| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Xen36_4 | 214,478 | 0 | C | T | 49.0% | 8.2 / 104.9 | 100 | G22G (GGG→GGA) | sauU | putative sulfoacetate transporter SauU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/51); new base T (42/7); total (42/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.04e-21 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.21e-08 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
TGTTGCTCAGGTAAGTCTTTGGCAATAATCGCCCATAATACAGCCATTAAAATCCCTACTGCACCAAAAATATAAAATACTGCTTGCCAGTTAAATGCATTAACAATAGCAATTGTAACTATTGGTGCTAATACCGGTCCGAAATATGACCCTGCTAATAATGCACTTGATGCTCTACCTTTTTCATTTTTAGAGAACCAAAATGAATTAAACACAGCATTAGAAGG‑ > Xen36_4/214329‑214555 | tGTTGCTCAGGTAAGTCTTTGGCAATAATCGCCCATAATACAGCCATTAAAATCCCTACTGCACCAAAAATATAAAATACTGCTTGCCAGTTAAATGCATTAACAATAGCAATTGTAACTATTGGTGCTAATACCGGTCCGAAATATGAc < 1:1466277/150‑1 (MQ=255)tGTTGCTCAGGTAAGTCTTTGGCAATAATCGCCCATAATACAGCCATTAAAATCCCTACTGCACCAAAAATATAAAATACTGCTTGCCAGTTAAATGCATTAACAATAGCAATTGTAACTATTGGTGCTAATACCGGTCCGAAATATGAc < 1:626518/150‑1 (MQ=255) tGCTCAGGTAAGTCTTTGGCAATAATCGCCCATAATACAGCCATTAAAATCCCTACTGCACCAAAAATATAAAATACTGCTTGCCAGTTAAATGCATTAACAATAGCAATTGTAACTATTGGTGCTAATACCGGCCCGAAATATGATCCt > 1:1715257/1‑150 (MQ=255) gCTCAGGTAAGTCTTTGGCAATAATCGCCCATAATACAGCCATTAAAATCCCTACTGCACCAAAAATATAAAATACTGCTTGCCAGTTAAATGCATTAACAATAGCAATTGTAACTATTGGTGCTAATACCGGTCCGAAATATGATCCTg > 1:2272503/1‑150 (MQ=255) cAGGTAAGTCTTTGGCAATAATCGCCCATAATACAGCCATTAAAATCCCTACTGCACCAAAAATATAAAATACTGCTTGCCAGTTAAATGCATTAACAATAGCAATTGTAACTATTGGTGCTAATACCGGTCCGAAATATGATCCTGCta > 1:2428045/1‑150 (MQ=255) aGGTAAGTCTTTGGCAATAATCGCCCATAATACAGCCATTAAAATCCCTACTGCACCAAAAATATAAAATACTGCTTGCCAGTTAAATGCATTAACAATAGCAATTGTAACTATTGGTGCTAATACCGGTCCGAAATATGATCCTGCtaa > 1:1534610/1‑150 (MQ=255) ggTAAGTCTTTGGCAATAATCGCCCATAATACAGCCATTAAAATCCCTACTGCACCAAAAATATAAAATACTGCTTGCCAGTTAAATGCATTAACAATAGCAATTGTAACTATTGGTGTTAATAACGGTACGAAATATGCTCCTGCtaat > 1:2536762/1‑150 (MQ=25) ggTAAGTCTTTGGCAATAATCGCCCATAATACAGCCATTAAAATCCCTACTGCACCAAAAATATAAAATACTGCTTGCCAGTTAAATGCATTAACAATAGCAATTGTAACTATTGGTGCTAATACCGGTCCGAAATATGATCCTGCtaat > 1:906380/1‑150 (MQ=255) ggTAAGTCTTTGGCAATAATCGCCCATAATACAGCCATTAAAATCCCTACTGCACCAAAAATATAAAATACTGCTTGCCAGTTAAATGCATTAACAATAGCAATTGTAACTATTGGTGCTAATACCGGTCCGAAATATGACCCTGCtaat < 1:3640334/150‑1 (MQ=255) 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cTTTGGCAATAATCGCCCATAATACAGCCATTAAAATCCCTACTGCACCAAAAATATAAAATACTGCTTGCCAGTTAAATGCATTAACAATAGCAATTGTAACTATTGGTGCTAATACCGGTCCGAAATATGACCCTACTAATAATGCAc < 1:821758/150‑1 (MQ=255) ttGGCAATAATCGCCCATAATACAGCCATTAAAATCCCTACTGCACCAAAAATATAAAATACTGCTTGCCAGTTAAATGCATTAACAATAGCAATTGTAACTATTGGTGCTAATACCGGTCCGAAATATGACCCTACTAATAATGCACtt < 1:1317318/150‑1 (MQ=255) ttGGCAATAATCGCCCATAATACAGCCATTAAAATCCCTACTGCACCAAAAATATAAAATACTGCTTGCCAGTTAAATGCATTAACAATAGCAATTGTAACTATTGGTGCTAATACCGGTACGAAATATGATCCTGCTAATAATGCACtt > 1:334897/1‑150 (MQ=255) ggCAATAATCGCCCATAATACAGCCATTAAAATCCCTACTGCACCAAAAATATAAAATACTGCTTGCCAGTTAAATGCATTAACAATAGCAATTGTAACTATTGGTGCTAATACCGGTCCGAAATATGATCCTGCTAATAATGCACTTGa > 1:3013185/1‑150 (MQ=255) ggCAATAATCGCCCATAATACAGCCATTAAAATCCCTACTGCACCAAAAATATAAAATACTGCTTGCCAGTTAAATGCATTAACAATAGCAATTGTAACTATTGGTGCTAATACCGGTCCGAAATATGATCCTGCTAATAATGCACTTGa > 1:319158/1‑150 (MQ=255) 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atCGCCCATAATACAGCCATTAAAATCCCTACTGCACCAAAAATATAAAATACTGCTTGCCAGTTAAATGCATTAACAATAGCAATTGTAACTATTGGTGCTAATACCGGTCCGAAATATGACCCTGCTAATAATGCACTTGATGCTCTa < 1:703084/150‑1 (MQ=255) tCGCCCATAATACAGCCATTAAAATCCCTACTGCACCAAAAATATAAAATACTGCTTGCCAGTTAAATGCATTAACAATAGCAATTGTAACTATTGGTGCTAATACCGGTCCGAAATATGATCCTGCTAATAATGCACTTGATGCTCTAc > 1:3529093/1‑150 (MQ=255) cGCCCATAATACAGCCATTAAAATCCCTACTGCACCAAAAATATAAAATACTGCTTGCCAGTTAAATGCATTAACAATAGCAATTGTAACTATTGGTGCTAATACCGGTCCGAAATATGACCCTACTAATAATGCACTTGATGCTCTAcc < 1:749546/150‑1 (MQ=255) cGCCCATAATACAGCCATTAAAATCCCTACTGCACCAAAAATATAAAATACTGCTTGCCAGTTAAATGCATTAACAATAGCAATCGTAACTATTGGTGCTAATACCGGTCCGAAATATGATCCTGCTAATAATGCACTTGAt > 1:2244592/1‑142 (MQ=255) cGCCCATAATACAGCCATTAAAATCCCTACTGCACCAAAAATATAAAATACTGCTTGCCAGTTAAATGCATTAACAATAGCAATCGTAACTATTGGTGCTAATACCGGTCCGAAATATGATCCTGCTAATAATGCACTTGAt > 1:2244589/1‑142 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |