| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Xen14_136 | = 1566 | 1 (0.010) | 649 (0.630) +C |
157/294 | 0.0 | 99.9% | intergenic (‑55/–) | intA_6/– | Prophage integrase IntA/– |
| ? | Xen14_141 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/‑23) | –/Xen14_04755 | –/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 650 total aligned reads displayed.
CCGCTGGATTTGATAAGTAGCTCAAGGCCATCGCCATCATAGAGAACGTAGTCCGCTTCCTTGGTGTCACTAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > Xen14_136/1420‑1567 | cTGGATTTGATAAGTAGCTCAAGGCCATCGCCATCATAGAGAACGTAGTCCGCTTCCTTGGTGTCACTAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGtttatg < 1:138216‑M1/150‑7 (MQ=255) aTTTGATAAGTAGCTCAAGGCCATCGCCATCATAGAGAACGTAGTCCGCTTCCTTGGTGTCACTAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGtttatggtca < 1:3400919‑M1/150‑11 (MQ=255) tAAGTAGCTCAAGGCCATCGCCATCATAGAGAACGTAGTCCGCTTCCTTGGTGTCACTAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGtttatggtcacttttg < 1:3690609‑M1/150‑17 (MQ=255) cTCAAGGCCATCGCCATCATAGAGAACGTAGTCCGCTTCCTTGGTGTCACTAACGGTACAATAGTGATCCACACCCAACGCATGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGtttatggtcaattttgagaaagt > 1:4296771‑M1/1‑127 (MQ=255) ccatcATAGAGAACGTAGTCCGCTTCCTTGGTGTCACTAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGtttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaa > 1:3105343‑M1/1‑114 (MQ=255) atcatAGAGAACGTAGTCCGCTTCCTTGGTGTCACTAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCCGATTCAGGAGAGtttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaat < 1:59877‑M1/150‑39 (MQ=255) tCCTTGGTGTCACTAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGANAGnttatggtcacttttgagacagttatgganattaaaatcctgcacaagcagggaatgagt > 1:3746755‑M1/1‑90 (MQ=255) cTAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGtttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgatt < 1:3557705‑M1/150‑73 (MQ=255) tGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagag < 1:1169186‑M1/150‑80 (MQ=255) gCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagaga > 1:943927‑M1/1‑70 (MQ=255) gCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagaga > 1:66395‑M1/1‑70 (MQ=255) cAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGtttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaa > 1:758822‑M1/1‑69 (MQ=255) cAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagag < 1:2636480‑M1/148‑80 (MQ=255) aaTAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaac < 1:1016020‑M1/150‑83 (MQ=255) aTAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaact > 1:1121118‑M1/1‑67 (MQ=255) aGTGATCCACATCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaactgg < 1:2948733‑M1/150‑86 (MQ=255) aGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaactgg < 1:1938478‑M1/150‑86 (MQ=255) gTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaactggg < 1:1428788‑M1/150‑87 (MQ=255) gTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaactggg > 1:802581‑M1/1‑64 (MQ=255) gTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaactggg < 1:332186‑M1/150‑87 (MQ=255) tGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaactgggg < 1:2864469‑M1/150‑88 (MQ=255) tGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaactgggg < 1:245474‑M1/150‑88 (MQ=255) tGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaactgggg < 1:1795220‑M1/150‑88 (MQ=255) 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tCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaactggggatc < 1:909174‑M1/150‑91 (MQ=255) ccACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcggggaatgagtagccgggcgattgccagagaactggggatct > 1:1768052‑M1/1‑59 (MQ=255) cacCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattataatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaactggggatctccc < 1:503701‑M1/150‑95 (MQ=255) cacCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaactggggatctccc > 1:1495777‑M1/1‑56 (MQ=255) cccAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaactggggatctcccgc < 1:203454‑M1/150‑97 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |