| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Xen14_12 | = 188 | 95 (1.060) | 54 (0.410) | 31/296 | 2.5 | 36.2% | intergenic (–/+140) | –/Xen14_01540 | –/hypothetical protein |
| ? | Xen14_68 | 16331 = | NA (NA) | intergenic (+51/–) | rph/– | Ribonuclease PH/– | |||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
GAGCCGTTTACCCATGAAGAGCTACTCACCTTGTTGGCGCTGGCCCGAGGGGGAATCGAATCCATTGTAGCGACGCAGAAGGCGGCGCTGGCAAACTGATTTTTAAGGCGACTGATGAGTCGCCTTTTTTTTGTGCACAGAAAACCCCCAGC‑TAGGCTGGGGGTTCCGGAAAGCTTTCAGCTTTGAGCCAGTTATTAAAAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > Xen14_68/16182‑16382 | gAGCCGTTTACCCATGAAGAGCTACTCACCTTGTTGGCGCTGGCCCGAGGGGGAATCGAATCCATTGTAGCGACGCAGAAGGCGGCGCTGGCAAACTGATTTTTAAGGCGACTGATGAGTCGCCTTTTTTTTGTGCACAGAAAACCCCCa > 1:1669562/1‑150 (MQ=255) tGAAGAGCTACTCACCTTGTTGGCGCTGGCCCGAGGGGGAATCGAATCCATTGTAGCGACGCAGAAGGCGGCGCTGGCAAACTGATTTTTACGGCGACTGATGAGTCGCCTTTTTTTTGTGCACAAAAAACCCCCAGC‑TAGGCTGGGGGt > 1:2940742/1‑150 (MQ=255) tACTCACCTTGTTGGCGCTGGCCCGAGGGGGAATCGAATCCATTGTAGCGACGCAGAAGGCGGCGCTGGCAAACTGATTTTTAAGGCGACTGATGAGTCGCCTTTTTTTTGTGCACAGAAAACCCCCAGC‑TAGGCTGGGGGTTcc < 1:1323209/145‑1 (MQ=255) cTCACCTTGTTGGCGCTGGCCCGAGGGGGAATCGAATCCATTGTAGCGACGCAGAAGGCGGCGCTGGCAAACTGATTTTTAAGGCGACTGATAAGTCGCCTTTTTTTTGTGCACAGAAAACCCCCAGC‑TAGGCTGGGGGTTCCGGAAAGc > 1:2801239/1‑150 (MQ=255) cctcgttgGCGCTGGCCCGAGGGGGAATCGAATCCATTGTAGCGACGCAGAAGGCGGCGCTGGCAAACTGATTTTTAAGGCGACTGATGAGTCGCCTTTTTTTTGTGCACAGAAAACCCCCAGC‑TAGGCTGGGGGTTCCGGAAAGCTTTc < 1:2392232/146‑1 (MQ=255) cgcTGGCCCGAGGGAGAATCGAATCCATTGTAGCGACGCAGAAGGCGGCGCTGGCAAACTGATTTTTAAGGCGACTGATGAGTCGCCTTTTTTTTGTGCACAGAAAACCCCCAGCCTAG‑CTGGGGGttttc < 1:1583223/131‑4 (MQ=255) cGAGGGGGAATCGAATCCATTGTAGCGACGCAGAAGGCGGCGCTGGCAAACTGATTTTTAAGGCGACTGATGAGTCGCCTTTTTTTTGTGCACAGAAAACCCCCAGC‑TAGGCTGGGGGTTCCGGAAAGCTTTCAGCTTTGAGCAAGttat > 1:1329798/1‑150 (MQ=255) ggAATCGAATCCATTGTAGCGACGCAGAAGGCGGCGCTGGCAAACTGATTTTTAAGGCGACTGATGAGTCGCCTTTTTTTTGTGCACAGAAAACCCCCAGC‑TAGGCTGGGGGTTCCGGAAAGCTTTCAGCTTTGAGCCAGTTATTAAAAc < 1:1831904/150‑1 (MQ=255) gaatcgaatcCATTGTAGCGACGCAGAATGCTGCGCTGGCAAACTGATTTTTAAGGCGACGGATGAGTCGCCTTGTTTTTGTGCACAAAAAACCCCCAGC‑TAGGCTGGGGGTtccggaaagctttcagctttgagccagttattaaaacc > 1:3189544‑M2/1‑112 (MQ=255) gaatcCATTGTAGCGACGCAGAAGGCGGCGCTGGCAAACTGATTTTTAAGGCGACTGATGAGTCGCCTTTTTTTTGTGCACAGAAAACCCCCAGC‑TAGGCTNGGGGTtccggaaagctttcagctttgcgccagttattaaaaccccttt < 1:3763456‑M2/150‑44 (MQ=255) atcCATTGTAGCGACGCAGAAGGCGGCGCTGGCAAACTGATTTTTAAGGCGACTGATGAGTCGCCTTTTTTTTGTGCACAGAAAACCCCCAGC‑TAGGCTGGGGGTtccggaaagctttcagctttgagccagttattaaaaccccttttg < 1:3410770‑M2/150‑46 (MQ=255) cATTGTAGCGACGCAGAAGGCGGCGCTGGCAAACTGATTTTTAAGGCGACTGATGAGTCGCCTTTTTTTTGTGCACAGAAAACCCCCAGC‑TAGGCTGGGGGTtccggaaagctttcagctttgagccagttattaaaaccccttttgatt < 1:1030226‑M2/150‑49 (MQ=255) gCGACGCAGAAGGCGGCGCTGGCAAACTGATTTTTAAGGCGACTGATGAGTCGCCTTTTTTTTGTGCACAGAAAACCCCCAGC‑TAGGCTGGGGGTtccggaaagctttcagctttgagccagttattaaaaccccttttgatttgttaaa > 1:779092‑M2/1‑95 (MQ=255) gCGACGCAGAAGGCGGCGCTGGCAAACTGATTTTTAAGGCGACTGATGAGTCGCCTTTTTTTTGTGCACAGAAAACCCCCAGC‑TAGGCTGGGGGTtccggaaagctttcagctttgagccagttatcaaaaccccttttgatttgttaaa > 1:1709100‑M2/1‑95 (MQ=255) gACGCAGAAGGCGGCGCTGGCAAACTGATTTTTAAGGCGACTGATGAGTCGCCTTTTTTTTGTGCACAGAAAACCCCCAGC‑TAGGCTGGGGGTtccggaaagctttcagctttgagccagttattaaaaccccttttgatttgttaaaac > 1:623665‑M2/1‑93 (MQ=255) gACGCAGAAGGCGGCGCTGGCAAACTGATTTTTAAGGCGACTGATGAGTCGCCTTTTTTTTGTGCACAGAAAACCCCCAGC‑TAGGCTGGGGGTtccggaaagctttcagctttgagccagttattaaaaccccttttgatttgttaaaac > 1:846937‑M2/1‑93 (MQ=255) gACGCAGAAGGCGGCGCTGGCAAACTGATTTTTAAGGCGACTGATGAGTCGCCTTTTTTTTGTGCACAGAAAACCCCCAGC‑TAGGCTGGGGGTtccggaaagctttcagctttgagccagttattaaaaccccttttgatctgttaaaac < 1:3716790‑M2/150‑58 (MQ=255) cGCAGAAGGCGGCGCTGGCAAACTGATTTTTAAGGCGACTGATGAGTCGCCTTTTTTTTGTGCACAGAAAACCCCCAGC‑TAGGCTGGGGGTtccggaaagctttcagctttgagccagttattaaaaccccttttgatttgttaaaacac > 1:430527‑M2/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |