| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Xen14_168 | = 629 | 0 (0.000) | 58 (0.080) +ACCCCCAGCCTAGCT |
36/266 | 0.6 | 82.2% | intergenic (‑111/–) | Xen14_04774/– | IS200/IS605 family transposase IS200C/– |
| ? | Xen14_29 | = 59 | 28 (0.430) | intergenic (–/+64) | –/trpA | –/Tryptophan synthase alpha chain | |||||
‑‑‑‑‑‑ATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTACAAAAGCTTTCAGTGCCGCCAGCATTTTCTCTGGCTCATTAATATGTTGC > Xen14_29/1‑204 | caggatatggttgAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGagctaggctgggggttccggaaagctttcagctttgagccagttattaaaaccccttttgatttgttaaaacaccttgcggtctg > 1:2085779‑M2/7‑65 (MQ=255)caggatatggttgAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGagctaggctgggggttccggaaagctttcagctttgagccagttattaaaaccccttttgatttgttaaaacaccttgcggtctg > 1:2085777‑M2/7‑65 (MQ=255) aggatatggttGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGagctaggctgggggttccggaaagctttcagctttgagccagttattaaaaccccttttgatttgttaaaacaccttgcggtctgg < 1:3377584‑M2/145‑87 (MQ=255) aggatatggttGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGagctaggctgggggttccggaaagctttcagctttgagccagttattaaaaccccttttgatttgttaaaacaccttgcggtctgg > 1:4122522‑M2/6‑64 (MQ=255) 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aTCAAGAGACAGagctaggctgggggttccggaaagctttcagctttgagccagttattaaaaccccttttgatttgttaaaacaccttgcggtctggcaactgcaagtgtcaaacaagaaatcaaaagggggtcccaatggggaacgaa < 1:1740874‑M2/150‑139 (MQ=255) tCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTACAAAAGCTTTCAGTGCCGCCAGCATTTTCTCTGGCTCATTAata > 1:2000170/1‑150 (MQ=255) aaGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTACAAAAGCTTTCAGTGCCGCCAGCATTTTCTCTGGCTCATTAATATg > 1:3605189/1‑150 (MQ=255) agagACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTACAAAAGCTTTCAGTGCCGCCAGCATTTTCTCTGGCTCATTAATATGt > 1:3584950/1‑150 (MQ=255) gagaCAGagctaggctgggggttccggaaagctttcagctttgagccagttattaaaaccccttttgatttgttaaaacaccttgcggtctggcaactgcaagtgtcaaacaagaaatcaaaagggggtcccaatggggaacgaaaagag < 1:2260257‑M2/150‑144 (MQ=255) gagaCAGagctaggctgggggttccggaaagctttcagctttgagccagttattaaaaccccttttgatttgttaaaacaccttgcggtctggcaactgcaagtgtcaaacaagaaatcaaaagggggtcccaatggggaacgaaaagag < 1:1600806‑M2/150‑144 (MQ=255) gaCAGagctaggctgggggttccggaaagctttcagctttgagccagttattaaaaccccttttgatttgttaaaacaccttgcggtctggcaactgcaagtgtcaaacaagaaatcaaaagggggtcccaatggggaacgaaaagagct < 1:3303599‑M2/150‑146 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑ATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTACAAAAGCTTTCAGTGCCGCCAGCATTTTCTCTGGCTCATTAATATGTTGC > Xen14_29/1‑204 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |