| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Xen14_168 | = 629 | 0 (0.000) | 67 (0.090) +ACCCCCAGCCTAGCT |
43/266 | 0.1 | 87.1% | intergenic (‑111/–) | Xen14_04774/– | IS200/IS605 family transposase IS200C/– |
| ? | Xen14_29 | = 59 | 22 (0.380) | intergenic (–/+64) | –/trpA | –/Tryptophan synthase alpha chain | |||||
‑‑‑‑‑‑ATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTACAAAAGCTTTCAGTGCCGCCAGCATTTTCTCTGGCTCATTAATATGTTGCTCGA > Xen14_29/1‑208 | caggatatggttgAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGagctaggctgggggttccggaaagctttcagctttgagccagttattaaaaccccttttgatttgttaaaacaccttgcggtctg > 1:4129681‑M2/7‑65 (MQ=255) aggatatggttGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGagctaggctgggggttccggaaagctttcagctttgagccagttattaaaaccccttttgatttgttaaaacaccttgcggtctgg > 1:3391096‑M2/6‑64 (MQ=255) gatatggTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGagctaggctgggggttccggaaagctttcagctttgagccagttattaaaaccccttttgatttgttaaaacaccttgcggtctggca > 1:974923‑M2/4‑62 (MQ=255) atatgGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGagctaggctgggggttccggaaagctttcagctttgagccagttattaaaaccccttttgatttgttaaaacaccttgcggtctggcaa > 1:3403524‑M2/3‑61 (MQ=255) 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‑‑‑‑‑‑ATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTACAAAAGCTTTCAGTGCCGCCAGCATTTTCTCTGGCTCATTAATATGTTGCTCGA > Xen14_29/1‑208 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |