| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP028101 | 345,350 | 0 | C | G | 38.4% | 698.8 / 270.1 | 489 | intergenic (‑4/+31) | C7Y58_01810/C7Y58_01815 | ethanolamine utilization microcompartment protein EutM/ethanolamine utilization protein EutM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/205); new base G (157/0); total (284/205) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 0.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 494 total aligned reads displayed.
TTACCATAACAGTTACTAATCCTCCACCTACAAGTTCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATCTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGTTTTTTTATTTTTACTAACTTTTAAGATTTCATTGATTTCTTCAATTTCTTCTTCTATATTTTTTAATTCAGTACTTTCTAAAGATTCTTCTTGTATCTCTT > CP028101/345202‑345499 | tACCATAACAGTTACTAATCCTCCACCTACAAGTTCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATCtt > 1:885339/1‑150 (MQ=255) cATAACAGTTACTAATCCTCCACCTACAAGTTCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAGTCTTCAt > 2:1182350/1‑150 (MQ=255) cATAACAGTTACTAATCCTCCACCTACAAGTTCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATCTTCAt > 1:3378482/1‑150 (MQ=255) cATAACAGTTACTAATCCTCCACCTACAAGTTCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATCTTCAt > 1:494708/1‑150 (MQ=255) cATAACAGTTACTAATCCTCCACCTACAAGTTCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTCTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATCTTCAt > 1:2341567/1‑150 (MQ=255) aNAACAGTTACTAATCCTCCACCTACAAGTTCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAGTATTCAtc > 1:3514158/1‑150 (MQ=255) ttACTAATCCTCCACCTACAAGTTCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAGTGTTCATCTCTCCtt > 2:1017707/1‑150 (MQ=255) tACTAATCCTCCACCTACAAGTTCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCTTACTGCATCTAATGTTGACATAATGTTCATTTCTCCttt > 2:2589319/1‑150 (MQ=255) tACTAATCCTCCACCTACAAGTTCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAGTTTTCATCTCTCCttt > 1:2091225/1‑150 (MQ=255) tACTAATCCTCCACCTACAAGTTCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATATTCATCTCTCCttt > 1:3333989/1‑150 (MQ=255) cTAATCCTCCACCTACAAGTTCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATTATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAGTCTTCATCTCTCCttttt > 2:2988044/1‑150 (MQ=255) aaTCCTCCACCTACAAGTTCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATTTTCATCTCTCCTTtttaa > 1:1838068/1‑150 (MQ=255) tcctccACCTACAAGTTCTTTTCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATCTTCATCTCTCCTTtttaatt < 1:483144/150‑1 (MQ=255) ctccACCTACAAGTTCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACGTAATATTCATCTCTCCTTtttaattta > 1:2421138/1‑150 (MQ=255) ccACCTACAAGTTCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATCTTCATCTCTCCTTTTTAATTTaaa < 2:2843933/150‑1 (MQ=255) cAAGTTCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATTTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAAtttttt > 1:3467792/1‑150 (MQ=255) tCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAGTGGTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATttttttattt > 1:3115626/1‑150 (MQ=255) tCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATCTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATttttttattt > 1:1240064/1‑150 (MQ=255) tttCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATTTTCACCTCTCCTTTTTAATTTAAAATttttttattttt > 2:1595135/1‑150 (MQ=255) tttCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAACATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATCTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATttttttattttt < 1:502911/150‑1 (MQ=255) cccTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAGTTTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTtttttattttttat > 2:660237/1‑150 (MQ=255) ccTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGAGATAGTTTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTtttttattttttatc > 2:2067174/1‑149 (MQ=255) tACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAGTTTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTttattttttatttt > 2:1504288/1‑150 (MQ=255) 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gtTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGATATGGTTTTAGTCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTCTTTATTTTTTGtttt > 1:2493018/1‑150 (MQ=255) gtTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACGTAATGTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGtttt > 1:1152703/1‑150 (MQ=255) tACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATGTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGtttttt > 1:2877227/1‑150 (MQ=255) tACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATCTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGtttttt < 2:1476626/150‑1 (MQ=255) aCATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATCTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGttttttt < 1:2006030/150‑1 (MQ=255) 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cATAATCTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTTTTTTTTTATTTTTACTAACTTTTAAGATTTCATTGATTTCTTCAATTTCTTCTTCTATATTTTTTAATTCAGTACTTTCTAAAGATTCTTCTTGTa < 1:3237813/150‑1 (MQ=255) cTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGTTTTTTTATTTTTACTAACTTTTAAGATTTCATTGATTTCTTCAATTTCTTCTTCTATATTTTTTAATTCAGTACCTTCTAAAGATTCTTCTTGTATCTCtt > 2:879281/1‑150 (MQ=255) | TTACCATAACAGTTACTAATCCTCCACCTACAAGTTCTTTCCCTACAAGTGTTACATTTGCTGCCTTTACCATAGCATCTGCTGCTTCTACTGCTGCTACTAATCCTTTAGTTTCTATCATTCCTAATGCATTTAATGTTGACATAATCTTCATCTCTCCTTTTTAATTTAAAATTTTTTTATTTTTTATTTTTTGTTTTTTTATTTTTACTAACTTTTAAGATTTCATTGATTTCTTCAATTTCTTCTTCTATATTTTTTAATTCAGTACTTTCTAAAGATTCTTCTTGTATCTCTT > CP028101/345202‑345499 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |