| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Xen14_136 | = 1566 | 5 (0.040) | 749 (0.730) +C |
162/294 | -0.0 | 99.7% | intergenic (‑55/–) | intA_6/– | Prophage integrase IntA/– |
| ? | Xen14_141 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/‑23) | –/Xen14_04755 | –/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 757 total aligned reads displayed.
CTCCCGCTGGATTTGATAAGTAGCTCAAGGCCATCGCCATCATAGAGAACGTAGTCCGCTTCCTTGGTGTCACTAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > Xen14_136/1417‑1567 | cTCCCGCTGGATTTGATAAGTAGCTCAAGGCCATCGCCATCATAGAGAACGTAGTCCGCTTCCTTGGTGTCACTAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGagag > 1:621974/1‑150 (MQ=255) ggATTTGATAAGTAGCTCAAGGCCATCGCCATCATAGAGAACGTAGTCCGCTTCCTTGGTGTCACTAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGtttatggt > 1:4212994‑M1/1‑142 (MQ=255) tAAGTAGCTCAAGGCCATCGCCATCATAGAGAACGTAGTCCGCTTCCTTGGTGTCACTAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGtttatggtcacttttg > 1:1069551‑M1/1‑134 (MQ=255) ggCCATCGCCATCATAGAGAACGTAGTCCGCTTCCTTGGTGTCACTAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGtttatggtcacttttgagacagttatgg > 1:2750004‑M1/1‑122 (MQ=255) ggCCATCGCCATCATAGAGAACGTAGTCCGCTTCCTTGGTGTCACTAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGtttatggtcacttttgagacagttatgg < 1:2558399‑M1/150‑29 (MQ=255) gccatcATAGAGAACGTAGTCCGCTTCCTTGGTGTCACTAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaa > 1:2682160‑M1/1‑115 (MQ=255) ccatcATAGAGAGCGTAGTCCGCTTCCTTGGTGTCACTAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGtttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaa < 1:3987015‑M1/150‑37 (MQ=255) ttCCTTGGTGTCACTAACGGTGCAATAGTGATCCGCACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGtttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgag < 1:2444060‑M1/150‑60 (MQ=255) 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aTAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGtttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaact > 1:2366835‑M1/1‑67 (MQ=255) tAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcgcttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaactg > 1:734812‑M1/1‑66 (MQ=255) gTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGtttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaactggg > 1:2654635‑M1/1‑64 (MQ=255) gTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGCAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaactggg < 1:2955628‑M1/150‑87 (MQ=255) tGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCATGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaactgggg < 1:1893122‑M1/150‑88 (MQ=255) 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cccAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaactggggatctcccgc > 1:1792539‑M1/1‑54 (MQ=255) cccAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaactggggatctcccgc > 1:4166509‑M1/1‑54 (MQ=255) cccAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaactggggatctcccgc > 1:2997809‑M1/1‑54 (MQ=255) ccAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaactggggatctcccgca > 1:2087957‑M1/1‑53 (MQ=255) ccAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaactggggatctcccgca < 1:3082182‑M1/150‑98 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |