAATTGCAGAAAAGGTTGGAGATGACAGAACTGTTTCAAGAATTATAAAGCTTGTTGAAGATGCAAACTCTAATAAAGCTGACATACAAAACTATGCTGaca < 2:3407041/150‑1 (MQ=255) ggAAGTCTATGCAGGAACTATTATTAAGAATGGTAATATCAGTATAATTGCAGAAAAGGTTGGAGATGACAGAACTGTTTCAAGAATTATAAAGCTTGTTGAAGATGCAAACTCTAATAAAGCTGACATACAAAACTATGCTGACACttt > 1:1636610/1‑150 (MQ=255) ggAAGTCTATGCAGGAACTATTATTAAGAATGGTAATATCAGTATAATTGCAGAAAAGGTTGGAGATGACAGAACTGTTTCAAGAATTATAAAGCTTGTTGAAGATGCAAACTCTAATAAAGCTGACATACAAAACTATGCTGACACttt > 1:2848152/1‑150 (MQ=255) | TAGAAGAAATTCAAAAAGATGATATCATAGTTGTACAAACTGGAGAAAAAATAAGTGTTGATGGAAAAATAATAAGAGGAGAAGCATTAATAGATCAATCTTCAATTACAGGTGAATATATGCCTATTAAAAAATCAGAGGGAGAGGAAGTCTATGCAGGAACTATTATTAAGAATGGTAATATCAGTATAATTGCAGAAAAGGTTGGAGATGACAGAACTGTTTCAAGAATTATAAAGCTTGTTGAAGATGCAAACTCTAATAAAGCTGACATACAAAACTATGCTGACACTTTC > CP028101/1859977‑1860272 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |