| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Xen36_1 | 162,536 | 0 | T | G | 38.9% | 212.9 / inf | 298 | intergenic (+305/‑523) | trxB/Xen36_00155 | Thioredoxin reductase/Nucleotide‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (78/104); new base G (53/63); total (131/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
CTAGTTTTTTTATATGTTATATTAAACTTATAACTTTATGGGAGTGGGACAGAAATGATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTAAAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCTATAGAAAAAGTATTTCTTTATCGTTGTCCCACCCCAACTTGCACATTATCGTAAGCTGACTTTACGTCAGCTTCTGTGCTGGGGCCCACACCCCAACTCGCATTGCCTGTAGAATTTCTTTTCGAAA > Xen36_1/162387‑162687 | cTAGTTTTTTTATATGTTATATTAAACTTATAACTTTATGGGAGTGGGACAGAAATGATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTAAAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACt > 1:721645/1‑150 (MQ=255) tataTGTTATATTAAACTTATAACTTTATGGGAGTGGGACAGAAATGATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTAAAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTCATGCATAAg < 1:3128995/150‑1 (MQ=255) aaCTTATAACTTTATGGGAGTGGGACAGAAATGATAAAGAGCCACTAATGATTTATTATGTAGTGGTTCTTACACATTAGCCACAGCTAATGTGTACTAAAAAAATAGGAATACATGAGTAAAACTCATGCATAAGAAATACTAATTTCt > 1:1167269/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |