| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Xen14_12 | = 188 | 107 (1.290) | 57 (1.340) | 27/178 | 0.2 | 63.9% | intergenic (–/+140) | –/Xen14_01540 | –/hypothetical protein |
| ? | Xen14_29 | 60 = | 0 (0.000) | intergenic (–/+63) | –/trpA | –/Tryptophan synthase alpha chain | |||||
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTACAAAAGCTTTCAGTGCCGCCAGCATTTTCTCTGGCTCATTAATATGTTGCTCGAT > Xen14_29/1‑209 | ctggcgaaactggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagt > 1:295545‑M2/150‑150 (MQ=255)ctggcgaaactggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagt > 1:2451956‑M2/150‑150 (MQ=255) tggcgaaactggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagTc > 1:3234894‑M2/149‑150 (MQ=255) tggcgaaactggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagTc > 1:2202098‑M2/149‑150 (MQ=255) tggcgaaactggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagTc > 1:1859047‑M2/149‑150 (MQ=255) tggcgaaactggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgcccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagtct < 1:3386130‑M2/3‑2 (MQ=255) ggcgaaactggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgcccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaattctcttgatcaggagatctgatcaagagacagtcag < 1:1353769‑M2/4‑3 (MQ=255) ggcgaaactggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgcccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagtcag > 1:3354477‑M2/147‑148 (MQ=255) cgaaactggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatacggttgcgggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgataaagagacagTCCTc > 1:3192083‑M2/146‑150 (MQ=255) cgaaactggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgcccggttggttagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgattaagagacagtcagca < 1:3168277‑M2/6‑5 (MQ=255) caaaactggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgcccggttgggtagtcatgtgagatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaattctcttgatcaggagatctgatcaagagacagtcagca < 1:3814922‑M2/6‑5 (MQ=255) gaaactggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgcccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagtcagcat < 1:929198‑M2/7‑6 (MQ=255) aaactggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgcccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagtcagcatg < 1:3053723‑M2/8‑7 (MQ=255) ctggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagTCCTCGGGAg > 1:560451‑M2/141‑150 (MQ=255) ctggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagTCCTCGGGAg > 1:560453‑M2/141‑150 (MQ=255) ctggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgcaccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatccggagatctgatcaagagacagTCATCGGGAg > 1:560450‑M2/141‑150 (MQ=255) ctggggcgatggcatgacagcaaacacaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaattctcttgatcaggagatctgatcaagagacagTCCTCGGGAg < 1:1432797‑M2/10‑1 (MQ=255) ctggggcgatggcataacagcaaacgcaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagTCCTCGGGAg < 1:90388‑M2/10‑1 (MQ=255) 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ctggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgcccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagtcagcatgagg > 1:2449965‑M2/140‑141 (MQ=255) gtgcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctaatcaagagacagTCCTCGGGAgggg < 1:3617033‑M2/13‑1 (MQ=255) gtgcgatggaattacagcaaacgcaccgttcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggtccagacttcaggatatggtggagggttacttggtgatgaagtctcttgatcaggagatcggatcaagagacagTCCTCGGGAgggg < 1:3114979‑M2/13‑1 (MQ=255) ggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgcccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagtcagcatgagggt < 1:2830217‑M2/13‑12 (MQ=255) gggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagTCCTCGGGAgggg < 1:4193345‑M2/13‑1 (MQ=255) ggcgatggcatgacaacaaacacaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagTCCTCGGGAGGGGt < 1:237798‑M2/14‑1 (MQ=255) cgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgcccggttgggtagtcatgtgggatngctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagtcag > 1:3898585‑M2/134‑135 (MQ=255) atggcatgacagcaaacgcaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaattctcttgatcaggagatctgatcaagagacagTCCTCGGGAGGGGTTTTc < 1:3103666‑M2/18‑1 (MQ=255) ggcatgacagcaaacgcaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagTCCTCGGGAGGGGTTttccc > 1:720517‑M2/131‑148 (MQ=255) gcatgacagcaaacgcaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagTCCTCGGGAGGGGTtttcccg > 1:4049246‑M2/130‑147 (MQ=255) caggacagcaaacgcaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagTCCTCGGGAGGGGTTTTCtgtg < 1:914527‑M2/22‑1 (MQ=255) atgacagcaaacgcaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaattctcttgatcaggagatctgatcaagagacagTCCTCGGGAGGGgttttcccgtt < 1:3020528‑M2/23‑6 (MQ=255) gacagcaaacgcaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcatacttcgggatatggtggagggttacctggtgatgaattctcttgatcaggagatctgatcaagagacagTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGcac < 1:775797‑M2/25‑1 (MQ=255) gacagcaaacgcaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgattaagagacagTCCTAGGGAGgggttttcccgtttc > 1:34249‑M2/126‑143 (MQ=255) acagcaaacgcaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagTCCTCGGGAggggttttcccgtttca < 1:4058375‑M2/26‑9 (MQ=255) 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tGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGtt > 1:3259072/1‑150 (MQ=255) ttGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTa > 1:1880791/1‑150 (MQ=255) tACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTACAAAAg < 1:1025169/148‑1 (MQ=255) tACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTACAAAAGCt < 1:3735027/150‑1 (MQ=255) atgaAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTACAAAAGCTTTCAGTgcc > 1:1241170/1‑150 (MQ=255) 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1:2853327/1‑150 (MQ=255) tCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTACAAAAGCTTTCAGTGCCGCCAGCATTTTCTCTGGCTCATTAATATGTTGCTCgat < 1:3226614/150‑1 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTACAAAAGCTTTCAGTGCCGCCAGCATTTTCTCTGGCTCATTAATATGTTGCTCGAT > Xen14_29/1‑209 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |